肠道微生物

肠道微生物噬菌体婴儿

在动物模型中，肠道微生物组可调节癫痫的易感性和生酮饮食（KD）的抗癫痫作用，但这些关系是否存在于人类癫痫中，尚不清楚。Cell Reports近期发表的文章，发现生酮饮食改变了耐药癫痫儿童的肠道微生物组。将KD疗法来源的微生物定植到小鼠，小鼠表现出癫痫抗性。而且，人类供体和小鼠受体在海马转录组特征、癫痫易感性基因和癫痫保护相关的KD相关微生物组等具有相似性。

难治性癫痫生酮饮食肠道微生物

过量喂养

吃太多如何影响人体的营养吸收和肠道微生物？

Obesity近期发表的文章，发现短期过量喂养将动态地改变肠道微生物群的组成，但通过粪便的能量排泄率没有受到影响。在过量喂养的条件下，通过尿液和尿液加粪便的能量排泄率低于对照和喂养不足条件下。

过量喂养肠道微生物随机交叉试验

TCF-1

Science子刊：TCF-1对IEL的双面影响，为肠癌治疗提供新思路

肠上皮内淋巴细胞（IEL）在免疫监测和维持胃肠道上皮方面发挥关键作用。近日，澳大利亚Olivia Newton-John 癌症研究所研究人员在Science immunology发表最新研究，通过动物实验和人群结肠样本，揭示TCF-1是结肠IEL的关键调节因子，既能促进IEL的维持，也会限制其细胞毒性。总之，该研究表明针对TCF-1途径的治疗可能会增强内源性γδ IEL对结肠肿瘤的免疫，进而为免疫疗法提供新思路，值得关注。

TCF-1 肠上皮内淋巴细胞（IEL）研究论文基础研究单细胞RNA测序

肠道噬菌体

影响人体肠道噬菌体变化的影响因素（综述）

肠道微生物组是人体消化道中密集且活跃的微生物和病毒的集合体。其中，细菌和噬菌体是最丰富的成员。相比于肠道细菌，肠道噬菌体的研究处于初步阶段。肠道噬菌体可能与肠道疾病的发生和发展有关。为了了解它们在人类健康和疾病中的作用，研究它们的生物学特性和相互作用非常重要。一篇发表在《Annual Review of Microbiology》上的综述总结了近期在研究肠道噬菌体群的分类结构和生态功能方面取得的进展。进一步研究肠道噬菌体的功能和机制，有助于深入了解肠道微生物与宿主之间的相互作用，为预防和治疗肠道相关疾病提供新的思路和方法。

肠道噬菌体肠道微生物噬菌体-菌群-宿主互作

炎症性肠病（IBD）

燕茹团队：IBD相关的肠道菌群、代谢组、宿主免疫与FMT干预（综述）

肠道菌群在宿主生理学中发挥着重要作用，直接或通过其代谢物和/或成分对免疫稳态产生深远影响。已知肠道菌群失调与炎症性肠病（IBD）有关，可恢复肠道菌群失衡的粪菌移植（FMT）疗法被越来越多的临床试验应用于克罗恩病和溃疡性结肠炎的治疗。澳门大学燕茹团队在Journal of Autoimmunity发表最新综述，总结IBD患者肠道菌群和代谢组特征改变的最新进展，以及对宿主免疫的影响。同时，归纳近10年将FMT用于治疗IBD的临床试验，推动了肠道菌群-代谢物-免疫轴对FMT治疗IBD的机制理解。

炎症性肠病（IBD）粪菌移植（FMT）综述基础研究肠道微生物

肥胖

“享乐主义”进食导致肥胖怎么办？试一试改变肠道菌群及其酚类代谢物

进食是一种复杂的动机行为，分为维持能量需求的稳态进食和由快乐驱动的非稳态进食，其中非稳态进食主要受环境因素，如情绪、认知和享乐等影响。享乐进食是肥胖的主要原因，而肠道菌群在肥胖期间发生改变，并调节宿主代谢，包括食物摄入。尽管肠道菌群在食物摄入稳态调节中的作用得到了大量文献的描述和支持，但其在食物摄入的非稳态调节中的因果作用知之甚少。Microbiome上近期发表的文章，发现靶向肠道菌群及其酚类代谢物3-（3-羟基苯基）丙酸（33HPP）可以有效控制享乐进食，避免过量的食物摄入。

肥胖进食调控粪菌移植（FMT）基础研究研究论文

神经性疼痛

Nature子刊：神经性疼痛的止痛免疫机制（综述）

免疫系统和神经系统之间的相互作用在神经性疼痛中具有核心重要性，神经性疼痛是一种常见的慢性疼痛形式，由影响体感系统的病变或疾病引起。Nature Reviews Neurology发表的综述，概述了负责解决神经病理性疼痛的免疫机制，包括那些参与先天性、适应性和脑膜免疫以及与肠道微生物组的相互作用，同时还讨论了针对这些神经免疫机制的疼痛治疗方法。

