土壤微生物组

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文章数：14篇

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Nature子刊：“同一健康”不能忽视土壤菌群（观点）

One Health（同一健康）是旨在可持续地平衡和优化人类、动物和生态系统健康的综合统一方法。Nature Microbiology发表的这篇观点文章，探讨了土壤微生物组在实现同一健康目标中的重要性和核心作用，并提出了将土壤微生物组纳入同一健康政策的五步路线图。

土壤微生物组同一健康

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Nature Reviews：土壤菌群与同一健康（综述）

为保护人类和动物的健康，研究人员正在探究人类、动物与环境相互联系中潜藏的威胁，“同一健康（One Health）”的理念也在此背景下应运而出，这一概念强调人类健康与土壤、动物和植物等生态系统的健康密不可分，微生物在One Health中至关重要。近日，美国和瑞士研究人员在Nature Reviews Microbiology发表最新综述，系统的阐述了土壤是One Health的基石，也是微生物的来源和储存库，通过直接或间接地影响植物、动物、人类和环境健康。最后，作者提倡未来应更好的管理、保护土壤微生物组。

土壤微生物组 One Health 综述基础研究生态系统

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南土所：农业土壤核心菌群可提升土壤生态功能

理论上，一个生态网络内高度相连的类群（核心节点，kinless hubs）比关联较少的类群（peripherals）能够支持更高水平的生态系统功能。然而，核心节点在调节土壤微生物群落功能潜力中的作用在很大程度上尚未得到探索与研究。中国科学院南京土壤研究所褚海燕与团队的这项研究，通过对具有重要生态功能与经济价值的农业生态系统（小麦和玉米轮作）的华北平原243个土壤样本进行大规模调查，建立了土壤真菌和细菌类群的关联网络，结果表明，在微生物网络中被归类为核心节点的土壤微生物类群的相对丰度与土壤功能潜力高度相关，这对于在大空间尺度上理解和管理（通过操纵微生物关键物种）农业生态系统具有重要意义。

土壤微生物组农业生态系统微生物网络功能基因核心节点

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南土所：大空间尺度下，空间比季节对土壤菌群的影响大

土壤微生物的群落结构会受到时间和空间的共同影响。然而，鲜少有大尺度范围的研究在相同的采样点多时间采样的。中国科学院南京土壤研究所褚海燕与团队的研究中，作者通过对华北平原小麦主产区约878km大尺度范围内土壤细菌群落和真菌群落的时空变异进行研究，发现空间距离对微生物群落结构影响远大于季节变化，且土壤微生物群落的季节变异主要是通过影响快速变化的环境变量来驱动的。由于微生物的季节变异能够被快速变化的环境变量所解释，因此，研究者推测大尺度范围内微生物的空间分布规律可以通过单次采集的数据集获取。

土壤微生物组细菌群落真菌群落空间季节

国内团队：粘细菌捕食调节土壤微生物群落，控制黄瓜枯萎病

中国农业科学院张瑞福团队与南京农业大学崔中利团队合作发表的这项研究，揭示了粘细菌在土壤中向植物根部迁移的时空分布规律，提出并验证了粘细菌的捕食行为驱动了土壤中作物有益微生物群落结构稳定，从而降低病害发生的研究假设。本研究首次证明了粘细菌与植物互作过程中粘细菌对根际分泌物的响应作用，解析了粘细菌捕食行为的生态学功能，为植物病原菌的生物防控提供了新的思路。该成果对于了解捕食性微生物-植物-土壤微生物互作关系具有重要的指导意义。

粘细菌土壤微生物组珊瑚球菌EGB 黄瓜尖孢镰刀菌微捕食者

南土所：不同气候条件下，土壤稀有与丰富微生物类群的分化策略

不同的气候条件如何改变稀有微生物生物圈的稳定性和功能我们仍不清楚。为了模拟气候变化，中科院南京土壤研究所的梁玉婷、孙波与团队，在纬度梯度上相互移栽农田土壤（换土实验），并在随后的6年（2005年至2011年）收获玉米后每年对土壤进行采样并对微生物16S RNA基因进行扩增子测序，研究表明，在分类学和功能多样性方面，稀有生物圈有可能增加功能冗余，增强土壤群落抵御环境干扰的能力。随着全球气候的不断变化，探索稀有类群的演替过程和功能变化，对于阐明微生物群落介导的生态系统稳定性和多功能性具有重要意义。

