人体菌群

原发性干燥综合征（pSS）是一种常见的自发性免疫疾病，其主要表征为免疫介导外分泌腺的损伤导致口、眼干燥，同时伴随有疲劳和关节痛等症状。尽管对该疾病的病理机制有了一定的了解，但是由于免疫复杂性以及疾病临床异质性，使得其病原学还有待深入的探究。人体的微生态对其免疫调剂具有重要的作用，因此对自发性免疫疾病具有关键的影响。但是目前尚没有针对pSS患者微生态特征的综合分析研究。近期温州医科大学吴金雨、中科院北京生命科学研究院赵方庆、中国农业大学王金锋与团队在Cell Reports上发表针对pSS患者微生态的最新工作，通过对133例pSS患者微生态分析发现其粪便、口腔和阴道菌群紊乱，且菌群变化可能先于pSS症状的出现。羟氯喹治疗可部分恢复菌群组成。这些研究成果为微生态与pSS的关系提供了科学依据。

人体菌群原发性干燥综合（pSS）研究论文医学研究以人为对象的临床试验

数据库

陈卫华+刘智+赵兴明：人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap

华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释，并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性，并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本，以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率，mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问：https://mbodymap.microbiome.cloud。

数据库可视化跨数据集人体菌群

菌群-免疫互作

Nature子刊：基于菌群的人体免疫学“指纹”

血清抗体可以识别病原体和肠道共生菌群。然而，目前人们对抗体库的理解主要是基于B细胞受体测序，而实际的细菌抗原靶点仍待挖掘。Nature Medicine最新发表了由以色列魏茨曼科学研究所Eran Segal团队主导的一项研究，构建了含24.4万种菌群多肽抗原的合成文库，采用噬菌体免疫沉淀反应测序方法，在近千人中系统性地分析了人体对菌群（包括肠道菌群、致病菌和益生菌）的血清抗体反应，揭示了其个体特异性和共通性，探索了其与年龄、性别以及肠道菌群组成等的关系，并发现这种对菌群的抗体反应随时间保持稳定，可作为个体的免疫学“指纹”。该研究的合作者——来自荷兰格罗宁根大学的傅静远等人，此前在Cell发表研究提出了肠道菌群“指纹”（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1049457684），有兴趣的读者不妨两篇文章一起研读。

菌群-免疫互作抗体人体菌群

衰老

南昌大学徐振江等：微生物组或可预测人的实际年龄

研究表明，肠道微生物组会随着年龄的增长而变化，甚至会加速成年人的衰老。与身体其他部位相比，肠道微生物组的年龄相关变化是否更为显著？能否从微生物组样本中预测一个人的实际年龄？目前并没有定论。最近mSystems发表南昌大学徐振江与UCSD的Rob Knight团队合作的研究，结合了来自包括中国、美国等不同国家的几项大型队列研究，以确定身体哪个部位（肠道、口腔和皮肤）的微生物组可以最准确地预测成年个体的实际年龄。结果发现，皮肤微生物组的预测结果最佳。本研究为进一步研究微生物组在加速或减缓衰老过程中的作用，及在与年龄相关的疾病易感性中的作用奠定了基础，并有助于开发潜在的微生物靶向治疗策略，延缓衰老。推荐阅读。

衰老肠道菌群皮肤菌群口腔菌群预测年龄

城市化

Nature子刊：城市化如何影响家庭中的化学物质和微生物群落？

城市化进程对人类的文化和健康都有巨大影响。Nature Microbiology近期发表的一项研究，通过代谢组学和测序分析，评估了城市化对房屋和人体的化学物质暴露和包括细菌、真菌和微真核生物（如：单细胞寄生虫）在内的微生物群落的影响，以及化学物质暴露与微生物群变化的关系。该研究重点分析了真菌群落组成和多样性的变化，发现化学制剂（如清洁剂、抗菌剂）的使用与城市化相关的微生物群改变和室内真菌多样性的增加有关。

城市化环境菌群微生物组人体菌群 Juan José Alba-Linares

性别差异

昆明动物所：深挖人体菌群的男女性别差异

男女在很多生理层面都有明显差异，Advanced Science近期发表了来自昆明动物所马占山团队的研究，则揭示了人体菌群的性别差异。该研究从7个方面对人类微生物组计划的数据进行了重新分析，剖析了肠道、呼吸道、口腔和皮肤的15个人体位点的菌群，在多样性、物种组成、互作等方面的两性差异/相似性，为进一步开展两性菌群差异对健康和疾病的影响提供了重要的参考。

性别差异人体菌群 François Leulier Martin Schwarzer Martin Schwarzer

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：喂养肠道菌群

很多研究都致力于揭示饮食变化对菌群组成和功能的影响。比如，当饮食中缺乏膳食纤维时，不仅菌群生成的短链脂肪酸会减少，部分肠道菌还会被迫改变代谢能力，转而降解宿主肠道黏液层中的多糖，从而影响健康。