神经性疼痛免疫机制丁酸胆汁酸肠道微生物

肠道微生物

Nature子刊：利用肠道微生物进行聚糖检测和定量

聚糖（Glycans）助力多种关键生物学功能，并调控肠道菌群组成。因此，如果能鉴定滋养特定微生物群体的特定聚糖，进而利用特定微生物群或其代谢检测或治疗疾病将具有重大意义。但是，因为微生物群体的个体化差异，检测结构复杂多样的异质性聚糖混合物非常困难。但是，肠道微生物可以编码特定感性蛋白，以识别特定聚糖结构，并激活预测、特异和动态的转录反应。本文利用自己研发的转录报告器（reporter），基于肠道微生物的上述特性预测组成相似但结构独特的聚糖，为相关研究开辟先河。

肠道微生物聚糖检测和定量

肠肝轴

Cell 子刊：一文读懂肠-肝轴中的双向交互（综述）

过去几年中，肠道和肝脏之间的双向交互作用已经成为实验性肝病的关键影响因素，越来越多的临床证据表明，在肝病和肝病以外的疾病中都出现了肠-肝轴的紊乱。近期发表于Cell Metabolism的综述，讨论了肠道和肝脏之间双向交互的实验和临床结果，描述了健康和肝病中的特定介质变化。了解肠道和肝脏在健康和疾病中复杂的代谢相互作用，对未来靶向治疗肝脏疾病提供了理论基础。

肠肝轴肠道微生物综述肝病

胞外囊泡（EVs）

国内团队：胞外囊泡miRNAs与肠道菌群互作助力结肠炎研究

EVs（细胞外囊泡）是细胞-细胞和细胞-微生物通信的重要参与者。宿主来源的EV和细菌衍生的OMVs（膜囊泡）均有助于肠道内的稳态。然而，结肠炎中的EV-miRNAs和MVs在宿主-微生物互作中的作用尚不清楚。近期Gut Microbes发表的一项研究揭示了结肠炎中EV-miRNAs的变化以及探究了其中miR-200b-3p、miR-181b-5p的作用和潜在机制，该工作阐明了结肠炎中基于EVs的宿主-微生物相互作用机制，为结肠炎的治疗提供新思路。

胞外囊泡（EVs）细菌外膜囊泡 miRNA 结肠炎肠道微生物

肠分泌细胞分化

庾庆华团队：肠道微生物如何决定肠细胞分化命运？

肠道微生物群如何影响肠上皮细胞的命运决定尚未得到广泛的研究。近期来自南京农业大学的李昱辰和庾庆华团队在Cell Reports发表的一项研究显示，益生菌枯草芽孢杆菌进入肠道后可调控肠道干细胞向分泌型细胞分化，增强肠道黏液层的屏障功能，有效促进肠道黏膜对肠道病原菌的清除。该工作为肠道细菌如何决定肠细胞的分化命运提供了新的见解，也为益生菌预防与治疗肠道病原感染提供了理论基础。

肠分泌细胞分化肠道微生物枯草芽孢杆菌沙门氏菌感染

膳食多样性

郑钜圣+陈裕明：揭示膳食多样性与肠道微生物环境的关联性

西湖大学的郑钜圣和中山大学的陈裕明合作在American Journal of Clinical Nutrition发表文章，发现高膳食多样性与肠道微生物环境有关，并提示相关关键微生物和代谢物或可用于预防代谢性疾病。

膳食多样性队列研究肠道微生物代谢物

CAZymes

Nature Reviews：肠道菌群中的碳水化合物活性酶（综述）

肠道菌群基因组的很大一部分用于碳水化合物的摄取和降解，表明了这类分子的重要性。碳水化合物的功能不仅是作为这些细菌的碳源，也是附着于宿主的一种方式，以及宿主感染的一种屏障。发表在Nature Reviews Microbiology上的这篇综述，重点介绍了碳水化合物活性酶（CAZymes）的多样性、肠道微生物如何利用它们降解碳水化合物、这些CAZymes的不同化学机制，以及这些微生物及其CAZymes在人类健康和疾病中的作用，促进了人们对CAZymes和聚糖基本作用的理解。

