生物标志物

在临床研究中采用高内涵组学技术，已经产生了大量的候选生物标志物。然而，将这些发现转化为真正的临床生物标志物仍然具有挑战性。近日，斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发出强大的机器学习管道，可扩展到多组学整合任务，能够对复杂的预测模型进行生物学解释，测试性能较好，值得关注。

Stabl 机器学习研究论文基础研究生物标志物

生物标志物

南方医科大学：细菌胞外囊泡穿肠入血，或可作为疾病标志物

细菌细胞外囊泡（BEV）是细菌分泌的纳米颗粒，携带各种生物活性成分。这些囊泡被认为是细菌影响宿主的新途径，但其在人类体内的基本特性尚不清楚。南方医科大学的王前、郑磊和Zhang Minying合作在Journal of Extracellular Vesicles发表文章，开发出单囊泡分析平台，发现宿主循环中存在BEV，并揭示出其或可作为各种疾病的新型生物标志物。

生物标志物细菌细胞外囊泡

生物标志物

iMeta：一个功能性的结直肠癌生物标志物数据库-CBD2

本文在结直肠癌生物标志物数据库（CBD）构建基础上，开发了CBD2，包括1569个新报告的生物标志物的信息，CBD2还允许用户查询一系列化学物、药物组合或多个靶点，以实现多药物、多靶点、多途径分析，促进CRC多药物治疗设计。

生物标志物结直肠癌数据库网络分析

腹泻

Nature子刊：医院获得性腹泻患者生物标志物有何特征？

医院获得性腹泻（HAD）很常见，通常与抗生素给药后肠道菌群和代谢组失调有关。艰难梭菌是最重要的抗生素相关性腹泻 (AAD) 病原体，但人们对AAD和艰难梭菌感染 (CDI) 与对比抗生素治疗相关的微生物群和代谢组知之甚少。近日，莫纳什大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，揭示了医院获得性腹泻患者的生物标志物，发现酪胺/酪氨酸比值升高和脯氨酸Stickland发酵分别可作为低多样性肠球菌显性AAD以及伴随肠球菌增殖和CDI的生物标志物，值得关注。

腹泻生物标志物研究论文基础研究致病菌感染

克罗恩病（CD）

AGA临床指南：生物标志物在克罗恩病治疗中的作用

生物标志物经常用于克罗恩病（CD）患者的评估和监测。Gastroenterology近期发表了美国胃肠病学会（AGA）的临床指南，分析了如何使用生物标志物和内镜检查来管理CD。

克罗恩病（CD）生物标志物内镜粪钙卫蛋白 C-反应蛋白(CRP)

昼夜节律

昼夜节律肝癌研究论文基础研究生物标志物

深度学习

Cell子刊：AI助力大肠癌检测再取新进展

本文研究开发一种基于转换器的管道，将预先训练的转换器编码器与用于补丁聚合的转换器网络相结合，从结直肠癌常规病理切片中进行端到端生物标志物预测,与当前最先进的算法相比，此方法大大提高了性能、可推广性、数据效率和可解释性。

深度学习生物标志物结直肠癌人工智能转换器

生物标志物

国内团队开发用于探索HPV相关肿瘤的肿瘤免疫微环境的shiny网页工具

本文开发了一个名为HPV（人乳头瘤病毒）相关肿瘤免疫微环境分析平台（HPVTIMER）的网络工具，它作为一个综合分析平台，整合了基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）内现有的8种HPV相关肿瘤、共65个转录组数据集、2,290个样本、超过10,000个基因的表达数据。

生物标志物 HPV相关癌症 HPVTIMER 肿瘤免疫微环境网络工具

肿瘤菌群

Nature：胰腺真菌群是否存在？是否促癌？

2019年Deepak Saxena和George Miller通过对胰腺癌真菌微生物组分析发现，马拉色菌属通过mannose-binding lectin介导补体信号促胰腺癌发生发展。文章发表后，杜克大学Peter J. Allen团队提出了质疑。近日，Nature的matterss arising栏目Deepak Saxena团队做出了回应，通过方法论的辩护以及提供新的验证结果，反驳了质疑文章的主要观点，并继续坚持真菌在胰腺癌发生中起重要作用的主张，值得关注。

肿瘤菌群胰腺癌其他基础研究分析工具

工程菌

Nature：监测肠内多种炎症标志物的工程菌电子小胶囊

一氧化氮（NO）等胃肠道中的瞬时分子是炎症的关键信号和介质。然而，由于其高反应性和在体内极短的存续时间，这类分子很难被检测到。Nature最新发表一项研究，构建了包含工程菌以及电子读出和传输电路的一体化可吞咽胶囊，可对肠道内的多种瞬时炎症标志物进行实时监测，并通过智能手机等体外设备接收检测数据，有望用于炎症性肠病等疾病的诊断和监测。

