代谢组

结直肠癌（CRC）术后并发症的早期发现与预后的改善有关。近日，西班牙研究人员在International Journal of Surgery发表最新研究，纳入146名CRC患者，探究早期代谢组学特征能否检测CRC手术后严重并发症风险的患者。结果发现手术诱导的磷脂和氨基酸失调与CRC术后并发症的严重程度有关，使用术后循环代谢标志物可识别有严重术后并发症风险的患者，值得关注。

手术预后标志物研究论文基础研究代谢组

肝移植

Cell子刊：粪便代谢物分析可识别有术后感染风险的肝移植患者

肝移植是终末期肝病的最终治疗方法，但与肠道微生物群相关的高感染率使其复杂化。近日，芝加哥大学研究人员在Cell Host and Microbe发表最新研究，纳入107名接受肝移植患者，测定其粪便代谢物并与肠道菌群组成、病原体丰度和术后感染间关联，发现短链脂肪酸、次级胆汁酸和其他微生物衍生代谢物浓度的降低与肠道病原体扩张和术后感染有关。总之，该研究表明，通过粪便代谢物定量描述肠道生态失调可能为目标微生物群重建提供途径，值得关注。

肝移植粪便代谢物研究论文基础研究肠道菌群

衰老

国内团队：肠道菌群-代谢物互作如何影响衰老和肾功能的新见解

人类衰老总是伴随着肾功能的下降，这一过程可能会因肠道微生物产生的尿毒素而加剧。近期北京医院国家卫生健康委北京老年医学研究所的孙亮和杨泽、深圳华大生命科学研究院的Karsten Kristiansen和聂超作为共同通讯作者在Aging Cell发表了一项研究成果，基于登记的中国广西家庭长寿队列(n = 151)，对22至111岁的个体进行了肠道微生物群和血清代谢组的综合分析，并在两个独立的东亚老龄化队列（日本、云南）中验证。本研究揭示了衰老过程中肠道微生物群和血清代谢组的重要特征，以及肠道微生物群与年龄相关的变化如何与血液中肾功能受损的不同标志物的积累相关。特别是，肾功能受损标志物的积累和肾功能下降可能加速衰老过程，强调了肠道微生物群改变和肾功能受损标志物在健康衰老中的重要性。

衰老肠道菌群肾功能代谢组

昼夜节律

昼夜节律肝癌研究论文基础研究生物标志物

膳食果糖

上交大医学院Cell子刊：果糖究竟是促癌，还是抗癌？

越来越多的证据表明果糖摄入量与癌症发病率间存在关联，高果糖摄入会促进小鼠肝脏和结肠肿瘤的发生。近日，上海交通大学医学院邹强、孙加源、叶幼琼、上海交通大学医学院附属瑞金医院赵任等在Cell Metabolism发表最新研究，通过动物实验、临床样本联合多组学分析，发现膳食果糖可促进脂肪细胞源性瘦素信号转导，增强CD8+ T细胞的抗肿瘤功能。果糖-脂肪细胞瘦素-CD8+ T细胞轴是一条免疫内分泌通路，有助于T细胞介导的抗肿瘤免疫应答，值得关注。

膳食果糖抗肿瘤免疫研究论文基础研究脂肪细胞

脯氨酸

钟超Nature子刊：脯氨酸激活一种免疫细胞，维持肠道稳态

代谢调节是先天淋巴细胞正常运作不可或缺的一部分，但其潜在机制仍然难以捉摸。近日，北京大学钟超及团队在Nature Metabolism发表最新研究，通过动物实验结合转录组和代谢组，发现通过饮食限制或淋巴组织诱导细胞（LTi，一类ILC3亚群）中脯氨酸转运蛋白Slc6a7的缺失，破坏外源性脯氨酸摄取，会损害LTi活化并加重右旋糖酐硫酸钠诱导的小鼠结肠炎。总之，该研究揭示了脯氨酸在促进LTi激活并最终促进肠道稳态中的作用，值得关注。

脯氨酸肠道稳态研究论文基础研究转录组

因果推断

Cell子刊：新型理论框架或可用于微生物组-代谢组关系的因果推断？

由于组学类别的多变量性质以及未测量的混杂因素的影响，使用观察数据对代谢领域的微生物组与宿主关系进行因果推断通常很棘手。然而，鉴于微生物组作为干预目标的重要性日益凸显，了解微生物组对宿主代谢组的因果影响对于设计和测试益生元和益生菌干预措施的功效变得至关重要。近日，爱尔兰国立大学戈尔韦分校研究人员在Cell Reports Methods发表最新研究，提出了一个理论框架，将群体统计与COBRA微生物群落模型相结合，用于微生物组-代谢组关系的因果推断，实测性能较好，值得关注。