CAZymes 肠道微生物多糖利用位点

难消化淀粉

难消化淀粉颗粒富集特定微生物，诱导产生乙酸和丁酸

预测个体化反应是饮食干预调节人类肠道微生物群的最大挑战之一。细菌对饮食因素的种间竞争是微生物反应的主体间异质性的基础。肠道食物结构周围细菌物种的微观定位可以为此提供直接证据。ISME Journal发表的文章表明，青春双歧杆菌或直肠真杆菌与pSt的特异性结合可以选择性地诱导肠道微生物群的乙酰化或丁酰化反应。本研究结果或为理解类似的种间关系提供理论方法基础，并有利于提出精确控制微生物群的方法策略。

难消化淀粉乙酸/丁酸肠道微生物饮食菌群代谢

个性化治疗

Nature Reviews：将肠道菌群纳入精准医疗（综述）

疾病发生、发展以及治疗的多样性是医药领域的核心挑战。随着研究的深入，肠道微生物对疾病的干预作用逐渐被大家意识到。发表在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上的综述，重点讨论了在6种疾病（感染、癌症、代谢性疾病、心血管疾病、自身免疫或炎症疾病、过敏）中，肠道菌群对疾病的发生发展、诊断及其可能的干预或治疗作用。

个性化治疗肠道微生物荟萃分析

输卵管癌

改变微生物组或可抑制输卵管癌发生

研究表明，细菌会影响结肠癌等微生物群落丰富部位的癌症发生和发展。然而，微生物群在相对无菌部位（包括女性上生殖道）对肿瘤发生的影响则知之甚少。近期的研究显示，肠道、阴道或其他地方的微生物群可能参与卵巢癌的发病机制。Cancer Research近期发表的文章，发现在输卵管高级别浆液性癌症的小鼠模型（HGSC）中，微生物组影响肿瘤的进展，且研究使用模型能很好地再现人类疾病的特征，可用于进一步研究改变微生物组是否能改善HGSC对免疫治疗反应较差的问题。

输卵管癌肠道微生物肿瘤发生

黏液层微生物群

小鼠肠道黏液层菌群结构有什么特点？

黏液层微生物群黏液空间组织肠道微生物生物膜

多糖结合特异性

Cell子刊：Gordon团队报道菌株水平检测多糖粘附特异性的新方法！

膳食纤维表面含有潜在的细菌附着位点，肠道微生物可以粘附于表面并加以代谢。然而，对于肠道微生物如何在体内控制其自身相对于膳食纤维的定位，以及它们是否会因肠道蠕动随机与纤维表面(或其他来自摄入食物的颗粒物质)相互作用，目前尚不清楚。Cell Host and Microbe发表的来自Gordon团队的文章，使用荧光标记及多糖包被的玻璃微珠，来检测肠道细菌菌株依赖碳水化合物的粘附特异性。体外混合培养和体内无菌小鼠研究发现，人类肠道衍生的拟杆菌和副拟杆菌菌株对不同类别的膳食多糖粘附性存在差异。这种方法或具有临床诊断和治疗意义，推荐阅读。

多糖结合特异性菌株特异性肠道微生物膳食纤维

慢性结肠炎

浙江大学团队：青春双歧杆菌如何缓解慢性结肠炎？

炎症性肠病(IBD)是一种预后不良的免疫失调疾病。来自浙江大学Shujie Chen、Jianmin Si及Tongyao Hou团队发表在Gut Microbes的研究，旨在探讨B. adolescent对IBD的治疗作用，以及B. adolescent对IBD的免疫和微生态机制。结果表明，B. adolescent通过诱导保护性的Th2/Treg反应和重塑肠道微生物群，来缓解DSS诱导的慢性结肠炎。本研究结果提示，B. adolescent或可提高炎症性肠病的临床治疗效果。

慢性结肠炎青春双歧杆菌肠屏障肠道微生物免疫调节

肠道微生物

Cell子刊：宿主免疫激活调节肠道菌群的转录和代谢

肠道微生物群产生调节宿主免疫的代谢物，从而影响宿主的疾病抵抗力和易感性。Cell Host and Microbe近期发表的文章，发现在检测到群落组成变化之前，肠道细菌通过快速改变基因转录和免疫调节代谢物对急性宿主免疫激活作出反应。

肠道微生物宿主免疫反应转录代谢组

温度胁迫

安徽医科大学团队：温度应激影响小鼠肠-脑轴

温度应激会影响肠-脑轴，包括肠道微生物群和神经炎症，但相关的分子标志物尚不清楚。安徽医科大学的苏虹团队在Science of the Total Environment上发表文章，发现不同温度条件下，小鼠肠道微生物组成具有显著差异，且肠道菌群的差异与短链脂肪酸具有显著的相关性，而与中枢神经的NLRP3炎症小体、细胞因子也具有相关性，但方向相反。

温度胁迫肠道微生物 NLRP3炎症小体

抗肿瘤

肠道菌群产物——丁酸盐损伤放疗的抗肿瘤效果

Journal of Experimental Medicine近期发表的文章，发现肠道菌群代谢产物——丁酸盐不能直接在放疗过程中保护癌细胞，而是通过调控局部I型干扰素的产生和调节先天、适应性免疫反应，损伤放疗的抗肿瘤效果。