气候变化土壤微生物组稀有类群氮循环基因群落功能

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山东农业大学：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展

山东农业大学生命科学学院高峥教授和周波教授团队联合在微生物学顶级期刊Microbiome上发表研究论文，揭示马铃薯疮痂病与土壤微生物组的结构和功能之间的关系。高峥教授在读硕士生史文聪是该论文的第一作者。研究首次系统研究了土壤微生物组成和功能与疮痂病的关系，从新的角度探索了疮痂病发生，对揭示疮痂病的发生机制和防治疮痂病具有重要意义。

土壤微生物组 Common scab Geocaulosphere soil metagenome Microbial community composition and function

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天然盐度梯度下的土壤菌群结构变化规律

一些天然环境梯度为研究微生物的适应性提供了难得的研究材料。在本研究中，作者通过盐度梯度下的采样，证明了盐度梯度对群落结构和功能的塑造能力，发现了与盐度耐受性相关的核心菌群成员。

土壤微生物组盐度 pH梯度 16S rRNA基因测序

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西北农林：退耕还林期间，土壤菌群的变化和对养分循环的贡献

退耕还林是目前最广泛使用的生态恢复策略，但是，在退耕还林过程中，土壤表层及深层微生物的装配模式及其对土壤养分循环的贡献还尚不明确。西北农林科技大学韦革宏、陈卫民与团队，以退耕还林10年、20年、30年的刺槐林为研究对象，采集了不同年限刺槐树干不同水平距离（30、60、90 cm）和不同深度（0、20、40、60、80、100、150、200、250、300 cm）的土壤样本，通过高通量测序的方法，分析土壤细菌、古菌和真菌群落组装、结构以及养分循环相关土壤因子。该研究提供了在单棵树的微尺度下土壤微生物群落垂直和水平空间变化的新视角，系统地揭示了在退耕还林过程中，土壤细菌、古菌和真菌作为土壤深层养分循环的主要参与者，形成了不同的响应模式。

土壤微生物组退耕还林垂直空间变化多养分循环 Sik Yu So

PNAS：多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物

在2013年，作者在PNAS中发表了一篇有关玉米根系微生物组的文章。使用27个玉米品系的500个样品。发现微生物的多样性与植物的基因型相关。基于那文章，2018年，他们又在PNAS上发表了第二篇玉米根系微生物组的文章，该文章中作者对玉米根系微生物组进行了多年、多点的大规模的研究，收集了近5,000个样品，从500到5,000的扩展对样品处理具有挑战性，生物信息学分析也非常具有挑战性，因为有超过5亿条16S序列，最终作者确定了143种可遗传的OTU。此外，该团队还确定了一个核心根际微生物组，并且研究了植物年龄、种植地和天气等条件对微生物组的影响。

玉米根际土壤微生物组可遗传性田间研究

Nature子刊：全球微生物组是开发新型抗生素的宝库

如何在全球微生物组中开发新型抗生素？Hover等人的研究可为该领域的科研人员带来启示（http://www.xunludkp.com/papers/read/1065500693）。Nature Microbiology对此发表了评论文章，搭配阅读，必有收获。

新药研发土壤微生物组宏基因组 Carla P Lozano Ximena Lee

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COM：土壤中的细菌-真菌互作（综述）

这是一篇系统性介绍如何研究土壤菌群中细菌-真菌互作的综述，知识点集中，值得精读。

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ISME：如何改善土壤微生物组参考数据库？

人类只了解了土壤微生物组中一小部分的生物多样性，需要有更多投入来丰富相关数据库，ISME特别发出这篇文章，值得看一看。

土壤微生物组参考数据库 Theresa A Laguna Theresa A Laguna

ISME：中国东部，从南到北的土壤微生物有何特点？

浙江大学徐建明团队和Jack A Gilbert的合作成果，对中国东北从海南岛黑龙江的土壤进行了一次“普查”，相关研究方法值得认真学习。

土壤菌群共存关系模式同现网络拓扑特性地理分布模式土壤微生物组