生物标志物鉴定

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生物标志物鉴定

肠道菌群或可预测结直肠癌术后进展？

大肠癌，又称结直肠癌（CRC），是指大肠上皮来源的癌症，包括结肠癌与直肠癌，病理类型以腺癌最为常见，极少数为鳞癌。约30%的I-III期CRC患者在肿瘤切除后5年内复发，因此，对手术后的进展风险进行分层，识别潜在的临床生物标记物对于CRC患者预后十分重要。近日，韩国延世大学研究人员在Microbiome发表最新研究，纳入333名原发性结直肠癌（CRC）患者，术前两周内收集粪便，发现普氏菌肠型和四个机会性致病菌与CRC进展和死亡风险有关，可以作为标记物较好的预测CRC进展，值得关注。

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用于交互式菌群分析和可视化的R包：animalcules

本文介绍了animalcules，这是一个R包，用于通过R Shiny提供的交互式界面或各种命令行函数进行交互式菌群分析。它是第一个支持所有16S rRNA、基于DNA的鸟枪宏基因组学和基于RNA测序的宏转录组学数据集分析的菌群分析工具包。 animalcules可以从GitHub网站https://github.com/compbiomed/animalcules上免费下载，也可以通过Bioconductor网站https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/animalcules.html进行安装。

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