抗肿瘤肠道微生物丁酸盐

HER2+乳腺癌

肠道菌群或影响曲妥珠单抗治疗HER2+乳腺癌的效果

越来越多的证据表明肠道微生物通过调节宿主免疫系统影响抗肿瘤治疗。Cancer Research近期发表的文章，通过对HER2阳性乳腺癌小鼠模型和病人的研究，发现肠道菌群直接影响曲妥珠单抗的治疗效果，提示我们调节肠道菌群或可用于优化曲妥珠单抗治疗，或者肠道菌群具有成为治疗反应标志物的潜能。

HER2+乳腺癌肠道微生物曲妥珠单抗

肠上皮再生

Cell 子刊：自噬可介导果蝇肠道稳态平衡

自噬对果蝇肠道内稳态的维持是必不可少的。Developmental Cell近期发表的研究表明，果蝇肠道上皮细胞可响应肠道共生菌而分泌的ROS持续刺激而再生，但会被宿主自噬所抑制。自噬缺陷导致肠细胞中Ref(2)P/p62介导的Hippo通路失活，导致年龄相关肠道疾病产生和发展。本研究结果或有助于揭示肠道微生物影响自噬缺乏引起的CD疾病的分子机制。

肠上皮再生自噬肠道微生物果蝇活性氧

黑色素瘤

肠道菌群预测黑色素瘤患者免疫治疗反应

越来越多的证据表明，肠道微生物组可以决定患者的免疫检查点抑制（ICI）疗法结果。然而肠道微生物特征在不同患者群体中的适用程度还不清楚。最新发表在JCI insight的研究通过对4项已发表的鸟枪宏基因组研究进行荟萃分析，发现利用对ICI疗法有反应的患者中固有的粪便微生物特征，或可达到癌症诊断或治疗目的。

黑色素瘤荟萃分析医学研究基础研究宏基因组

菌群导向性食物

Nature子刊：膳食纤维如何精准调控肠道微生物组

Nature Communications上发表的文章基于菌群导向性食物（MFD）的概念，从挪威云杉中提取加工得到乙酰化半乳葡甘露聚糖（AcGGM），靶向调节肠道产丁酸菌特有的甘露糖降解酶活性。文章采用断奶仔猪作为模型，28天内不同时间点、多个肠道位点采样，实验设计精良、数据分析全面、逻辑连贯，非常值得一读。

菌群导向性食物断奶仔猪肠道微生物膳食纤维研究论文

粪杆菌属

Cell子刊：肠道粪杆菌属细菌的多样性

粪杆菌（Faecalibacterium）属细菌广泛存在于人体肠道中，在开发下一代益生菌（next-generation probiotics，NGPs）或生物治疗药物方面具有广阔前景。但对于其多样性的认识十分有限。发表在Current Biology上的一项研究通过宏基因组组装，系统分析了粪杆菌属细菌在人类肠道中的多样性以及与年龄、地理、疾病等的相关性，极大丰富了对该类细菌的认识。

粪杆菌属 Faecalibacterium prausnitzii gut microbiome strain diversity Pangenome

肠道微生物

Nature子刊：肠道菌群组成或可成为健康和疾病的标志物

人体肠道菌群的变化可以反映宿主的生活方式和行为，影响血液中疾病生物标志物的水平。了解肠道菌群和宿主表型之间的关系对于理解健康和疾病至关重要。Nature Communications近期发表的文章，通过对3400名的肠道菌群和宿主表型特征进行分析，揭示出宿主饮食、生活方式、临床血液生物标志物和肠道菌群之间的互作关系，为将来研究宿主-微生物互作提供参考。

肠道微生物人群研究健康标志物疾病标志物

癌症

中南大学：肠道菌群如何影响宿主免疫、代谢和肠外肿瘤（综述）

肠道微生物组中数以万亿计的微生物对宿主病理生理等诸多方面具有复杂而广泛的影响。大规模测序和质谱的进展让人们更加了解微生物组及其代谢物对肠道外癌症发生和进展的影响，以及癌症免疫治疗的效果。微生物组成和功能具有可塑性，基于微生物的干预（包括饮食调节、益生元和益生菌，以及粪便微生物移植）将为癌症治疗提供新的策略。来自中南大学的陶永光研究团队在Signal Transduction and Targeted Therapy发表综述文章，总结了有关肠道微生物组参与宿主免疫和代谢的最新证据、微生物对癌症和免疫反应的影响，以及调节肠道微生物组的策略。

癌症综述肠道微生物代谢产物宿主免疫