菌群定量

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国内团队Nature子刊：鉴定及定量菌群样品中细菌的新方法——BarBIQ

中科院动物所金坚石与团队近期在Nature Protocols发表研究，为了克服传统16S rRNA基因测序方法的局限，作者开发了BarBIQ方法，这是一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的方法，该方法采用条形码标记单细菌的策略并实现了对16S rRNA基因鉴定的单碱基精确度。本文以BarBIQ在小鼠肠道菌群分析中的应用为示范。

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Nature子刊：微生物组检测中样本不同保存方式会引起较大偏差？

准确测量肠道菌群对于了解肠道微生物群与人类健康间的关系至关重要，但在样品处理中的偏差，从样品保存到文库制备，都会影响测量精度。近日，斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，采集10名受试者粪便用直接冻存、OMNIgene和Zymo保护液3种方式保存后测序，发现样品储存可能会导致观察到的微生物测量值存在显著差异，其中OMNIgene保存液对样本DNA降解最小，还产生最高的总微生物载量估计值，推荐用于长时间运输或暴露在高温下的大型队列研究和绝对定量试验，而Zymo试剂盒可能更适合收集后立即冷冻的样品或用于计划评估宏转录组的研究，值得关注。

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