16S rRNA gene

16S rRNA基因测序的低成本促进了人群规模的分子流行病学研究。现有的计算算法可以将16S rRNA基因序列解析为高分辨率扩增子序列变体（ASVs），这些变体代表了在研究中可比拟的一致标记。将这些ASV分配给种水平的物种分类可增强基于16S rRNA基因的微生物群研究的生态和/或临床相关性，并进一步促进跨研究的数据比较。《Microbiome》上发表的一项研究中，作者提出了一种系统的方法，用于构建基于系统发育的，高分辨率的，特定生境的训练集，该训练集允许将物种/超物种水平的物种分类分配给短读长和长读长的16S rRNA基因衍生的ASVs，这一进步实现了这一目标。

菌群分析方法 Training set Naïve Bayesian RDP Classifier Species-level taxonomy 16S rRNA gene

新发糖尿病

抗糖尿病治疗助力肠道菌群恢复如初

研究纳入印度102名前驱糖尿病患者(PreDM)、新发糖尿病患者(NewDM)、糖尿病抗糖尿病治疗患者(KnownDM)和健康者(ND)进行回顾性研究。研究结果显示，与ND相比，NewDM患者的菌群差异最显著。且KnownDM经过抗糖尿病治疗后，肠道菌群多样性有向ND恢复的趋势。在不同的糖尿病病理状态下，深入了解肠道菌群的转化及其与血浆标志物的相关性，可能为糖尿病的干预治疗提供新的思路。

新发糖尿病 16S rRNA gene T2D driver genera gut microbiome

鼻窦菌群

鼻子里的核心菌群长啥样？

《Allergy》近期发表了一项多国合作研究，分析了来自9个国家14个中心共410名受试者的鼻窦菌群组成，鉴定出普遍存在的5个核心菌属，分析了菌群组成与疾病之间的潜在关联。

鼻窦菌群 Chronic rhinosinusitis microbiota next-generation sequencing 16S rRNA gene

菌群分析方法

评估16S rRNA基因测序分析方法的框架

有多种生物信息学下游分析流程可用于分析16S rRNA基因扩增子测序，但尚无研究使用环境混合物评估16S rRNA基因测序结果的准确性。在《Microbiome》发表的这项研究中，作者开发了一种评估16S rRNA基因测序分析方法的框架，该框架利用一种新颖的两样品滴定混合物数据集和指标来评估计计数型表的定性和定量特征，并通过评估三个主流分析流程生成的计数表演示了该框架的分析结果。该框架是评估16S rRNA标记基因生物信息学方法的宝贵资源，并将帮助科学家为其标记基因分析选择合适的分析方法。

菌群分析方法 16S rRNA gene Assessment Bioinformatic pipeline Normalization

阿尔兹海默症

国内团队：肠道菌群或可用于老年痴呆早期诊断

来自上海交通大学医学院附属瑞金医院的陈生弟和汤荟冬团队在Alzheimer's and Dementia上发表的一项最新研究，对比了阿尔兹海默症患者、轻度认知障碍患者及健康人的粪便菌群多样性及组成，发现在轻度认知障碍阶段（阿尔兹海默症的前期），肠道菌群已发生与疾病阶段相似的变化，表明菌群失调特征具有早期诊断阿尔兹海默症的潜力。

阿尔兹海默症 Mild cognitive impairment Alzheimer’s disease fecal microbiota 16S rRNA gene

生物信息学工具

R软件包 decontam 可用于去除污染序列

基于污染序列特征，在结果分析时去除污染序列的生物信息学工具 decontam 应该不仅仅会提高分析结果的准确性，或许还能发现那些实验本身存在问题的数据集。

生物信息学工具 16S rRNA gene DNA contamination Marker-gene metagenomics

半野生威尔士山地矮种马

群居哺乳动物种群中的菌群特点

半野生威尔士山地矮种马 16S rRNA gene Amplicon sequencing Harem Horizontal transmission

胎盘菌群

胎盘菌群可能并不存在

一直以来人们以为子宫内是无菌环境，但近年来这一认知受到挑战，一些研究指出，胎盘中可能存在菌群——尽管含量很低。Microbiome近期发表的一项研究，通过多种方法分析早产和足月生产的人体胎盘样本，并设计了严格的阴性和阳性对照，发现胎盘菌群与阴性对照没有明显差异。

