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文章数：9篇

三裂叶葛藤

葛藤菌根真菌的遗传多样性和群落组成

作者研究了在加纳废弃、高度干扰的采矿后地点的普遍土壤条件下生长的三裂叶葛藤根际和根中丛枝菌根真菌群落的遗传多样性和组成。采用高通量DNA测序分析退化采矿土壤中的AMF群落。本研究的主要目标是填补对退化采矿土壤中AMF生态状况的理解，并为制定基于AMF的退化土地恢复战略提供科学基础。本研究结果对植物-丛枝菌根真菌相互作用与三裂叶葛藤相关的区室驱动的生态位分化的基本见解为恢复退化的生态系统提供了生态基础。

三裂叶葛藤丛枝菌根真菌共现网络根际遗传多样性

Nature：Jeff Dangl团队揭示微生物组中的单一细菌属维持根的正常生长的机制

复杂的土壤环境中主要包括植物根系组织、非生物环境因素和丰富的微生物群落三方，其中微生物群落根据与植物的关系又分为有益菌和有害菌，这些菌落会随着根际环境的变化调整与宿主的关系，甚至与其它菌落的相互作用，进而影响植物的健康。微生物群落发挥作用可以是直接的分子互作，也可以通过次级代谢产物或信号分子进行调控，例如生长素。由于复杂的土壤环境，多数微生物种群的功能研究起来比较困难，很多隐藏的分子机制也未可知。2020年9月30日，美国北卡罗来纳大学教堂山分校植物免疫学专家Jeffery L. Dangl教授团队在Nature上发表了题为A single bacterial genus maintains root growth in a complex microbiome的研究论文。该研究经过大规模筛选和功能验证，确定了根际环境贪噬菌属（Variovorax）在植物-微生物-微生物互作网络中的核心地位，并且发现了其调控生长素浓度维持植物根系健康的分子机制，鉴定到广泛分布于其基因组的关键功能位点，加深了我们对根际复杂互作网络的认识，研究结果为开发抗逆、高产作物提供了一种潜在的新策略。

根际贪噬菌属（Variovorax）生长素浓度植物根系健康关键功能位点

Science Bulletin：上海植生所王二涛组发表基于绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型

2020年3月7日，Science Bulletin在线发表中科院分子植物科学卓越创新中心/植物生理与生态研究所王二涛课题组及其合作团队完成的题为 “An amplification-selection model for quantified rhizosphere microbiota assembly” 的研究论文，该研究基于微生物绝对丰度提出了植物根际微生物群落 “扩增-选择” 组装的新模型,其将指导我们定量追踪植物不同生长周期下其根际微生物的绝对丰度的变化，将根际微生物与植物定量性状关联起来，更好利用根际微生物提升农业的可持续发展。

根际定量微生物群落根微生物群落装配绝对定量组装模型

南农团队：根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素

南农韦中组在根际微生态与植物健康研究取得进展，成果发表在国际著名学术期刊《Microbiome》是继之前Science Advances和Nature Biotechnology之后的另一力作。在本研究中作者通过非破坏性根际土壤样品连续采集装置，综合分析了细菌、真菌和原生生物在内的根际微生物组以及微生物功能相关的代谢基因，探究在植物整个生长周期中这些群落和功能基因与土传青枯病发生的关系。该成果揭示根际原生动物群落及其与细菌群落的互作在保护作物健康方面发挥重要作用。

根际青枯菌病原体原生动物捕食者-猎物互作次生代谢物的基因

南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制

该研究耦合根际土壤固氮过程与关键固氮菌集群，从系统发育机制上解析了长期施肥抑制根际特定固氮菌集群的生长与功能，为集约化农业背景下土壤生物多样性保护及生态系统功能发挥提供科学依据。

施肥固氮根际 Diazotrophs Nitrogen fixation rates

PNAS：多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物

在2013年，作者在PNAS中发表了一篇有关玉米根系微生物组的文章。使用27个玉米品系的500个样品。发现微生物的多样性与植物的基因型相关。基于那文章，2018年，他们又在PNAS上发表了第二篇玉米根系微生物组的文章，该文章中作者对玉米根系微生物组进行了多年、多点的大规模的研究，收集了近5,000个样品，从500到5,000的扩展对样品处理具有挑战性，生物信息学分析也非常具有挑战性，因为有超过5亿条16S序列，最终作者确定了143种可遗传的OTU。此外，该团队还确定了一个核心根际微生物组，并且研究了植物年龄、种植地和天气等条件对微生物组的影响。

玉米根际土壤微生物组可遗传性田间研究

南土所褚海燕组揭示pH主导土壤中固氮群落的共存与装配

根际固氮菌具有广泛的生态分布和适应性，尽管固氮对提高甘蔗和玉米、水稻、小麦等经济作物的产量具有重要意义，但人们对固氮菌在农业土壤中不同根相关区域的组成和共现情况仍不清楚。本文基于提出的两个假设，通过对土体土、松散结合土和紧密结合土的对比分析研究了固氮群落在麦田根际和土体土中的共存与装配过程，以及土壤pH对固氮群落的结构和多样性及装配过程的影响，最终结果表明土壤pH控制着麦田土壤固氮群落的相互作用和装配过程，中性pH的土壤可能具有更稳定的固氮群落，这有助于加深我们对农业土壤生物固氮的认识。

相互作用固氮群落根际装配过程 Miriam Ferrer

FPS：土地利用密度对鸭茅相关菌群的影响

植物及土壤相关菌群研究，特别推荐。

根际土壤菌群生物多样性根际菌群根部菌群

细菌微生物组

Microbiome：杨树内生和根际微生物组结构

这篇文章分析了白杨树不同区域的细菌组成和差异，数据量和样品量规模极小(均不到目前10分左右文章的10分之一)，16S分析也非常中规中矩(只有最基本的多样性和物种分类)，而且没有任何后续实验，但是描述和结果很清楚，Taxonomy堆叠图将所有样品均展示出来，表现数据最原始的样子，值得学习。本文为理解杨树复杂的宿主与微生物互作，为解释原核和真核相关的植物修复应用、可持续农业和次生代谢物产品提供理论基础。有时最原始、最简单的结果，反倒是更好的。

细菌微生物组根际内层微生物组生态位分化 16S rRNA扩增子焦磷酸测序