数据库

生物标志物结直肠癌数据库网络分析

人类微生物组已成为多种生物活性天然产物的丰富来源，在治疗应用方面具有巨大潜力。近日，萨尔兰大学研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，开发出ABC-HuMi（https://www.ccb.uni-saarland.de/abc_humi），一个通过计算预测来自人体主要部位和系统的生物合成基因簇 (BGC) 的存储库。通过捕获不同人体部位复杂的生物合成潜力，为发现和表征新的生物活性化合物提供了全面的资源，值得关注。

生物合成基因簇数据库研究论文基础研究人类微生物组

数据库

国内团队：AnimalMetaOmics用于研究动物微生物遗传多样性和基因功能的多组学数据库

动物微生物在宿主中扮演着重要的角色，其多样性已经成为研究人员极感兴趣的焦点。随着高通量测序技术的迅猛发展，公共数据库中的动物微生物组数据迅速增加。然而，由于数据的庞大和分散性质，研究人员常常难以充分挖掘、比较和分析这些数据。近日，石河子大学胡圣伟、倪伟，华中农业大学杨庆勇，新疆农垦科学院周平及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，构建了AnimalMetaOmics数据库，是一个整合宏基因组、宏转录组和宏蛋白质组数据的多组学资源库，为动物微生物组学研究提供了综合资源，值得关注。

数据库动物微生物组研究论文基础研究多组学

数据库

微生物信号转导数据库的新版本MiST 4.0

细菌和古细菌中的信号转导系统将环境刺激与特定的适应性细胞反应联系起来。它们控制着基因表达、运动、生物膜形成、发育和其他对生存至关重要的过程。近日，俄亥俄州立大学研究人员在Nucleic Acids Research发表最新研究，发布了微生物信号转导数据库新版本MiST 4.0，并允许用户开始探索其信号转导谱。MAGs代表了独特且未经探索信息的丰富来源，该数据库的发布为宏基因组信号转导的研究奠定了基础，值得关注。

数据库 MiST 4.0 研究论文基础研究宏基因组组装基因组（MAGs）

数据库

Nature子刊：宿主相关微生物特征的Wiki式数据库——BugSigDB

数据库宿主相关微生物组

模块化工具

iMeta：用于从宏基因组中识别、归类和预测病毒的宿主关系的模块化工具-ViWrap

作者开发了ViWrap，以研究人类和环境系统中的病毒。ViWrap将多种工具的功能整合到一个平台中，以实现病毒分析的各个步骤，包括识别、注释、基因组分组、物种和属水平聚类、分类学分配、宿主预测、基因组质量的表征、综合总结和直观的结果可视化。ViWrap可通过GitHub（https://github.com/AnantharamanLab/ViWrap）公开获取。有关软件的详细描述、使用方法和结果解释可以在该网站上找到。

模块化工具宿主关系病毒宏基因组学数据库宿主预测

数据库

开发CBA/J小鼠模型基因组数据库并揭示新的炎症分类变种

CBA/J小鼠模型广泛被用于免疫学和肠道病原体研究，该模型不需要抗生素干预即可定植沙门氏菌，因此该模型更能模拟人类胃肠炎疾病进展，然而其肠道菌群尚不清楚。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，首次描述了CBA/J小鼠肠道菌群和病毒基因组，并发现能够抵抗沙门氏菌引起的炎症以维持关键肠道功能的特定菌群，未来或可成为益生菌。

数据库小鼠模型肠道菌群病原体

抗生素抗性基因 (ARGs)

抗生素耐药基因数据库再更新—ResFinderFG v2.0

宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因（ARGs）的传播，2016年，ResFinderFG v1.0数据库被开发用于识别多种类型样本的ARGs。近日，巴黎城市大学研究人员及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，开发出ResFinderFG v2.0（https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinderFG/），从50个数据集中共鉴定出3913个ARGs。此外，ResFinderFG v2.0的特异性较好，能检测到较多的未被识别的ARGs，值得关注。

