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文章数：9篇

iMeta：国内团队开发微生物共现网络比较流程

福建农林大学姚敏杰和中国科学院成都生物研究所李香真团队在 iMeta 在线发表了题为“A guide for comparing microbial co-occurrence networks ”的文章。本研究针对当前微生物生态学的研究中多个共现网络难以比较分析的现状，创建了一个新的R语言包meconetcomp，并结合R microeco包的多种方法进行共现网络的比较分析。Meconetcomp包公开可用-https://github.com/ChiLiubio/meconetcomp。

共现网络 R包meconetcomp 比较分析灵活性可拓展性

三裂叶葛藤

葛藤菌根真菌的遗传多样性和群落组成

作者研究了在加纳废弃、高度干扰的采矿后地点的普遍土壤条件下生长的三裂叶葛藤根际和根中丛枝菌根真菌群落的遗传多样性和组成。采用高通量DNA测序分析退化采矿土壤中的AMF群落。本研究的主要目标是填补对退化采矿土壤中AMF生态状况的理解，并为制定基于AMF的退化土地恢复战略提供科学基础。本研究结果对植物-丛枝菌根真菌相互作用与三裂叶葛藤相关的区室驱动的生态位分化的基本见解为恢复退化的生态系统提供了生态基础。

三裂叶葛藤丛枝菌根真菌共现网络根际遗传多样性

组蛋白甲基化

国内团队揭示水稻组蛋白甲基化调控根系核心菌群

尽管表观遗传调控与宿主菌群的关系已在动物模型中得到广泛研究，但在植物中相关研究较少，2021年7月2日，JGG在线发表了中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋研究员和曹晓风研究员团队合作题为“The rice histone methylation regulates hub species of the root microbiota”的研究论文。该论文报道了组蛋白甲基化修饰对水稻根系菌群组装及核心菌群的调控作用，作者确定了水稻（Oryza sativa）组蛋白甲基化调节根菌群的结构和组成，尤其是微生物网络中的核心物种。作者表明水稻组蛋白甲基化在调控根系菌群的组装过程中起关键作用，为植物表观遗传调控与根系微生物群之间的联系提供新思路。

组蛋白甲基化根系菌群核心物种共现网络水稻

河流生态系统

中科院南土所褚海燕组揭示冰川源水体和沉积物细菌群落显著分异

冰川源的水生生态系统中的细菌群落是全球气候变化和水文循环的重要生物指标。本研究系统地比较了以冰川为主要水源补给的多种水生环境中水体和沉积物中细菌群落的多样性、群落组成和共现网络模式。水体和沉积物细菌群落表现出不同而错综复杂的环境偏好性和脆弱性。因此，阐明冰川源水生生态系统在环境条件变化下的细菌群落组成的机制，对于理解水文制度对气候变暖等干扰事件的适应能力至关重要。共存的水体和沉积物细菌群落是由不同的环境因素所驱动。这项工作也为环境变化下的水资源管理和水生态保护提供了一定的科学依据。

河流生态系统共现网络核心物种生态集群环境偏好

菌群关系变化

刘星吟团队：新的鉴定和量化菌群关系变化的分析框架—PM2RA

南京医科大学刘星吟教授课题组在Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上在线发表了文章，借鉴工业领域监测变量之间关系一致性的方法，提出了一个鉴定和量化菌群关系变化的分析框架（PM2RA），以检测和量化各种条件下菌群中的关系变化。PM2RA无需构建共现网络，可直接比较不同条件下菌群关联的变化。为了方便临床医生以及没有生信基础的科研人员使用该软件进行两种状态下菌群关系的变化分析，PM2RA提供在线分析工具及单机版软件 http://www.pm2ra-xingyinliulab.cn/。

菌群关系变化整体监测共现网络人类疾病鲁棒性

R包microeco：微生物组扩增子数据统计和可视化

基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析，后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看，依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发，整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法，归类成每个模块，以方便学习和使用，并研发了多种分析方法，同时提供了详细的教程，软件包已上传至CRAN，建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接：https://github.com/ChiLiubio/microeco

共现网络差异丰度检验多样性环境因子功能分析

国内团队：粘细菌捕食调节土壤微生物群落，控制黄瓜枯萎病

中国农业科学院张瑞福团队与南京农业大学崔中利团队合作发表的这项研究，揭示了粘细菌在土壤中向植物根部迁移的时空分布规律，提出并验证了粘细菌的捕食行为驱动了土壤中作物有益微生物群落结构稳定，从而降低病害发生的研究假设。本研究首次证明了粘细菌与植物互作过程中粘细菌对根际分泌物的响应作用，解析了粘细菌捕食行为的生态学功能，为植物病原菌的生物防控提供了新的思路。该成果对于了解捕食性微生物-植物-土壤微生物互作关系具有重要的指导意义。

粘细菌土壤微生物组珊瑚球菌EGB 黄瓜尖孢镰刀菌微捕食者

Nature子刊：菌群的建模方法（综述）

数学建模可以对于了解菌群动态和相互作用有极大优势。模型的重要性在于一方面可以在理论上重现实验结果，另一方面还在于可使用模型预测生物系统的行为及其对不同扰动的响应。可以想象，后者在建立饮食干预调控肠道菌群的征程中将为我们指引方向。本文共介绍了四大类、逾二十种建模方法，是学习微生物群落构建不可多得的参考资料。

菌群模型 Computational models Microbiome 综述建模

生殖道菌群

精液菌群及其对精液质量的影响

当前，关于女性生殖道菌群的研究较多，而对男性生殖道菌群的关怀则不够。瑞士和澳大利亚的一个研究团队通过对94个精液样本的分析发现，菌群与精液质量之间好像关系不大。

生殖道菌群精液菌群共现网络其他人体试验 16S r RNA gene sequencing