随机森林模型

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文章数：9篇

洪洁+陈豪燕等Cell子刊：肠道真菌或可用于预测肿瘤免疫治疗疗效

真菌是人体肠道微生物群的重要组成部分，对宿主免疫和维持肠道内稳定状态起着至关重要的作用，但真菌与免疫检查点抑制剂应答的关系迄今仍不明确。近日，上海交通大学医学院附属仁济医院的陈豪燕、洪洁及团队在Cell Host and Microbe发表最新研究，揭示了肠道真菌在预测肿瘤免疫治疗疗效方面的作用，相较于肠道细菌，真菌的预测效果更为准确。总之，该研究为筛选肿瘤免疫治疗的应答者，从而提高免疫治疗适用性提供了新见解，值得关注。

肠道真菌免疫治疗研究论文基础研究标志物

王佳堃等：母体瘤胃菌群或会影响幼刍菌群及生长发育？

多样研究发现，母婴间存在较强的菌群传递，“菌脉相连”极大促进了幼儿的免疫和生长发育。但关于反刍动物母婴间菌群传递的研究仍然有限。近日，浙江大学王佳堃、俄亥俄州立大学 Zhongtang Yu及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，通过采集母胡羊及幼刍的瘤胃样品测序，发现胡羊瘤胃菌群中约有4%可遗传，具有系统发育多样性，代表多种细菌类群，且与幼刍的生长发育和瘤胃发酵特性有关，值得关注。

瘤胃菌群生长发育研究论文基础研究母婴传递

肠道病毒群

张烜+王军等：系统性红斑狼疮中的肠道病毒组紊乱

系统性红斑狼疮（SLE）是一种多发于青年女性的累及多脏器的自身免疫性炎症性结缔组织病，早期、轻型和不典型的病例日渐增多。越来越多的证据表明，肠道菌群紊乱在SLE的发病机制中起重要作用，但肠道病毒组仍不清楚。近日，中国医学科学院张烜、微生物所王军及团队在Science Bulletin发表最新研究，发现SLE患者肠道病毒多样性和分类显著改变，SLE中受到干扰的肠道病毒组可以驱动IFN-I反应，从而为SLE发病机制提供新见解，值得关注。

肠道病毒群系统性红斑狼疮研究论文基础研究噬菌体

秦环龙+鲍慧等：慢性肾病严重程度与肠菌及代谢物的紊乱有关

慢性肾病（CKD）是一种严重的公共卫生问题，与肠道菌群紊乱有关。然而，关于微生物群的改变及其与疾病严重程度相关代谢途径的互作机制仍不清楚。近日，上海市第十人民医院秦环龙、鲍慧在Microbiome上发表最新研究，纳入68名非透析慢性肾病（CKD）患者和20名健康者，通过解析两组间的物种、粪便及血清代谢物差异识别到潜在的疾病标记物，进一步构建随机森林模型，发现可以很好的区分CKD患者疾病严重程度，且预测评分随着疾病严重程度进展而下降。总之，该研究为未来构建无创诊断肾损伤策略提供了新的参考，值得关注。

慢性肾病代谢物研究论文基础研究肠道菌群标记物

用于识别菌群和代谢物间关联的数据库

对人类粪便样本中获得的菌群和代谢物数据进行综合分析，可更好地了解人体肠道细菌和代谢物间的关联，以及其在健康和疾病方面的作用。近日，以色列特拉维夫大学研究人员在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究，通过14项人类成对的肠道菌群-代谢组数据构建数据库，发现通过菌群组成可较好预测97种代谢物，还识别多种菌属和代谢物间的关联（尤其是颤杆菌属及另枝菌属为高代谢物关联菌属），在肠道生态系统中可能发挥重要作用。总之，该研究为未来进一步探究菌群和代谢物间的联系提供了新视角。

数据库菌群-代谢物荟萃分析基础研究随机森林模型

肠道病毒组

马骁驰+鄢秋龙等：用肠道病毒组诊断大肠癌和腺瘤，潜力如何？（荟萃分析）

先前研究发现病毒是肿瘤发生的诱导剂，但很少有研究探讨肠道病毒组对结直肠癌进展的影响，并且在不同队列中病毒特征的可重复性较差。近日，大连医科大学的马骁驰、鄢秋龙及团队在Journal of Advanced Research发表最新研究，纳入9项已发表的结直肠癌和腺瘤研究（含1282个粪便宏基因组）用于组装病毒基因组，基于患者和健康人肠道内识别的差异噬菌体构建随机森林模型，发现可以较好地区分结直肠癌/腺瘤与健康人。总之，该研究证实了结直肠癌和腺瘤患者的肠道病毒群特征，并强调了结肠直肠癌进展中肠道噬菌体-细菌的协同作用，为未来结直肠癌治疗的提供了新靶点。

肠道病毒组预测性能荟萃分析基础研究结直肠癌

菌群关系变化

刘星吟团队：新的鉴定和量化菌群关系变化的分析框架—PM2RA

南京医科大学刘星吟教授课题组在Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上在线发表了文章，借鉴工业领域监测变量之间关系一致性的方法，提出了一个鉴定和量化菌群关系变化的分析框架（PM2RA），以检测和量化各种条件下菌群中的关系变化。PM2RA无需构建共现网络，可直接比较不同条件下菌群关联的变化。为了方便临床医生以及没有生信基础的科研人员使用该软件进行两种状态下菌群关系的变化分析，PM2RA提供在线分析工具及单机版软件 http://www.pm2ra-xingyinliulab.cn/。

菌群关系变化整体监测共现网络人类疾病鲁棒性

广东省生态所孙蔚旻团队揭示砷锑污染土壤剖面的微生物世界

近日，广东省生态环境与土壤研究所孙蔚旻研究团队在环境微生物领域期刊FEMS Microbiology Ecology发表了题为“Microbial adaptation in vertical soil profiles contaminated by antimony smelting plant”的研究文章，揭示了土壤微生物在不同剖面深度下对砷、锑污染的生态适应性机制。

砷锑污染土壤垂直剖面土壤微生物宏基因组测序碳代谢基因丰度

寄生虫-菌群互作

肠道菌群或可用于诊断斑马鱼的寄生虫感染

Microbiome上发表的一项最新研究，发现斑马鱼在感染寄生虫后，肠道菌群发生变化，且特定肠道分类群的变化与寄生虫感染的严重程度相关，或可利用肠道菌群的变化预测斑马鱼的寄生虫感染。

寄生虫-菌群互作 Intestine Microbiome Nematode Parasitism