抗生素抗性基因 (ARGs) ResFinderFG v2.0 研究论文基础研究宏基因组

RExMap

RExMap或可助力识别人类肠道核心物种？

RExMap 核心物种研究论文基础研究数据库

病毒组

IMG/VR v4：用于查询未培养病毒基因组多样性和进化史的数据库更新

自2020年11月发布IMG/VR v3后（由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组组成），最近美国能源部联合基因组研究所研究人员在Nucleic Acids Research发布了新版本的更新，IMG/VR v4提供了从宏基因组获得的最大病毒基因组集合，共包含有1500万个病毒基因组，相比上一个版本，增加了约6倍。同时，IMG/VR v4还更新了病毒序列识别方法，以及相关界面的优化。总之，该数据库拥有迄今为止最大的病毒组集合，有利于研究人员进一步探究病毒进化历史和病毒编码的功能多样性，值得关注。

病毒组数据库研究论文基础研究生物信息学分析

数据库

用于识别菌群和代谢物间关联的数据库

对人类粪便样本中获得的菌群和代谢物数据进行综合分析，可更好地了解人体肠道细菌和代谢物间的关联，以及其在健康和疾病方面的作用。近日，以色列特拉维夫大学研究人员在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究，通过14项人类成对的肠道菌群-代谢组数据构建数据库，发现通过菌群组成可较好预测97种代谢物，还识别多种菌属和代谢物间的关联（尤其是颤杆菌属及另枝菌属为高代谢物关联菌属），在肠道生态系统中可能发挥重要作用。总之，该研究为未来进一步探究菌群和代谢物间的联系提供了新视角。

数据库菌群-代谢物荟萃分析基础研究随机森林模型

数据库

哈尔滨医科大学：人和小鼠肿瘤组织中微生物组的综合数据库—microbioTA

研究已经发现各种微生物在癌症组织中定植，并在癌症诊断和预后中发挥着重要作用，许多研究致力于开发更好的癌症相关微生物组数据。然而，目前还没有独立、全面的开放资源对癌症相关微生物组数据进行编目，这限制了对微生物与癌症进展间关系的探索。近日，哈尔滨医科大学研究人员Liang Cheng、Lei Shi、张学及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，开发了人和小鼠肿瘤组织中微生物组的综合数据库—microbioTA（http://bio-annotation.cn/microbiota），该数据库允许用户浏览、搜索、可视化和下载各种组织的微生物数据及相关分析结果，值得关注。

数据库组织微生物研究论文基础研究生物信息学平台

生物降解性分类

华中科技大学开发微生物降解POP在线数据库

持久性有机污染物（POPs）的微生物降解是一种有吸引力的、生态友好的、具有成本效益的清理技术，可用于恢复受POP污染的环境，本研究建立了一个基于图形神经网络的化学物质生物降解性分类预测模型。mibPOPdb是一个免费的数据共享平台，旨在促进基于微生物的持久性有机污染物的生物降解研究，填补环境保护研究中长期以来的空白。mibPOPdb数据库可通过http://mibpop.genome-mining.cn/地址进行访问，用于预测化学品生物降解性的数据集和独立代码可在github上免费获取(https://github.com/monsterZeng/MIBPOP/)。

生物降解性分类数据库环境污染微生物生物降解持久性有机污染物

COVID‐19

iMeta：国内团队开发抗新冠传统中医药及其机制与疗效的数据库

本研究系统收集了抗COVID-19中医药方、草药、天然产物数据，开发了TCM2COVID数据库，为收录、查询和浏览抗 COVID-19中医药治疗方案提供了一个友好且实用的平台，并将有助于阐明新的抗COVID-19中医药疗法的作用机制，助力抗击新冠疫情。TCM2COVID网址：http://zhangy-lab.cn/tcm2covid/。

COVID‐19 数据库草药天然产物中药

ProBioQuest

港中大：益生菌文献、临床试验和专利搜索工具ProBioQuest

益生菌通过调节肠道菌群来改善人体健康已受到广泛关注，随着对益生菌、肠道菌群文献以及商业化益生菌产品数量的快速增长，因此需要一个数据库来组织由学术文章、临床试验和专利中报道的益生菌影响健康的促进功能。近日，香港中文大学的关海山团队在Database-The Journal of Biological Databases and Curation发表论文，建立了ProBioQuest数据库，主要包括益生菌影响健康相关的学术文章（含280万篇）、临床试验和专利的数据库，并会持续自动扩充。此外，ProBioQuest（http://kwanlab.bio.cuhk.edu.hk/PBQ）还可通过输入一些关键词，为相关科研人员、健康专家及大众提供便利详细信息，值得相关人员关注和尝试。