胎盘菌群 16S rRNA gene Microbiome Placenta preterm birth

呼吸道菌群

感染结核病对模式动物（猕猴）呼吸道菌群的影响

一项由国内学者丁涛博士（现为中山大学中山医学院教授）参与的研究中，分析了猕猴在感染结核分枝杆菌发病过程中呼吸道菌群的失调和结构变化过程。这是首次在猕猴这一模式动物中探索结核菌感染对肺部菌群的影响。

呼吸道菌群 16S rRNA gene cynomolgus macaque Lung and airway microbiota Microbiome

孕期饮食

分娩方式和孕期饮食可影响婴儿肠道菌群

Microbiome刚刚上线的一项研究分析了分娩方式和孕期饮食对婴儿肠道菌群的影响，发现特定饮食成分（水果、海鲜、乳制品等）和营养元素可影响婴儿肠道中特定类型细菌的含量，而这些影响在不同分娩模式中存在差异。

孕期饮食分娩方式婴儿肠道菌群 Infant gut microbiome Infant gut microbiome clusters

鸡盲肠菌群

盲肠菌群多样性研究有助于鸡育种

鸡盲肠菌群显著影响宿主对食物的消化吸收和对病原菌的防御。本研究通过比较商品鸡和印度本土鸡盲肠菌群的差别，发现饲养环境和宿主品系对盲肠菌群的结构具有重要的影响，菌群的结构功能具有显著的品系特异性，这为联合不同鸡品系的肠道菌群优势进行定向育种提供了理论基础，值得专业人士关注。

鸡盲肠菌群菌群的品系特异性育种 16S rRNA gene Amplicon sequencing

炎症性肠病

陈峰+陈宁+徐韬等：IBD唾液菌群特征或能用于疾病诊断

Frontiers in Microbiology本周发表了北京大学口腔医院陈峰、徐涛和北京大学人民医院陈宁共同主导的研究。该研究发现炎症性肠病（IBD）患者的唾液菌群存在结构、组成和功能失调，关键物种的变化与全血白细胞计数水平相关，反映了患者的炎性应答状态。该研究进一步鉴定出IBD患者的不同唾液菌群亚型，以及口腔标志菌属，为探索针对患者亚群体特异性的防治措施、对易感人群疾病预测和病情监测，带来了新启示。

炎症性肠病唾液菌群 Inflammatory bowel diseases Microbiome Saliva

帕金森症

上交医学院+上海锐翌：我国帕金森患者的菌群特征

上海交通大学医学院和上海锐翌生物科技共同主导的一项研究，分析了我国帕金森症患者的粪便菌群组成和功能，及菌群特征与临床指标间的关联，为后续深入研究打下基础。该研究在Brain Behavior and Immunity发表，感谢热心网友推荐！

帕金森症肠道菌群 Neurodegenerative disorder Gut microbiota 16S rRNA gene

早发型鼻炎和喘息

鼻腔菌群可能影响鼻炎和喘息的形成

早期鼻腔菌群的建立影响局部免疫应答和幼年期呼吸道疾病。本研究跟踪新加坡婴儿的鼻腔菌群发育情况，发现健康婴儿鼻腔菌群的变化模式与鼻炎、哮喘患儿存在差异，通过相关性分析发现草酸杆菌科、气球菌科、葡萄球菌科和葡萄球菌科可能与早发型鼻炎和喘息有关，并列举了一系列影响菌群演替的宿主、环境因素，值得专业人士关注。

