16S rRNA基因

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16S rRNA基因

文章数：6篇

国内团队Nature子刊：鉴定及定量菌群样品中细菌的新方法——BarBIQ

中科院动物所金坚石与团队近期在Nature Protocols发表研究，为了克服传统16S rRNA基因测序方法的局限，作者开发了BarBIQ方法，这是一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的方法，该方法采用条形码标记单细菌的策略并实现了对16S rRNA基因鉴定的单碱基精确度。本文以BarBIQ在小鼠肠道菌群分析中的应用为示范。

菌群定量细胞条形码 16S rRNA基因单碱基精度生物信息学分析流程

修订后的PCR方案可提高测定细菌群落组成的灵敏度

细菌DNA样品的高通量测序使我们能够同时快速的对来自于多个样品的细菌群落进行分析。然而对于具有少量的细菌或低的细菌载量的样品，或者含有大量来源于非细菌源（比如宿主）DNA的样品，这些方法的使用具有局限性。该文章提出了一种改进的方案，可提高检测具有中等或低的细菌载量样品的细菌群落组成的灵敏度。为了测试大范围的细菌载荷，研究人员使用了来自插管儿童患者的重复气管吸出样本，改进后的方案比标准方案多检测了超过30%的样本序列数据，且这两种方案获得了相似的群落多样性和群落组成。这些结果表明这一改进方案允许在不影响整体结果的情况下获得更高的灵敏度，并成为一个能在高背景、少细菌环境下收集更多的菌群数据的可行方法。改进后的扩增方案代表了一种提高细菌群落分析灵敏度的可行方法，这对于研究细菌载量高度可变的人气道菌群非常重要。

16S rRNA基因菌群扩增子机械通气

高通量培养

Nature子刊：中科院遗传发育所白洋组发表高通量分离培养和鉴定根系细菌的方法

原位分离培养微生物对于揭示微生物在植物生长和健康中的功能非常重要。分离培养的微生物和无菌体系相结合，将揭示根系微生物与植物生长表型之间的因果关系和互作机制，是推动根系微生物组从描述向功能研究发展的重要技术。2021年1月13日，国际权威学术期刊Nature Protocols发表了中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋团队和德国马克斯·普朗克植物育种研究所Ruben Garrido-Oter和Paul Schulze-Lefert合作详细介绍高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的实验流程与分析方法。

高通量培养根系细菌梯度稀释双侧标签PCR扩增法 16S rRNA基因

Microbiome：通过特异性基因探针杂交捕获16S rRNA基因

基于16S rRNA基因扩增和测序的方法是分析菌群的常用方法，然而多种因素限制了传统方法的分辨率。Microbiome近期发表的研究提出了一种基于杂交捕获的新策略，能够重构样本中的16S rRNA基因的全长序列，明显提高分辨率和灵敏度。值得专业人士参考。

分子探针 16S rRNA基因 Lamya Rhayat Lamya Rhayat

短多重区域框架（SMURF）

Microbiome：大幅提高16S菌群分析分辨率的新方法

这是近期发表在Microbiome[IF：8.496]的关于菌群组成分析的方法学文章，介绍的SMURF方法可获得比现有16S法更高的分辨率，且此方法简单、成本低，或可在菌群研究中推广使用，推荐专业人士阅读。

短多重区域框架（SMURF） 16S rRNA基因 16S rRNA gene High resolution Microbial profiling

JBT：分析菌群，16S目标区域选择比DNA提取方法重要得多

一篇方法学文献，强烈推荐。

fecal samples Microbial diversity next-generation sequencing sample preprocessing 16S rRNA基因