Amplicon sequencing

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Amplicon sequencing

文章数：8篇

苏晓泉等：菌群大数据挖掘的机遇和挑战（综述）

在过去的十年中，已经产生了大量的微生物组测序数据来研究微生物组成与环境之间的动态关联。如何准确，有效地破译大规模的微生物组数据，并进一步利用，已成为目前微生物组研究的瓶颈之一。在本综述中，青岛大学苏晓泉与团队重点分析了交叉研究微生物组数据集的三个关键步骤，包括微生物组分析，数据整合和数据挖掘。通过介绍当前的生物信息学方法并讨论其局限性，作者展望了开发这三个步骤的计算方法的机会，并提出了多组学数据分析的可能的解决方案，以便从不同的角度全面理解和快速研究微生物组，从而可以通过提供“微生物组数据空间”的更广阔视野，更有效地促进数据驱动的研究。

微生物组鸟枪法宏基因组学扩增子测序数据挖掘微生物组搜索

Cell子刊：肠道菌群的节律性紊乱特征，或可预测糖尿病风险

生活方式、肥胖和肠道微生物组都是代谢疾病的重要风险因素。《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究，总共对德国3个队列中4000多人的粪便菌群数据进行分析，表明肠道菌群特定成员的相对丰度在一天中呈现节律性震荡，其中一些细菌的节律性在2型糖尿病（T2D）患者中出现紊乱。利用基于13个丧失节律的OTU（涉及普氏栖粪杆菌、大肠杆菌等）预测模型，可较准确的在德国人群中鉴定和预测T2D。该研究还通过宏基因组学方法鉴定出与T2D和肠道细菌节律变化相关的菌群代谢通路，涉及氨基酸、芳香族化合物和脂肪酸的代谢功能等。这些发现提示肠道菌群组成的昼夜震荡及其相关的节律性功能，可能是代谢疾病发生发展中不可忽视的因素，其特征或可用于T2D的辅助诊断和预测，但应注意人群特异性。

节律性 human intestinal microbiota population-based cohorts circadian rhythms diurnal oscillations

半野生威尔士山地矮种马

群居哺乳动物种群中的菌群特点

微生物组合与宿主的功能性状相关，比如代谢和免疫功能等。但群居哺乳动物种群中的菌群研究有限，本文研究了空间结构和社会互动对威尔士山区小马肠道微生物组成的影响。表明菌群构成具有多层次特征（即跨越个体和群体），并受到社交互动的影响。尽管这一点的功能意义需要进一步研究，但结果支持了多层次选择可以作用于微生物组的观点。

半野生威尔士山地矮种马 16S rRNA gene Amplicon sequencing Harem Horizontal transmission

不可培养的微生物

估量不可培养微生物的庞大数量

mSystems上的一篇评论文章，对“Phylogenetically Novel Uncultured Microbial Cells Dominate Earth Microbiomes”一文发表了看法，提出了一些原文在分析中存在的问题，包括取样偏差、数据分析方法不完全合适等。

不可培养的微生物地球微生物组 Amplicon sequencing metagenomics metatranscriptomics

限制性内切酶助力寄生虫18S rRNA基因测序分析

在利用rRNA基因测序分析宿主体内的寄生虫时，寄生虫与宿主的18S rRNA基因的高度保守限制了该方法的应用。Microbiome上发表的一项最新研究，发现在进行PCR对18S rRNA进行扩增之前，利用限制性内切酶特异性消化宿主序列，可得到更好的测序结果。

寄生虫 Amplicon sequencing Blood microbiota Molecular parasitology Parasite biodiversity

鸡盲肠菌群

盲肠菌群多样性研究有助于鸡育种

鸡盲肠菌群显著影响宿主对食物的消化吸收和对病原菌的防御。本研究通过比较商品鸡和印度本土鸡盲肠菌群的差别，发现饲养环境和宿主品系对盲肠菌群的结构具有重要的影响，菌群的结构功能具有显著的品系特异性，这为联合不同鸡品系的肠道菌群优势进行定向育种提供了理论基础，值得专业人士关注。

鸡盲肠菌群菌群的品系特异性育种 16S rRNA gene Amplicon sequencing

Microbiome：地衣菌群的组成与功能

针对地衣里的菌群的研究，特别推荐。

地衣菌群 Amplicon sequencing Lichen symbiosis Lobaria pulmonaria metagenomics

Amplicon sequencing

Microbiome：从珊瑚中提取微生物DNA的优化方法

一项方法学介绍，很有参考意义，值得一读。

Amplicon sequencing Coral microbiota DNA extraction Optimization SSU ribosomal RNA gene