ProBioQuest 数据库研究论文基础研究益生菌

群体感应

乔建军+郭菲+杨爱东：构建人类肠道菌群群体感应网络

群体感应（QS）是微生物之间交流的一种主要方式。Nature Communications近期发表了来自天津大学乔建军团队、中南大学郭菲团队、牛津大学杨爱东团队的合作研究，建立了人类肠道菌群的QS数据库（http://www.qshgm.lbci.net/）和QS通讯网络，为进一步解析肠道菌群互作、构建合成菌群和开发微生态疗法具有重要参考意义。

群体感应肠道菌群数据库

数据库

陈卫华+刘智+赵兴明：人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap

华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释，并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性，并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本，以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率，mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问：https://mbodymap.microbiome.cloud。

数据库可视化跨数据集人体菌群

肠道菌群

国内团队：肠道菌群和其代谢物相关靶基因数据库gutMGene

哈尔滨医科大学团队在Nucleic Acids Research发表研究，开发了一个名为gutMGene 的人工校正的数据库，以从论文中收集肠道菌群、菌群代谢物和目标基因之间经过实验验证的关系。GutMGene 提供了一个用户友好的界面，可以使用肠道菌群、疾病和干预措施浏览和检索每个条目,它还提供了下载所有条目并提交新的经过实验验证的关联的选项。该数据库可在 http://bio-annotation.cn/gutmgene 免费获取。

肠道菌群代谢物靶基因数据库小鼠

炎症性肠病

Nature子刊：IBD转录组和宏转录组meta分析平台

Nature Computational Science近期发表文章，介绍了一个用于炎症性肠病（IBD）转录组和宏转录组荟萃分析的平台，可用于相关研究的数据挖掘。

炎症性肠病数据库 Computational platforms and environments INFLAMMATORY BOWEL DISEASE RNA sequencing

人类肠道菌群

宏基因组数据构建的人肠道原核微生物基因组集HumGut

本研究创建一个最通用的健康人类肠道原核基因组集合，用于作为菌群研究的参考数据库。包括来自人类肠道的 MAG 和普通的 RefSeq 基因组。HumGut 集合包含 > 30,000 个基因组，以 97.5% 的序列相似性水平进行聚类，并按人类肠道中流行率排序。作者展示了来自 IBD 患者的宏基因组同样很好地比对到这个基因组集，表明这个参考数据库也与用于获得 HumGut 的宏基因组参考数据库之外的研究相关。所有数据和元数据以及有用的代码都可以在 http://arken.nmbu.no/~larssn/humgut/ 上找到。

人类肠道菌群基因组集数据库

人类肠道病毒组

Nature子刊：19万个人类肠道病毒基因组草图

人类肠道病毒组噬菌体数据挖掘数据库

肠道菌群

GutSMASH：自动识别肠道菌群中的主要代谢基因簇的网站

人类菌群中厌氧细菌衍生的初级代谢物很重要，但不存在预测负责其产生的基因簇的工具。为此，本文推出了gutSMASH。GutSMASH 可以预测 41 种不同的已知途径，包括涉及生物能量学的初级代谢基因簇 (MGC)。为了使该工具更加用户友好和易于访问，作者开发了gutSMASH网络服务器，网址https://gutsmash.bioinformatics.nl/。用户可以输入 GenBank 程序集登录名或上传 FASTA 或 GenBank 格式的基因组文件。或者，用户可以启用其他分析，以进一步了解预测的MGC。交互式 HTML 输出提供了一种用户友好的方式来浏览功能基因注释和与参考基因簇以及其他基因组中预测的基因簇的序列比较。因此，该网络服务器提供了一个简化且用户友好的界面，以分析肠道菌群的代谢潜力。

肠道菌群代谢基因簇 GutSMASH网络服务器功能基因注释数据库

人体肠道噬菌体

Cell：迄今最大的人类肠道噬菌体基因组数据库

肠道噬菌体对肠道菌群的塑造和演变有重要影响，但目前人们对于肠道噬菌体的了解仍然有限。Cell最新发表的一项研究，建立了迄今为止最全面和完整的人类肠道噬菌体基因组数据库GPD（Gut Phage Database），并利用这一资源分析了人肠道噬菌体的多样性、细菌宿主和全球分布等问题。