工程菌可吞咽电子设备合成生物学肠道炎症生物标志物

肛门癌

Nature子刊：菌群或可帮助筛查肛门癌

人乳头瘤病毒可引起侵袭前的高级鳞状上皮内病变 (HSIL)，作为肛门生殖器区域癌症的前兆，其中菌群是促成因素之一。感染HIV的男男性行为者患肛门癌的风险很高，但目前HSIL的筛查策略缺乏特异性。近日，发表在Nature Medicine上的这篇文章，通过研究肛门菌群以改善HSIL筛查，并发现菌群衍生的钴胺素和琥珀酰辅酶A可作为改善肛门癌筛查的生物标志物。

肛门癌生物标志物菌群产物肛门菌群癌症筛查

肿瘤菌群

Nature Reviews：肠道肿瘤菌群特征及其潜在应用（综述）

Nature Reviews Clinical Oncology上发表的一篇综述，详细介绍了不同癌症患者之间共享的肠道肿瘤菌群特征，并讨论了肠道肿瘤菌群特征与免疫及代谢的关联，以及肠道肿瘤菌群特征用于预测免疫检查点抑制剂疗效的潜力。

肿瘤菌群综述肿瘤免疫治疗生物标志物

结直肠癌

粪便miRNA特征或可用于结直肠癌诊断

结直肠癌（CRC）的癌前病变和早期肿瘤的筛检发现可大大增加成功治疗和治愈机会。目前的无创筛查方法主要基于粪便免疫化学试验（FIT）检测粪便隐血，但FIT的准确性有限。miRNA是理想生物标志物，有望用于替代组织和体液的侵入性检查。但有关miRNA的研究多在肿瘤和血浆中开展，粪便样本中miRNA及其与CRC的关系研究较少。近日，意大利基因组医学研究所等机构的研究人员在Gastroenterology发表文章，对CRC患者和健康对照的粪便样本进行小RNA测序，确定了CRC患者粪便中miRNA的差异表谱，并通过机器学习策略确定了5中miRNA特征可作为区分CRC和健康对照的生物标志物。该研究将有助于改善CRC的非侵入性诊断和筛查策略。

结直肠癌研究论文粪便miRNA 生物标志物 MiRNA

母乳

母乳和配方奶粉中的污染物（综述）

虽然母乳是新生儿喂养最佳的方式，但是对于无法完成母乳喂养的母亲来说，配方奶粉是最佳选择。无论是母乳还是配方奶粉，其中都有污染物的存在。本研究总结了目前检出的部分污染物，为进一步开展新生儿喂养方式研究提供基础。

母乳综述商业配方奶粉污染物生物标志物

IBD治疗

AGA最新指南：生物标志物在溃疡性结肠炎治疗中的作用

Gastroenterology上发表了美国胃肠病学协会的一项最新临床实践指南，针对不同情况（症状缓解、中重度症状、轻度症状）的溃疡性结肠炎患者，给出了不同的监测建议（基于生物标志物的监测，或进行内镜检查）。

IBD治疗其他生物标志物

生物标志物

促炎饮食可能通过调节炎症/免疫相关蛋白的表达，从而影响认知损伤风险

免疫失调及促炎饮食可能增加认知衰退的风险，但促炎饮食影响认知损伤发展的机制尚未明确。Molecular Psychiatry上发表的一项最新研究结果，在1528名女性中，鉴定出了数十种与促炎饮食相关的炎症/免疫蛋白，并从中鉴定出了部分与认知损伤风险相关的炎症/免疫蛋白。

生物标志物认知损伤研究论文促炎饮食血浆蛋白

阴道代谢物

Nature子刊：孕期阴道代谢物特征可预测早产风险

本研究通过对阴道代谢组学的检测分析，并借助机器学习方法构建预测模型，发现外源性的一些代谢物可能是导致早产的危险因素，而通过阴道部分代谢物特征可以构建早产的风险评估模型。该成果有望在临床上推广使用。

阴道代谢物研究论文孕妇阴道菌群自发性早产

自身抗体

αvβ6自身抗体或可用于预测溃疡性结肠炎

Gastroenterology上发表的一项最新研究结果，发现在溃疡性结肠炎（UC）确诊前10年，血清中的抗整合素αvβ6自身抗体水平已显著高于对照，且较高的αvβ6自身抗体水平与较差的UC结局相关。

自身抗体整合素αvβ6 溃疡性结肠炎生物标志物研究论文

神经健康

补充烟酰胺核苷或有助于改善老年人神经系统健康

烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）是一种重要的代谢物，广泛参与长寿相关的细胞过程。衰老过程中大脑中NAD+水平的下降促进脑的代谢和细胞功能障碍，并与衰老相关神经系统疾病的发病机制相关。膳食摄入NAD+前体，如烟酰胺核苷（NR），是增加人类外周组织中NAD+水平的有效途径，但NR是否能够提高大脑中NAD+水平或参与神经退行性疾病过程尚不清楚。美国国立老龄研究所研究人员近日在Aging Cell发表文章，通过富集人血浆中神经源性的细胞外囊泡（NEVs），证实口服NR能够增加神经元中NAD+浓度并降低神经退行性疾病标志物水平。该研究同时证明血液中的NEVs可为监测神经元病理变化和干预手段有效性提供新的基于血液的窗口。

