可视化

探索宏基因组重叠群并将其“分类”到宏基因组组装基因组（MAG）中对于描绘微生物群落内的功能和进化关系至关重要。尽管自动分箱算法取得很大进步，但其恢复MAG的准确性和生物相关性的能力仍然有限。近日，亚利桑那州立大学研究人员在Microbiome发表最新研究，开发了一种用于宏基因组重叠群可视化和组装的分箱工具BinaRena（thttps://github.com/qiyunlab/binarena），在环境和人类样本中实测性能较好，值得关注。

BinaRena 分箱工具研究论文基础研究宏基因组组装基因组（MAGs）

可视化

iMeta：PyComplexHeatmap：一个可视化多模态基因组学数据的python程序包

作者开发了PyComplexHeatmap（https://github.com/DingWB/PyComplexHeatmap），这是一个用于复杂热图可视化的Python库，其灵感来自于R中的ComplexHeatmap包。PyComplexHeatmap满足了多模态矩阵数据的精美渲染需求，同时结合了文本和图形注释，实现了多模态数据和相关元数据的高效集成分析。

可视化多模态基因组学数据 python程序包热图图形注释

微生物组数据分析

刘永鑫+袁军等：如何用好R进行微生物组分析？（综述）

如何从众多R包中选择合适、高效、便捷、易学的工具，是微生物组研究者面临的难题。中国农科院刘永鑫、南京工业大学袁军与团队在Protein & Cell 2023肠道大会微生物组专刊中发表综述文章，系统地梳理了R包在微生物组研究中的应用，为今后开发更好的微生物组工具提供了重要的理论基础和实践参考。本文干货很多，推荐专业人士学习参考。

微生物组数据分析 R包宏基因组可视化

MetaboDirect

用于处理傅里叶变换质谱代谢组学数据的新工具—MetaboDirect

随着代谢组学的快速发展（尤其是傅里叶变换离子回旋共振质谱），极大地增加了复杂有机物样品的分子表征，但用户面临着数亿个数据点的挑战，而这些数据点缺乏现成的、用户友好的和可定制的软件工具。近日，发表在Microbiome的工具，开发了一个用户友好的、可访问的、高度全面的工具MetaboDirect（https://github.com/Coayala/MetaboDirect），可用于描述、分析不同的生物和非生物因素如何影响不同环境和系统中的代谢物组成，值得进一步测试。

MetaboDirect 代谢组研究论文基础研究可视化

扩增子

iMeta：国内团队开发易扩增子(EasyAmplicon)：易用、可重复的菌群扩增子分析流程

本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。

扩增子生物信息学菌群流程可视化

注释数据

iMeta：余光创团队开发ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构

为了提高系统发育数据的可重复性与可重用性，在本研究中，作者设计了ggtree对象用于存储系统发育树，相关数据以及可视化指令，提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。Ggtree软件包可以在https://www.bioconductor.org/packages/ggtree/免费获得，在线书籍https://yulab-smu.top/treedata-book/也提供了ggtree的完整参考，其详细说明（文本、图、表、中文翻译版本或视频）也可从线上获取http://www.imeta.science/。

注释数据数据结构 ggtree 系统发育树可视化

热图

iMeta：复杂热图(ComplexHeatmap)的可视化方法

复杂热图是一种用来揭示多种信息之间复杂关联的强大的可视化方法，本文作者开发了一个名为 ComplexHeatmap 的 R 软件包，其中提供了大量的热图可视化工具，在生物信息学领域中被广泛使用，该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap R包在复杂热图可视化方面的特性和功能。

热图可视化聚类 Bioconductor R软件包

菌群

国内团队开发微生物网络分析和可视化R包—ggClusterNet

网络分析逐渐被生态学家们重视并持续应用于生态学领域，开发更为强大和方便的网络分析工具十分必要。该文章开发了名为ggClusterNet的R包，展示微生物网络模块化信息，用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘，可以帮助用户轻松完成网络分析和解释。

菌群网络分析 R包可视化

菌群

iMeta：宏蛋白质组学分析一站式工具集iMetaLab Suite

由于宏蛋白质组学研究中蕴含的难度和挑战性，一定程度上限制了其他领域菌群研究人员对宏蛋白组学的使用和深入探索。为了克服挑战，加拿大渥太华大学医学部药学院Daniel Figeys团队李乐园等开发了一套名为iMetaLab Suite的免费一站式分析工具集，涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。

菌群宏蛋白质组学生物信息学数据库搜索统计分析

宏基因组分箱

BusyBee Web：迈向基于整合和差异组成的宏基因组分箱

BusyBee Web 作为一种基于无参的分箱工具，其效率足以充当网络服务器。本文作者对分箱资源进行了重大更新，大大扩展了 BusyBee Web 的功能，使其成为一种基于组成型方法的多功能分箱工具。一方面，通过新增的聚类方法、嵌入算法和应用程序编程接口（API），为专家用户增加了数据分析的更多可能；另一方面，作者希望通过提供新的可视化和注释来扩大他们的用户群。该网络服务器免费使用：https://www.ccb.uni-saarland.de/busybee。