因果推断代谢组研究论文基础研究微生物组

代谢

李欣+陈思凡+刘志鹏：中等海拔暴露或通过肠道菌群对抗血糖异常

中等海拔暴露对糖尿病发病率具有有益作用，但其潜在机制尚不清楚。近日，南方医科大学李欣团队、中山大学陈思凡团队联合上海百趣代谢组学技术研究中心刘志鹏团队在Science of the Total Environment上发表文章，研究人类肠道菌群如何影响健康中国人中等海拔暴露后的血清代谢组及葡萄糖稳态，并揭示针对肠道菌群和循环代谢组的中等海拔暴露可能为对抗血糖异常开辟新途径。

代谢海拔肠道菌群血糖调控代谢组

宏基因组

刘洋彧等Nature子刊：限制性内切酶或可助力解决宏基因组假阳性鉴定问题

尽管现有的宏基因组分析器前景看好，它们也存在一些局限性。目前多数宏基因组分析器面临的主要瓶颈是它们依赖于通用的单拷贝标记或整个微生物基因组作为参考，因此受限于构建参考数据库时的标记缺失，抑或保守区域的多重比对问题。近日，哈佛大学医学院刘洋彧及团队在Nature Communications发表最新研究，利用物种特异性IIB型限制性内切酶酶切位点作参考，不采用通用标记或整个微生物基因组，构建基于IIB型限制性内切位点的宏基因组分析器MAP2B，MAP2B可以有效的消除微生物组数据鉴定时存在的假阳性，并生成更高精度、更准确的物种分类结果，值得关注。

宏基因组假阳性研究论文基础研究生信工具

肺气肿

肠道菌群代谢物或可缓解吸烟引起的肺气肿

慢性阻塞性肺病（COPD）是一种常见的肺部疾病，会导致气流受限和呼吸问题。该病有时也被称为肺气肿或慢性支气管炎。肠道和肺部的生态失调被认为与COPD有关。在发表在Thorax上的一项研究中，比较了患有肺气肿的患者和无症状吸烟者的唾液和粪便微生物群落和代谢物，发现乙酸和丙酸在吸烟诱导的肺气肿小鼠模型中表现出治疗潜力，可能成为COPD的新治疗方法。

肺气肿肠道菌群代谢组菌群与宿主互作

技术方法

陈海威等Cell：新技术！绘制人体/菌群代谢物与GPCR的互作图谱

G蛋白偶联受体（GPCR）是人类基因组编码的最大的细胞表面受体家族，能识别源自人体、菌群、饮食和药物的多种类型的配体，并调节人体生理的方方面面。然而GPCR中仍然存在很多未知内源性配体的孤儿受体。Cell最新发表了复旦大学陈海威、耶鲁大学Noah Palm与团队的研究文章，报道了一种高度多路复用的GPCR筛选平台——PRESTO-Salsa。该方法能够以高通量的方式，评估小分子、多肽、蛋白质、细菌培养上清、血清等多种类型的样品对GPCR组（314个GPCR）的活化情况进行检测，且具有样品量需求低的优点。基于该方法，研究者绘制了1041种人体相关代谢物和435个人体共生菌株与GPCR组的互作图谱，并揭示了一种免疫细胞相关的GPCR孤儿受体可被牙周病原体的蛋白酶活化。

技术方法高通量筛选平台人类菌群菌群代谢物代谢组

脱氢表雄酮

脱氢表雄酮干预或影响卵泡代谢组组成

接受体外受精的女性如果对卵巢刺激反应不佳，导致取出的卵母细胞数量较少，会导致妊娠率较低。这种情况下临床的一个干预方案是进行脱氢表雄酮干预。本研究旨在探索脱氢表雄酮干预后卵泡液代谢组学的变化，从而揭示脱氢表雄酮干预的潜在的机制。

脱氢表雄酮研究论文卵巢功能体外受精不孕症

粪便胆汁酸

粪便胆汁酸或能诊断非肝硬化NASH人群

目前，临床上非肝硬化NASH的诊断通常需要侵入性肝活检来确定，这种诊断方式阻碍了患者参与NASH临床试验。先前的粪便代谢组研究显示，NASH患者的粪便总胆汁酸含量较高，且粪便胆汁酸谱发生改变，但这些差异可能受到BMI和年龄等因素的影响。因此，有必要建立微生物组特征来识别非肝硬化NASH，且排除BMI和年龄的影响。Hepatology上近期发表的研究，将粪便代谢组作为疾病生物标志物，发现粪便胆汁酸或能更好区分非肝硬化NASH与健康人群。

