网络分析

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文章数：12篇

生物标志物

iMeta：一个功能性的结直肠癌生物标志物数据库-CBD2

本文在结直肠癌生物标志物数据库（CBD）构建基础上，开发了CBD2，包括1569个新报告的生物标志物的信息，CBD2还允许用户查询一系列化学物、药物组合或多个靶点，以实现多药物、多靶点、多途径分析，促进CRC多药物治疗设计。

生物标志物结直肠癌数据库网络分析

粪菌移植（FMT）

粪菌移植在预防急性移植物抗宿主病方面潜力如何？

移植物抗宿主病（GVHD）是由于移植后异体供者移植物中的T淋巴细胞，经受者发动的一系列细胞因子风暴刺激，增强了其对受者抗原的免疫反应，以受者靶细胞为目标发动细胞毒攻击，其中皮肤、肝及肠道是主要的靶目标。近日，美国明尼苏达大学研究人员在Clinical Cancer Research发表最新研究，评估了粪菌移植在预防急性移植物抗宿主病方面的潜力，发现粪菌移植可能对aGVHD具有保护作用，特别是在微生物群被破坏更严重的患者中，值得关注。

粪菌移植（FMT）移植物抗宿主病研究论文基础研究造血干细胞

补充多种益生菌对小肠菌群及代谢有何影响？

补充益生菌作为微生物群靶向疗法改善宿主健康的一种有前途的策略。然而，此类疗法所涉及的分子机制通常尚不清楚，特别是在针对小肠微生物群时。近日，格罗宁根大学研究人员在Gut Microbes发表最新研究，通过体外实验发现补充益生菌可增强小肠菌群对环境波动的抵抗性，促进其对营养素的利用，值得关注。

益生菌小肠菌群研究论文基础研究致病菌

肠易激综合征（IBS）

疲劳是肠易激综合征患者最核心症状

肠易激综合征（IBS）是一种常见的肠脑互动障碍，其特征是腹痛症状和排便习惯的改变。它经常与肠外的躯体和心理症状同时发生。American Journal of Gastroenterology近期发表的文章，对28种症状之间相互关系的性质以及是否与年龄有关进行研究。

肠易激综合征（IBS）核心症状网络分析

国内团队开发微生物网络分析和可视化R包—ggClusterNet

网络分析逐渐被生态学家们重视并持续应用于生态学领域，开发更为强大和方便的网络分析工具十分必要。该文章开发了名为ggClusterNet的R包，展示微生物网络模块化信息，用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘，可以帮助用户轻松完成网络分析和解释。

菌群网络分析 R包可视化

NetCoMi：R中微生物组数据的网络构建和比较

本文介绍了NetCoMi，一个用于微生物组数据的网络构建和比较的R软件包，它在单个可重现的计算工作流程中集成了每个分析步骤的现有方法。该软件包提供了用于构建和分析单个微生物关联网络以及量化网络差异的功能。这样就可以洞悉单个类群，类群组或整个网络结构在各组之间是否发生了变化。NetCoMi还包含用于构建差异网络的功能，从而允许评估单对类群在两组之间是否存在差异关联。此外，NetCoMi有助于构建和分析微生物组样品的异种网络，从而可以对整个微生物组样品采集的异质性进行高级图形化汇总。可在https://github.com/stefpeschel/NetCoMi上获得NetCoMi软件包以及教程。

成分数据微生物关联估计样品相似性网络网络分析网络比较

肠道菌群失调

傅静远团队：IBD和肥胖特异的菌群内部互作变化，以及关键菌种和功能途径

肠道微生物组是一个复杂的生态系统，存在着大量的微生物之间的相互作用。目前人们主要通过分析微生物丰度的改变来理解肠道微生物组在健康和疾病中的作用；而对于疾病中的微生物间互作以及起关键作用的微生物，人们仍所知有限。Nature Communications最新发表了来自荷兰格罗宁根大学傅静远团队的研究，对荷兰4个队列的宏基因组数据进行了菌种共丰度和功能途径共丰度的分析，鉴定出3454个菌种共丰度关系和43355个途径共丰度关系，揭示了IBD特异和肥胖特异的共丰度网络特征，以及在相关菌群生态失调中有潜在重要作用的关键菌种和功能途径。这些发现加深了人们对疾病相关菌群失调的认知，提示菌群失调不仅体现在菌群成员的丰度变化层面上，还反映在菌群内微生物间互作关系的改变上。

肠道菌群失调 Gastrointestinal system INFLAMMATORY BOWEL DISEASE metabolic disorders 共丰度网络

微生物组分析工具

功能全面的微生物组及多组学数据网络分析平台MetagenoNets

微生物组网络分析是数据的常用解读方式，但现在软件和方法复杂、使用不方便等因素限制了网络分析的应用。本文作者建立了一个在线提供交互式网络分析的网站 https://web.rniapps.net/metagenonets ，可实现多种相关分析和网络图、热图的可视化方案，以及网络属性的计算、比较和可视化。本平台的发布，将极大地帮助无生物信息背景的生物学家开展网络分析。

微生物组分析工具网络分析共存网络相关分析分析平台

什么食物一起吃，可能影响痴呆风险

近年来大量研究表明健康饮食有助于降低痴呆风险，《Neurology》近期发表的一项来自法国的研究，则从另一个视角分析了饮食习惯与痴呆风险的关联。该研究通过网络分析发现，共同食用的食物组合模式很可能也会影响痴呆风险。

饮食痴呆症网络分析食物网络巢式病例对照研究

土壤细菌真菌群落互作共同维持生态系统功能稳定

在生态环境中，单一微生物对某种生态功能的影响往往与其他微生物有着千丝万缕的关系，这些微生物可能辅助该功能微生物，也可能具有相同的的生态功能，这些功能冗余对于维持生态系统稳定性具有重要作用。从生态学角度来讲，土壤中细菌和真菌并不是单独存在的，面对如此高维的数据，如何来寻找其与生态功能的关系？本文作者使用了网络分析。网络分析在当前微生物生态学领域愈演愈热，将微生物网络同生态功能相关联，同时考虑土壤细菌和真菌群落之间的关系是本文的特色。这些乱七八糟、杂乱无章的线条和点构成的美图在本文作者手中却转化成了解析生态功能重要手段，对我们解析微生物群落和生态功能之间的关系，提供了新的方向和手段。

土壤菌群网络分析细菌-真菌互作草原生态系统 Maria Rosa Ingrosso

替加环素作用下生物膜反应器中的抗性组变化

在一个周期为636天的实验中，来自于中科院生态环境中心的研究人员通过在合成污水中加入 0-25 mg/L 的替加环素，探索抗生素持续暴露对水处理系统中好氧生物膜群落的结构和抗性组的影响。

抗性组 Dynamics Resistome Biofilm microbiota Tigecycline

肠易激综合征

肠易激综合征患者的菌群-肠-脑轴紊乱

菌群-肠-脑轴可能影响肠易激综合征患者病症。《Microbiome》近期发表一项研究，发现在肠易激综合征患者中，肠道菌群-肠-脑轴发生紊乱，菌群的血清素生产功能可能参与了这一变化，互作关系的紊乱可能会改变患者对痛觉的感受，该结果对阐释肠易激综合征病理、开发治疗手段具有参考价值。

肠易激综合征菌群-肠-脑轴人体研究网络分析 Guillaume Walther