Milestones in human microbiota research 人体菌群肠道菌群饮食-菌群-宿主互作 Li-Ting Sheng

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：人体代谢中的饮食-菌群互作

肠道菌群可以代谢饮食成分，饮食反过来也影响菌群的组成和功能。是否存在代谢疾病的特征菌群？饮食如何改变菌群？菌群-饮食互作如何影响代谢疾病的发生？对于这些问题的探索，将帮助人们开发有针对性的菌群干预方法，来预防和改善代谢疾病。

Milestones in human microbiota research 人体菌群饮食肠道菌群菌群研究

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：测序识别人类菌群

Milestones in human microbiota research Sanger测序扩增子测序鸟枪法测序参考基因组

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：婴儿菌群的建立和变化

婴儿菌群一直是人类菌群研究的重要方向。初始菌群定植于何时？是什么样的？随着婴儿的成长，菌群发生什么样的变化？哪些因素会影响菌群的建立和发展变化？相信随着研究的深入，这些答案会越来越清晰。

Milestones in human microbiota research 婴儿菌群人体菌群菌群研究

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：细菌以外的共生微生物

病毒、真菌和古菌也是我们菌群的重要成员，对人类健康有潜在影响。2003年，首次报道了用宏基因组学方法对人类粪便中非培养的病毒组的研究。

Milestones in human microbiota research 宏基因组学病毒组真菌组古菌组

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：菌群的稳定性和个体性

如何定义“正常菌群”？尽管这个问题目前仍无定论，但不少研究从另一个侧面为人们提供了思路——菌群在个体间存在多大的可变性？在个体内的稳定性又如何？

Milestones in human microbiota research 人体菌群个体差异菌群研究 Sharda P Singh

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：菌群研究的前世今生

菌群研究领域在近年备受关注，不仅为生物学和医学打开了新的视角，也被认为具有很大转化应用潜力。今年是iHMP（整合人类微生物组计划）成果丰硕的一年，Nature特别制作了“里程碑”系列专题，专门介绍人体菌群研究的历史和进展，内容很科普化，非常适合对菌群感兴趣且略有基础的读者。这篇开篇文章，对菌群研究的关键历史人物和事件进行了总结，值得了解。

Milestones in human microbiota research 菌群研究人体菌群 Hui-Jie Bian Jian-Li Jiang

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：抗生素、肠道菌群与健康

抗生素可以治病救命，但也会扰乱肠道内的正常微生态，甚至增加某些疾病的风险。爱护菌群，从不滥用抗生素做起。

Milestones in human microbiota research 抗生素人体菌群肠道菌群 Won Ho Yang

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：粪菌移植

粪菌移植（FMT）可能是菌群研究转化应用进展最快的临床干预方法，尤其是在治疗复发性艰难梭菌感染（CDI）上，这篇文章回顾了FMT治疗CDI的历史和近期进展。

Milestones in human microbiota research 粪菌移植艰难梭菌感染人体菌群菌群研究

系统回顾和荟萃分析

2007-2016年间NIH资助的人类微生物组研究

在2007-2016年间，美国国立卫生研究院（NIH）在人类微生物组计划（HMP）中累计投入了2.15亿美元。2012-2016年，NIH在HMP之外（nonHMP）又投入了7.28亿美元用于人类微生物组领域的其它研究。HMP计划关注口腔、皮肤、鼻孔、胃肠道和泌尿生殖道等5个栖息地，先期开展微生物群落调查，后期则关注菌群与疾病之间的密切联系；nonHMP是2012年后的更主要资金来源，侧重于研究疾病相关菌群，占总资助额度的64%。截至目前，这些项目均已完成，我们来一起看一下这些项目都取得了哪些成果，已有研究对未来又有何启示。

系统回顾和荟萃分析 animal models Fast Track Action Committee on Mapping the Microbiome (FTAC-MM) human microbiome project (HMP) Human disease

菌群研究

Nature子刊：菌群领域KOL探讨菌群治疗面临的挑战

Global Engage和Nature Biotechnology于2018年5月组织菌群领域KOL对人体菌群研究及转化的未来进行了深入探讨，指出了目前研究的局限性的同时，也提出了一系列具有创新性的观点，对于未来的菌群相关基础研究、临床转化、产品开发等都具有重要参考价值！

菌群研究菌群治疗访谈录人体菌群菌群治疗

随机森林机器学习

对人体菌群样本来源部位的分类准确度提高了35%

得益于一个新的随机森林分类器，在对来自于不同人体部位的菌群样本进行分类时的准确度提高了35%。对菌群大数据的机器学习和应用方兴未艾。

随机森林机器学习溯源 Biomarkers Generalized Local Learning human microbiome

微生物生态学

从集合群落生态学角度看宿主菌群差异

对于人类来说，每个个体都是一个具有独特微生物群落的生态系统。因此，如何认识个体间菌群差异实质上也是一个生态学问题。为了理解人群中不同个体菌群差异的原因，需要综合考虑这些个体对应的多个群落，即采用集合群落生态学的研究理论和方法来认识人体菌群。