粪便胆汁酸诊断生物标志物非肝硬化NASH 粪便微生物组代谢组

类风湿性关节炎

四川大学：解析类风湿性关节炎高危人群的肠道菌群和代谢组

近日，四川大学刘毅团队联合唐怀荣在Arthritis and Rheumatology上发表文章，探究类风湿性关节炎（RA）高危人群的肠道菌群和血清代谢特征，及肠道菌群对粘膜免疫系统及其对关节炎发病机制中的的作用。发现RA高危人群中肠道菌群发育不良且代谢组改变，临床前粪菌移植会触发肠道屏障功能障碍并改变粘膜免疫力，进一步促进关节炎的发展。

类风湿性关节炎肠道菌群代谢组

代谢组

Nature子刊：人代谢组沿上肠道的变化

与今日Nature同时发表的一项Nature Metabolism研究，采用相同的无创取样装置，从15名健康人的上肠道（小肠+升结肠）由近端至远端的4个位置收集不同时间点的日常消化过程中的肠腔内容物样本，通过质谱和16S rRNA测序分析了代谢组和肠道菌群，鉴定出肠道内的上千个的生物分子，包括许多未知的代谢物，强调了肠道和粪便代谢组之间的差异，并揭示了饮食、宿主和微生物代谢之间的联系。

代谢组小肠肠道菌群

采样方法

Nature：采样胶囊助力人类肠道多组学分析

目前对于肠道的微生物组、蛋白质组和代谢组的研究，基本依赖于分析粪便样本。然而，粪便样本不能反映肠道不同区域的内容物差异，人们对于肠道中的微生物分布、其所处内环境和生化活动仍所知有限。Nature最新发表的重磅研究，开发了可在正常生理状态下从受试者的特定肠段取样的可吞咽胶囊设备，并通过多组学分析鉴定出菌群结构、噬菌体诱导、抗生素抗性基因和胆汁酸谱等沿肠道变化的情况，揭示了肠道样本与粪便样本间存在的显著差异，为进一步研究肠道微生物组和代谢组在人类生理和疾病中的作用提供了有力工具。

采样方法多组学肠道菌群代谢组蛋白质组

胆汁酸腹泻诊断评分（BDS）

Gut：诊断胆汁酸腹泻新方法

胆汁酸腹泻（BAD）是一种常见的胃肠道疾病，影响全世界约1%人口。BAD诊断困难，目前的临床金标准为75硒牛磺胆酸潴留试验，但在很多国家不被批准，血清FGF19和7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮血清浓度检查也可以辅助诊断，但其准确性较低。Gut上发表的最新研究，发现与目前基于血液检测的诊断相比，来自单一血液样本的血清代谢物的BAD诊断评分显示出更高的特异性和敏感性。此外，这一诊断模型能够改善和加速诊断过程，增加治疗的可行性，并能促进不良反应治疗的个性化改进。

胆汁酸腹泻诊断评分（BDS）机器学习胆汁酸腹泻研究论文医学研究

肠道菌群

Nature子刊：肠道菌群以年龄和性别依赖的方式改变小鼠代谢组

肠道共生菌群对于哺乳动物新陈代谢十分重要，越来越多的文献表明，肠道菌群组成的变化会对免疫功能、神经调节和疾病进展产生深远影响，其中肠道菌群的代谢物渗透到全身宿主组织，是菌群影响宿主生理的一种机制。卡尔加里大学研究学者在Nature Communications发表最新文章，使用LC-MS研究无菌、共生菌定植、SPF小鼠不同发育阶段整个胃肠道的代谢特征，同时评估了年龄和性别对代谢物谱的影响，揭示微生物组与关键生物变量之间的相互作用。

肠道菌群代谢组研究论文基础研究

MetaboDirect

用于处理傅里叶变换质谱代谢组学数据的新工具—MetaboDirect

随着代谢组学的快速发展（尤其是傅里叶变换离子回旋共振质谱），极大地增加了复杂有机物样品的分子表征，但用户面临着数亿个数据点的挑战，而这些数据点缺乏现成的、用户友好的和可定制的软件工具。近日，发表在Microbiome的工具，开发了一个用户友好的、可访问的、高度全面的工具MetaboDirect（https://github.com/Coayala/MetaboDirect），可用于描述、分析不同的生物和非生物因素如何影响不同环境和系统中的代谢物组成，值得进一步测试。

MetaboDirect 代谢组研究论文基础研究可视化

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征

Cell子刊：多组学分析慢性疲劳综合征患者的菌群-宿主互作

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME/CFS）是一种研究不足的多系统疾病。Cell Host and Microbe发表的这项研究，对ME/CFS患者进行了整合多组学分析，并对患病时间较短和较长的患者进行了分组分析。结果表明，短期患者的特点是更为明显的肠道菌群失调，尤其是产丁酸菌的减少，而长期患者则有更为严重的临床表型和代谢异常。

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 ME/CFS multi-‘omics metagenomics metabolomics

阿尔茨海默病

吉林大学：多组学揭示五味子多糖缓解大鼠阿尔茨海默病的机制

五味子是一种用于治疗阿尔茨海默病（AD）的草药，目前对其纯化的多糖成分SCP2的结构和体外活性进行了研究，然而关于SCP2的体内活性及其治疗AD的潜在机制尚不清楚。近日，吉林大学刘忠英团队在International Journal of Biological Macromolecules上发表文章，结合宏基因组学和代谢组学全面探究SCP2干预下AD大鼠的菌群和代谢变化，阐明SCP2治疗AD的潜在机制，为肠道菌群在AD发病机制中的作用提供了新见解。

阿尔茨海默病五味子多糖中医药肠道菌群代谢组

柑普茶

国内团队：抗肥胖普洱茶又添新成员

柑普茶是一种用广东新会大红柑或小青柑和云南西双版纳勐海县普洱茶为原料制作而成的一种茶，属于普洱茶的一种。柑普茶可以通过调节肠道菌群减重。然而，柑普茶调节肥胖的机制尚不清楚。近日，来自湖南大学和湖南省农业科学院的团队在Food Chemistry上发表研究成果，从肠道菌群、代谢组和转录组的角度探讨了柑普茶改善高脂饮食诱导小鼠肥胖的潜在机制。柑普茶未来或可用作预防或治疗肥胖的健康饮品。

柑普茶肥胖研究论文基础研究微生物组

慢性乙型肝炎

复旦大学：慢性乙肝中的肠道菌群和代谢组

复旦大学的蒋炜和吴健团队合作在Gut Microbes发表文章，对慢性乙型肝炎感染相关肝病（HBV-CLD）患者的粪便菌群、粪便代谢组以及菌群变化对外周免疫的影响进行研究。结果显示，HBV-CLD患者微生物组和代谢组组成发生明显变化，疾病进展和抗病毒治疗是两个主要的因素，而外周免疫可能是慢性乙型肝炎发病机制中肠道微生物-宿主相互作用的中间环节。

慢性乙型肝炎肝病肠道菌群代谢组外周免疫

代谢组

代谢组学助力解析饮食与心血管代谢疾病的关系

很多观察性研究分析了饮食与心血管代谢疾病（如糖尿病、心血管疾病）的关系，但饮食相关的个体代谢特征在其中的作用尚待深入挖掘。European Heart Journal最新发表的这项研究，基于美国的多种族CARDIA前瞻性队列的大规模代谢组分析以及长期随访数据，该研究发现，饮食的代谢特征与长期的糖尿病和心血管疾病相关，这些关联独立于生活方式和传统风险因素。代谢组学提高了识别与饮食有关的心血管代谢疾病的不良后果和途径的精度。

代谢组饮食心血管代谢疾病糖尿病心血管疾病

代谢组

傅静远+陈连民Nature子刊：大规模解析！遗传、饮食和肠道菌群如何影响人体代谢？

血浆代谢物可以反映人体不同组织器官的代谢活动，与人体的健康和疾病有者密不可分的关系，并在不同程度上收到遗传、饮食和肠道菌群的影响。Nature Medicine最新发表了荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授研究团队、陈连民博士（现任南京医科大学/江苏省人民医院教授）作为第一作者的重要研究，评估了荷兰Lifelines DEEP等前瞻性多组学队列中1368名有广泛表型数据的个体的1183种空腹血浆代谢物，系统性分析了血浆代谢物与遗传、饮食和肠道菌群间的关联。该研究表明，饮食和菌群在解释机体代谢的个体间差异上起主导作用，且基于血浆代谢组的模型可用于评估饮食质量。此外，该研究还推断了饮食、菌群和代谢物间的潜在因果关系。这些发现极大地促进了人们关于饮食和肠道菌群在人体代谢中的作用的认知，对研发调节饮食或肠道菌群以改善代谢健康的靶向干预方法，具有重要参考价值。