人体肠道噬菌体宏基因组学数据库

CheckV

Nature子刊：CheckV评估宏基因组组装病毒基因组的质量和完整性

本文介绍了CheckV（一种用于评估单重叠群病毒基因组质量的自动化流程），以及从环境数据源中系统地识别出的完整病毒基因组的扩展数据库。作者预计，CheckV将在未来的病毒宏基因组学研究和MIUViG清单所需的质量统计报告中广泛使用，也期望CheckV的完整病毒基因组数据库将成为一个有用的群落资源，其中包含对来自不同环境的大量未开发新型病毒的见解。

CheckV 病毒基因组宏基因组装配数据库重叠群

人类微生物组计划

人类微生物组计划多组学数据库

人类微生物组计划(HMP)和整合人类微生物组计划(iHMP)花费数十亿，产生的海量数据再利用一直困扰着广大同行。本文是由NIH主导的数据中心，不仅对数据进行分类整理，同时提供多种可用工具，为HMP和iHMP相关数据的深度挖掘和再利用提供基础，将进一步推动该数据资源的全球化使用。

人类微生物组计划 human microbiome project (HMP) 人类微生物组计划二期 iHMP 数据库

人类宏基因组

整理的7万个人类宏基因组样本的元数据

HumanMetagenomeDB的主要目标是简化对感兴趣的公共人类元基因组的识别和使用，其集中并标准化了SRA和MG-RAST数据库中存在的人类宏基因组的元数据。它涵盖了超过69 822个与人类相关的宏基因组和203个属性。该新颖的数据库具有友好的用户界面，允许用户探索、选择和下载经过整理的元数据，从而帮助来自不同领域的科学家根据自己的兴趣选择样本。该数据库的可用性为统一的人类宏基因组数据库奠定了基础，为新的元数据和本体的协调提供了简单的指导。总之，该数据库改进了人类宏基因组的元数据本体的协调性，并简化了不同研究之间的简单查询，解释和对基础数据的简单访问。HumanMetagenomeDB可在https://webapp.ufz.de/hmgdb/上公开获得。

人类宏基因组标准化数据库数据检索元数据

数据库

国内团队：MASI——菌群-活性物质互作数据库

异型生物质活性物质和宿主活性物质与肠道菌群的相互作用，影响人类健康和治疗。了解菌群和活性物质的相互作用对理解微生物调节的功能和治疗很重要。已建立的菌群数据库提供了有关菌群-疾病关联、饮食和药物干预以及药物的菌群调节的有用信息。但是，关于由菌群修饰的活性物质和人体中肠道细菌丰富度的研究还不够。已建立的数据库仅涵盖约7％的药物。为了补充这些数据库，复旦大学鞠佃文团队、江西农业大学陈卫平团队与合作者开发了MASI（菌群-活性物质相互作用数据库），用于提供有关各种物质的菌群改变，菌群的物质改变以及人体中肠道细菌的丰富度的信息。

数据库异型生物质活性物质肠道菌群

数据库

中科院微生物所：gcType——全球模式微生物基因组数据库

2020年10月29日，Nucleic Acids Research在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章，马俊才研究员与吴林寰研究员为共同通讯作者。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。

数据库全球微生物菌种目录（GCM）全球模式微生物基因组数据库(gcType) 基因组组装下一代测序

宿主遗传因素

国内团队：分析影响人类微生物组的宿主遗传和免疫因子的新数据库

除了对微生物群落组成具有巨大影响的环境因素外，包括两种主要类型（宿主遗传因子（HGF）和宿主免疫因子（HIF））的宿主因素最近在其在塑造人类微生物群中的作用上引起了广泛关注。但是，没有数据库可提供两种类型的综合因素。在此，来自浙江大学、重庆大学和重庆医科大学的团队，建立了一个名为“塑造人类微生物群的宿主遗传和免疫因素（GIMICA）”的数据库。GIMICA不仅可以考虑不同类型的宿主因素，而且还可以考虑宿主与环境因素，无需登录即可免费访问：https://idrblab.org/gimica/。

宿主遗传因素宿主免疫因素微生物群落 GIMICA 人类生理学

人类肠道病毒组

Cell子刊：研究人肠道病毒组的重要新资源

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage