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文章数：11篇

Nature：胰腺真菌群是否存在？是否促癌？

2019年Deepak Saxena和George Miller通过对胰腺癌真菌微生物组分析发现，马拉色菌属通过mannose-binding lectin介导补体信号促胰腺癌发生发展。文章发表后，杜克大学Peter J. Allen团队提出了质疑。近日，Nature的matterss arising栏目Deepak Saxena团队做出了回应，通过方法论的辩护以及提供新的验证结果，反驳了质疑文章的主要观点，并继续坚持真菌在胰腺癌发生中起重要作用的主张，值得关注。

肿瘤菌群胰腺癌其他基础研究分析工具

Nature子刊：微生物组检测中样本不同保存方式会引起较大偏差？

准确测量肠道菌群对于了解肠道微生物群与人类健康间的关系至关重要，但在样品处理中的偏差，从样品保存到文库制备，都会影响测量精度。近日，斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，采集10名受试者粪便用直接冻存、OMNIgene和Zymo保护液3种方式保存后测序，发现样品储存可能会导致观察到的微生物测量值存在显著差异，其中OMNIgene保存液对样本DNA降解最小，还产生最高的总微生物载量估计值，推荐用于长时间运输或暴露在高温下的大型队列研究和绝对定量试验，而Zymo试剂盒可能更适合收集后立即冷冻的样品或用于计划评估宏转录组的研究，值得关注。

菌群定量误差研究论文基础研究标准化

古菌基因组

Nature子刊：古菌基因组的标准化物种分类方法

本研究提出了古细菌域(发布 R04-RS89)的基因组分类数据库 GTDB(GTDB; gtdb.ecogenomic.org)分类法，包括来自培养和未培养生物的 2,392 个基因组。该分类学版本限定了 16 个门，包括来自 Euryarchaeota 主要单系单元的 3 个门和由 Thaumarchaeota–Aigarchaeota–Crenarchaeota–Korarchaeota(TACK)超门合并产生的一个门。古菌分类法可在 GTDB 网站 (https://gtdb.ecogenomic.org/) 上公开获得，作者通过在线论坛 (https://forum.gtdb.ecogenomic.org) 邀请社区参与和对分类法问题的反馈。

古菌基因组物种分类数据库蛋白质系统发育相对进化差异标准化

人类肠道菌群宏基因组测序中DNA提取和文库构建方法的验证和标准化

高通量测序菌群测量方法的验证和标准化是支持人类菌群研究及其工业化的必要条件。该研究旨在建立基于标准的解决方案，以提高基于宏基因组学的人类粪便样本菌群分析的准确性和可重复性。本研究中提供的经验证的DNA提取和文库构建方案和方法学指导，拓展了目前人类粪便菌群宏基因组分析的最佳实践。采纳本研究的实验方法和指南将提高基于宏基因组学的人类菌群研究的准确性和可比性，从而促进基于人类菌群产品的开发和商业化。

人类菌群宏基因组肠道菌群标准化准确性

人类宏基因组

整理的7万个人类宏基因组样本的元数据

HumanMetagenomeDB的主要目标是简化对感兴趣的公共人类元基因组的识别和使用，其集中并标准化了SRA和MG-RAST数据库中存在的人类宏基因组的元数据。它涵盖了超过69 822个与人类相关的宏基因组和203个属性。该新颖的数据库具有友好的用户界面，允许用户探索、选择和下载经过整理的元数据，从而帮助来自不同领域的科学家根据自己的兴趣选择样本。该数据库的可用性为统一的人类宏基因组数据库奠定了基础，为新的元数据和本体的协调提供了简单的指导。总之，该数据库改进了人类宏基因组的元数据本体的协调性，并简化了不同研究之间的简单查询，解释和对基础数据的简单访问。HumanMetagenomeDB可在https://webapp.ufz.de/hmgdb/上公开获得。

人类宏基因组标准化数据库数据检索元数据

菌群分析方法

评估16S rRNA基因测序分析方法的框架

有多种生物信息学下游分析流程可用于分析16S rRNA基因扩增子测序，但尚无研究使用环境混合物评估16S rRNA基因测序结果的准确性。在《Microbiome》发表的这项研究中，作者开发了一种评估16S rRNA基因测序分析方法的框架，该框架利用一种新颖的两样品滴定混合物数据集和指标来评估计计数型表的定性和定量特征，并通过评估三个主流分析流程生成的计数表演示了该框架的分析结果。该框架是评估16S rRNA标记基因生物信息学方法的宝贵资源，并将帮助科学家为其标记基因分析选择合适的分析方法。

菌群分析方法 16S rRNA gene Assessment Bioinformatic pipeline Normalization

华中农大晏向华等：猪粪菌移植的标准化（综述）

华中农业大学晏向华团队在Frontiers in Microbiology上发表的一篇最新文章，总结出了一套适用于养猪业中的粪菌移植标准化流程，包括：供体选择、材料制备、移植方式、粪菌库建立及安全性保障。

粪菌移植猪标准化 Michael Camilleri Michael Camilleri

Microbiome：基于数据特性的标准化和微生物丰度差异分析策略

Rob Knight和团队操刀的方法学文献一篇，特别推荐给大家。

16s rRNA测序标准化归一化丰度差异检验稀释

TFST：研究代谢，肥胖小鼠模型标准化很关键！（综述）

选择合适的小鼠模型十分重要，未来在研究肥胖及代谢疾病与菌群失调及饮食的关系时，需要肥胖小鼠模型及实验流程的标准化。这篇综述，非常值得一读，可以帮助改进实验，增强结果的可靠性。

肥胖动物模型肠道菌群紊乱标准化炎症

胃肠道菌群

TFST：菌群、饮食和健康，要多关注因果了！（综述）

这篇综述，简短，但题目中的“Post hoc non ergo propter hoc”，是拉丁语，具体是什么意思呢？大家可以起来讨论讨论。从摘要看，是希望看到更多人关注肠道菌群、健康、饮食等的因果关系，你觉得准确么？

胃肠道菌群宿主-菌群互作动物模型标准化元基因组学

SR：室温收集、储存和运输菌群样本的新方法

很多人会关心在室温收集和处理样本，或者运输样本会对菌群的研究结果产生影响，这篇文章介绍的在室温收集并稳定样品的方法和KIT，相对完美地解决了相关问题，非常值得一读。

人体菌群功能研究室温标准化