宏基因组分箱网络服务器聚类方法嵌入算法可视化

宏观多样性

MetaPop：探索微生物组宏观和微观多样性的工具

本研究中，作者介绍了 MetaPop，这是一种开源生物信息学流程，其提供了一个单一界面来分析和可视化宏观和微观多样性水平的微生物和病毒群落宏基因组。作者将 MetaPop 应用于接受粪便菌群转移的自闭症儿童及其神经正常同龄人的肠道病毒组，发现仅在宏观层面进行分析可能会遗漏重要的生物学差异。作者表示标准化的种群和遗传变异分析对于最大限度地进行生物学推断是非常宝贵的，而 MetaPop 提供了一个方便的工具包来探索菌群中宏观和微观多样性的双重影响。

宏观多样性可视化生物信息学肠道病毒组自闭症儿童

数据库

陈卫华+刘智+赵兴明：人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap

华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释，并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性，并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本，以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率，mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问：https://mbodymap.microbiome.cloud。

数据库可视化跨数据集人体菌群

Venn图

黄璐琦院士+刘永鑫：可重复和可编辑的Venn图和Venn网络在线工具EVenn

2021年8月2日，JGG在线发表了中国中医科学院黄璐琦院士团队和中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫高级工程师合作题为“EVenn: Easy to create repeatable and editable Venn diagrams and Venn networks online”的研究论文。该论文介绍了一款用于数据交互性探索和可视化的一站式Venn图和Venn网络在线绘制平台。EVenn的访问网址：http://www.ehbio.com/test/venn/。

Venn图 Venn网络交互性探索可视化交集

维恩图

西南大学团队综述Venn图工具大比拼

本研究中，作者收集了维恩图生成器（即，仅用维恩图用于可视化几个数据集之间的关系）和维恩图应用程序工具（即，分析生物数据之间的关系并在维恩图中进行可视化）并比较它们的功能。作者还根据图形布局来评估维恩图生成器的图片美化参数，并简要概述了最流行的维恩图应用工具的功能特性。最后，作者讨论了维恩图应用程序工具所面临的挑战，并对维恩图在生物信息学中的应用提供了新视角。本研究的目标是协助用户选择合适的工具来分析和可视化他们自定义的数据集。

维恩图可视化生成器应用

菌群分析

用于交互式菌群分析和可视化的R包：animalcules

本文介绍了animalcules，这是一个R包，用于通过R Shiny提供的交互式界面或各种命令行函数进行交互式菌群分析。它是第一个支持所有16S rRNA、基于DNA的鸟枪宏基因组学和基于RNA测序的宏转录组学数据集分析的菌群分析工具包。 animalcules可以从GitHub网站https://github.com/compbiomed/animalcules上免费下载，也可以通过Bioconductor网站https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/animalcules.html进行安装。

菌群分析可视化交互式工具包生物标志物鉴定

扩增子

刘永鑫等：微生物组数据分析从入门到精通（综述）

Protein & Cell今年再与热心肠研究院合作，邀请7位智库专家合作撰写了微生物组专刊第二期。本篇来自中科院遗传发育所工程师、宏基因组公众号创始人、热心肠智库专家刘永鑫博士主笔，系统的总结了微生物组数据分析的基本思想、基本步骤，提出了可重复分析的基本要求和实现方法，同时提供了目前较新的扩增子、宏基因组分析流程供参考，是目前不可多得的微生物组数据分析学习资源，无论是入门，还是本领域多年的老司机，都会有不同的收获和体验。

扩增子宏基因组微生物组生物信息分析流程

可视化

PCB：一个对群落物种多样性数据进行可视化和处理的R包

数据分析利器，R包，懂的人请收下。

可视化群落层次 R包基因条码

可视化

Cell子刊：EMPeror升级，可动画表现菌群动态

EMPeror 可视化艰难梭菌微生物组动态动画

插图

Cell子刊：酒香也怕巷子深，好研究的插画要画好！

①在今天的生物学领域，研究者们不再只是通过实验数据来阐述现象，而是需要更好的可视化工具，将数据和结论以图像形式呈现。 ②如何制作出更形象生动且更吸引人的插图，对于向大众解释自己的科学发现尤为重要。 ③科学家可以与艺术家们合作，让自己的科学研究更好地被可视化。

插图可视化 Laure Bindels Amanda E Ramer-Tait

序贯荧光原位杂交

左文龙：基于序贯荧光原位杂交的空间菌群学技术

5月29日上午的新技术大会上，中国科学院深圳先进技术研究院戴磊组博士后左文龙发表演讲，介绍了开发的序贯荧光原位杂交的空间菌群学技术，采用少量种类的荧光即可对多种菌进行荧光标记，可有效可视化微生物组成的空间样式。

序贯荧光原位杂交可视化物种丰富度多位编码物种识别