神经健康研究论文烟酰胺核苷膳食补充剂 NAD+

酒精相关肝病

Nature Reviews：酒精相关肝病的研究进展（年度回顾）

酒精相关肝病综述生物标志物免疫球蛋白超家族补体受体肝移植

妊娠期高血压疾病

尿液代谢组学或可助力妊娠期高血压诊断

寻找妊娠期高血压疾病诊断的非有创的生物标志物有助于疾病的早发现、早诊断和早治疗，同时也为寻找潜在的干预靶点提供依据。本研究基于尿液代谢组学，借助机器学习算法，发现了妊娠期高血压疾病的潜在预测模型。

妊娠期高血压疾病研究论文尿液代谢组学生物标志物机器学习

结直肠癌

房静远团队：一文读懂具核梭杆菌与大肠癌（综述）

具核梭杆菌是一种口腔厌氧性条件致病菌，在结直肠癌（CRC）患者的粪便和肿瘤组织中均有富集。来自上海交通大学医学院附属仁济医院的房静远团队在Trends in Microbiology发表最新综述，总结了具核梭杆菌在CRC发生发展中的生物学特性及其调控机制，并将具核梭杆菌作为CRC早期预警和预后预测标志物进行讨论。

结直肠癌综述基础研究具核梭杆菌细胞增殖

帕金森病

瑞金医院：一种肠菌酶或能预测帕金森病患者对左旋多巴的应答

帕金森病（PD）患者对左旋多巴的应答存在个体差异。瑞金医院的肖勤团队在Neurology上发表的一项横断面队列研究结果，发现粪便中的酪氨酸脱羧酶基因的相对丰度与PD患者对左旋多巴的应答独立显著相关，利用酪氨酸脱羧酶基因丰度可准确预测PD患者对左旋多巴的应答。

帕金森病酪氨酸脱羧酶研究论文左旋多巴生物标志物

IBD治疗

肠道菌群影响IBD患儿对英夫利昔单抗的应答

Inflammatory Bowel Diseases上发表的一项队列研究结果，在29名接受英夫利昔单抗治疗的IBD患儿中发现，基线时的肠道菌群特征（包括特定菌目及菌属的丰度）与对治疗的应答相关。

IBD治疗研究论文英夫利昔单抗生物标志物队列研究

克罗恩病

血清蛋白谱或可预测停用英夫利昔单抗后的克罗恩病复发风险

克罗恩病英夫利昔单抗生物标志物研究论文队列研究

结直肠癌

首都医科大学：结直肠癌患者是否需要辅助化疗治疗——MAGI3决定

首都医科大学的贺俊崎和张忠涛合作在Molecular Cancer发表文章，发现MAGI3 是一种新型的E3泛素连接酶，通过降解c-Myc来调节CRC的发展，可以作为新的生物标志物，用于预测结直肠癌患者对辅助化疗的响应性，从而指导病患的治疗方案。

结直肠癌辅助化疗生物标志物 E3泛素化连接酶

结直肠癌

于君团队：大肠癌中的肠道真菌群特征和促癌真菌

真菌菌群是人类肠道菌群的主要组成部分，但其在结直肠癌 (CRC) 中的作用未知。香港中文大学于君团队近期在Gastroenterology发表研究，通过对454个CRC、350个腺瘤以及525个健康人粪便进行宏基因组分析，发现在结直肠肿瘤发生阶段，肠道中真菌菌群失调以及病原真菌Aspergillus rambellii富集。这项研究表明粪便真菌也可作为诊断CRC的生物标志物。

结直肠癌肠道真菌组生物标志物

帕金森病

肠道菌群或可用于预测早期帕金森病的进展

NPJ Parkinson's disease上发表的一项最新研究结果，在165名帕金森病患者中，基于肠道菌群构建的随机森林模型可较准确地预测2年内的疾病进展，其中，短链脂肪酸产生菌的减少及粘蛋白降解菌的增加可预测更快的疾病进展。

帕金森病肠-脑轴生物标志物研究论文短链脂肪酸产生菌

克罗恩病

抗GM-CSF自身抗体可预测克罗恩病

Gastroenterology上发表的一项纵向队列研究结果，发现在克罗恩病患者确诊数年前，体内即可检测到抗GM-CSF自身抗体，后者可识别GM-CSF的转录后糖基化修饰。

克罗恩病研究论文纵向队列研究 GM-CSF 自身抗体

结直肠癌诊断

国内团队：利用尿蛋白进行结直肠癌的诊断及转移鉴别

中国医学科学院肿瘤医院的赵晓航团队与中国医学科学院基础医学研究所的孙伟团队在Nature Communications上发表的一项最新研究结果，鉴定出了与结直肠癌相关的特定尿蛋白特征：结合尿蛋白特征与粪便免疫化学检测，可显著提升结直肠癌诊断的敏感性；结合尿蛋白特征与血清癌胚抗原，可显著提升结直肠癌转移的检测敏感性。

结直肠癌诊断尿蛋白结直肠癌生物标志物研究论文