代谢组肠道菌群流行病学饮食遗传

OligoMM12小鼠

最小微生物群落（OligoMM12）小鼠的代谢与无菌及SPF小鼠有何差异？

目前，常用无菌（GF）小鼠和无特定病原体（SPF）小鼠比较评估肠道菌群影响宿主利用能量的方式，但SPF小鼠的肠道菌群易受出生和长大环境的剧烈影响。因此，研究人员常用具有简单但明确的微生物群落小鼠。近日，研究人员在PLoS Biology上发表最新研究，通过隔离器代谢笼系统比较OligoMM12（由12种可培养的菌株组成）、GF及SPF小鼠食物摄入量、消化效率、能量消耗等差异，发现OligoMM12小鼠有更多脂肪量，而GF比OligoMM12和SPF小鼠重，但减去盲肠重量后三组体重接近。更重要的是，相比SPF小鼠，OligoMM12与GF小鼠代谢组更相似，表明最小的微生物组无法完全再现传统微生物组对宿主代谢组的影响。总之，该研究加深了我们对含有微量微生物组小鼠与常规微生物组小鼠间新陈代谢的相似/不同的理解。尽管调节OligoMM12小鼠群落和复杂菌群间能量差异的精确机制还有待阐明，但值得我们去探究。

OligoMM12小鼠昼夜节律研究论文基础研究代谢组

CAR-T细胞治疗

浙大一院Nature子刊：肠道菌群或能调节CAR-T疗效

嵌合抗原T细胞治疗（CAR-T）联合骨髓细胞移植在B细胞相关的恶性血液病治疗中具有非常好的效果。但是，经该方法治疗后，一些患者会出现复发，且预后较差的情况。此外，尽管CAR-T的疗效显著，但同时也存在会导致细胞因子风暴和多种血细胞减少症等副作用，且这种副作用的程度在不同患者中有明显的差异。目前对于这种疗效和副反应差异的原因尚不明确。有研究显示肠道菌群会影响化疗治疗血液疾病的效果，而肠道菌群组成是否会影响CAR-T的疗效和副作用尚不清楚。近期浙江大学医学院附属第一医院的黄河和李明定团队在Nature Communications上发表了其针对该问题的最新研究成果，该研究首次全面探究了肠道菌群影响CAR-T疗效和其导致细胞因子风暴等副作用的机制，为进一步提高CAR-T疗效，降低毒副作用提供了重要的科学依据。

CAR-T细胞治疗肠道菌群疗效细胞因子释放综合征（CRS）代谢组

多发性大动脉炎

蔡军等：首次鉴定出诊断多发性大动脉炎的肠道微生物

多发性大动脉炎(TA)是一种同时具有免疫相关炎症性疾病和心血管疾病共同特征的罕见疾病，其相关研究不足。中国医学科学院阜外医院的蔡军、张慧敏和山西医科大学的李亚峰与团队在Arthritis and Rheumatology发表文章，对TA患者、健康人和白塞病人的肠道菌群、非靶向代谢组学和脂质组学进行分析，首次鉴定出可用于诊断TA的肠道微生物，且发现肠道菌群失调可能是通过代谢组学和脂质组学作用于TA疾病表型。

多发性大动脉炎肠道菌群代谢组脂质组

早发性结直肠癌

马延磊团队：早发性大肠癌患者的肠道菌群、代谢组和细菌酶基因特征

大肠癌（CRC）在年轻人中的发病率正在逐渐升高。常规的CRC筛查策略主要针对≥50岁的晚发性（LO）CRC，如何对早发性（EO）CRC进行有效的早期筛查，是目前面临的一大挑战。复旦大学附属肿瘤医院马延磊团队近期在Gut发表一项最新研究，通过对总共549例的EO-CRC患者、LO-CRC患者和健康对照进行粪便宏基因组和代谢组学分析，揭示了EO-CRC和LO-CRC在菌群组成、代谢物和细菌酶基因方面的相似和差异，并通过机器学习建立了基于多组学标志物的预测模型，在EO-CRC的检测筛查方面具有强大潜力。

早发性结直肠癌肠道菌群代谢组预测模型结直肠癌筛查

孕期肥胖

孕期肥胖通过影响代谢组增加后代儿童精神障碍风险

孕期肥胖可能增加后代儿童发生精神行为障碍的风险，但是其中的机制并不清楚。本研究通过代谢组检测，发现与BMI相关的代谢物水平的变化，可在一定程度上解释其中的关联。

孕期肥胖研究论文代谢组儿童精神行为障碍孕期BMI