早发型鼻炎和喘息鼻腔菌群人群研究 16S rRNA gene Aerococcaceae

短多重区域框架（SMURF）

Microbiome：大幅提高16S菌群分析分辨率的新方法

这是近期发表在Microbiome[IF：8.496]的关于菌群组成分析的方法学文章，介绍的SMURF方法可获得比现有16S法更高的分辨率，且此方法简单、成本低，或可在菌群研究中推广使用，推荐专业人士阅读。

短多重区域框架（SMURF） 16S rRNA基因 16S rRNA gene High resolution Microbial profiling

牛

Microbiome：牛的上下呼吸道菌群特征

这是Microbiome[IF：8.496]发表的针对19头皮埃蒙特牛的上下呼吸道菌群的研究。样本数不多，用的16S测序，能发IF 8.5的高分文，值得做类似研究的人参考学习。

牛呼吸道菌群 16S rRNA gene bovine respiratory disease Metabarcoding

因纽特人

Microbiome：西式饮食↑，因纽特人的菌群季节变化也不明显了

这是对比加拿大因纽特人和城市人口的肠道菌群研究，传统的狩猎人群，菌群因为现代饮食的引入而变得不那么传统了。结果不出人意料，但还是值得关注一下。

因纽特人西式饮食 16S rRNA gene Dietary transition gut microbiome

胰腺囊肿液

Microbiome：胰腺囊肿液中的独特菌群

这是近期Microbiome杂志发出的分析胰腺囊肿液菌群的研究，值得专业人士关注。

胰腺囊肿液 16S rRNA gene bacterial translocation Cystic tumors Fusobacterium spp.

巨大胎儿

肖新华等：巨大儿的胎盘菌群很不同！

这是北京协和医院内分泌科肖新华教授和团队的研究，收集并分析巨大儿和正常体重新生儿的胎盘样本，发现前者的胎盘菌群显著不同，这个为胎盘是否存在菌群提供了新证据，更是说明胎盘里的微生物可能对巨大儿的发育和出生后的代谢都有潜在作用。很值得关注的研究，特别推荐！

巨大胎儿胎盘菌群临床特征 16S rRNA gene clinical characteristics

宫内避孕

Contraception：宫内避孕不会影响阴道菌群

关于避孕措施会否影响肠道菌群的研究，IF不高，但解答了一个可能有人关心的问题，推荐阅读。

宫内避孕阴道菌群 16S rRNA gene Vaginal microbiota Bacterial community

肥胖

BJN：聚甘露糖醛酸通过调节肠道菌群改善小鼠的肥胖和炎症

关于聚甘露糖醛酸的研究，推荐阅读。

肥胖聚甘露糖醛酸短链脂肪酸炎症 HFD high-fat and high-sucrose diet

宏基因组学

Microbiome：在微生物组研究中优化方法和规避误区（必读综述）

这是关注菌群研究的人必读的方法学综述，强烈推荐。

宏基因组学 “猎枪”宏基因组环境污染方法研究设计

胃癌

IJC：胃部菌群如何决定胃贲门癌发生及治疗？

关于胃部菌群与肿瘤发生关系的文章，值得一读。

胃癌幽门螺旋杆菌胃癌风险因子胃部菌群 16S rRNA gene

丹顶鹤

MicrobiologyOpen：丹顶鹤的肠道菌群

关于丹顶鹤肠道菌群的研究，推荐读一读。

丹顶鹤 16S rRNA gene Illumina high-throughput sequencing gut microbiome wintering hooded cranes

发育

ME：银鲫的肠道菌群发育规律

又一篇鱼类肠道菌群的研究论文，转需。

发育异育银鲫肠道菌群 16S rRNA gene Gibel carp Gut microbiota

16S rRNA gene

FEMS ML：相同栖息地中，三种不同鹿的瘤胃菌群

三种不同的鹿(驼鹿，马鹿，狍)的瘤胃菌群有什么区别，哪两种鹿的菌群比较像，另外一种则有自己的特点？看看这篇文章。

16S rRNA gene cervid microbiota rumen Krystal J Thomas-White