微生物生态学 community ecology evolutionary theory microbial ecology Microbiome

培养组学

Nature Reviews：一文读懂用于人体菌群研究的培养组学（综述）

近年来培养组学的快速发展，使得可培养的人体细菌增加了几百种，拓展了人们对宿主-细菌关系的认知。Nature Reviews Microbiology近期发表综述，重点讨论了培养组学在人体菌群研究中的应用，值得专业人士关注。

培养组学人体菌群 Jeffrey M Friedman Jeffrey M Friedman

微生物组

一图读懂：人体菌群研究的阶段性总结（Nature医学必读综述）

Nature Medicine刚刚上线的由Rob Knight主笔的综述，回顾了现阶段人体菌群领域的进展情况，重点总结了人体研究的相关结论，也包括人体与动物研究相结合以阐述因果性的例子。干货很多，此处仅做概述性导读，文章具体内容值得专业人士深挖。

微生物组人体菌群 Microbiome Bruce A Edgar Peng Zhang

无性干涉

Cell: 共生菌群通过不断演化适应宿主及环境（综述）

Cell[IF：30.41]近期发表综述，总结了近年来人体共生菌群适应性演化相关领域的研究进展，指出共生菌群的演化是在菌株、菌群、生境多个层次同时发生的，而且与宿主密切相关。文章引用了大量肠道菌群、皮肤菌群相关人体研究成果，从遗传学、微生物生态学角度对饮食、抗生素、重金属、菌株间竞争等筛选压力导致的菌群变化做了系统性论述，值得专业人士参考。

无性干涉菌群演化人体菌群 clonal interference colonization

小鼠模型

CMLS：利用小鼠模型研究人体菌群，可能并不可靠（综述）

这是Cellular and Molecular Life Sciences[IF：5.788]发表的一篇不仅值得菌群研究和转化领域的人关注的文章，观点鲜明地提出要特别注意由于小鼠模型的不可控性，会造成在其上进行的人体菌群研究不可靠，实验不可重复。这篇文章值得所有研究者必读，所有产业界人士警惕。

小鼠模型人体菌群 Diet metagenome Microbiome

土壤琼脂水解酶基因

SR：海洋细菌的特定酶基因，通过人体菌群转移到土壤细菌

① 沿海居民能够从海洋性食物中获取海藻中的酶；② 某些琼脂水解酶可在非海洋环境中被发现；③ 本研究从内陆土壤中的琼脂降解细菌中鉴定出Aga1，Aga1与已知的糖苷水解酶相似度很低；④ Aga1有着很好的pH稳定性，在各种金属离子存在的状态下也能保持稳定；⑤ 生物信息学分析发现，Aga1可能通过人体菌群，从海洋细菌中水平转移至土壤细菌中。

土壤琼脂水解酶基因人体菌群海洋细菌土壤细菌水平转移

抗生素

生化药理学：抗生素如何影响菌群功能？（推荐综述）

抗生素对肠道、口腔、呼吸道、皮肤及阴道菌群的组成和代谢产物等有何影响？菌群中不同细菌对各种抗生素都有何反应？这篇综述值得好好看一下。

抗生素人体菌群 Min-Jung Bae Hee Soon Shin Hee Soon Shin

表观遗传学

Epigenomics：人体菌群的表观遗传学（综述）

难得的关注人体菌群表观遗传学的综述，对细菌表观遗传学最新进展进行介绍，并列举菌群对宿主基因进行甲基化修饰的例子（菌群修饰宿主基因！难道以后表观遗传学要不区分宿主和菌群来做？）

表观遗传学 DNA甲基化人体菌群 Kelly Servick Kelly Servick

人体菌群

SR：室温收集、储存和运输菌群样本的新方法

很多人会关心在室温收集和处理样本，或者运输样本会对菌群的研究结果产生影响，这篇文章介绍的在室温收集并稳定样品的方法和KIT，相对完美地解决了相关问题，非常值得一读。

人体菌群功能研究室温标准化

抗生素使用

Microbiome：住一起的人，共享不被抗生素扰动的微生物

住在一起的人，其中一人吃抗生素，一人不吃，连续监测6个月身体各部位的菌群，发现菌群有住所特异性（就是共享一些菌群成员），这些特异性的微生物不受抗生素扰动。所以，珍惜家人，创建和谐家庭菌群，对一家人可能都有好处哦。

抗生素使用人体菌群阿莫西林阿奇霉素 Linda E Carstens

自身免疫性疾病

AR综述：菌群和自身免疫性疾病到底有何关系？

一篇高水平的关于菌群和自身免疫性疾病的综述，感兴趣的人可以深读。

自身免疫性疾病人体菌群免疫宿主-菌群互作 Ramon Estruch