土壤菌群

人类活动对自然和管理下的土壤生态系统造成的压力越来越大，这促使人们研究减少这些负面环境影响的替代方法。近日，美国太平洋西北国家实验室研究人员在Nature Biotechnology发表最新综述，强调了采用跨学科方法来了解有益土壤微生物群的组成、动态和部署的必要性，以便通过恢复和保护健康的土壤生态系统来减轻或扭转对环境的破坏，值得关注。

土壤菌群微生物组工程综述基础研究土壤健康

火山极端环境

iMeta：江南大学团队揭示火山极端环境下不同岩石表层土壤菌群的模式和驱动因素

本研究以乌兰哈达火山群全新世玄武岩、全新世花岗岩和晚更新世玄武岩表层土壤为研究对象，采用Illumina MiSeq高通量测序分析细菌和真菌群落的组成和结构。该文研究结果丰富了我们对火山岩表层土壤环境条件下菌群的理解。

火山极端环境土壤菌群驱动因素玄武岩花岗岩

土壤菌群

Science：微生物群落变化或可增强树木对气候变化的耐受性？

全球性气候变化给物种带来了前所未有的挑战，也推动着物种迁移或进化出相应的耐受性以避免灭绝。微生物的大量多样性和悠久的进化历史提供了生物创新的源泉，有可能减轻胁迫和增加生态系统的恢复力。近日，美国威斯康星大学研究人员在Science发表最新研究，发现微生物群落的变化可以增强树木对气候变化的耐受性，值得关注。

土壤菌群植物研究论文基础研究环境压力

土壤菌群

Science综述：菌群在修复退化土地中应用的研究进展

本文综述了微生物在土地修复技术中的应用现状、土壤修复潜力最大的菌群、微生物对土壤物理性质的影响，并提出了退化土地的长期修复策略。作者还强调需要推进生物物理景观相互作用这一新兴研究领域，以支持土壤-植物生态系统恢复实践。

土壤菌群退化土壤土壤水文功能植物-微生物相互作用土壤物理

土传病害

南京农大：植物健康否？可以让土壤微生物群落记录

后基因组学时代，以NCBI为首的基因数据库中储存了大量的微生物群落测序数据，这些数据的再利用已经成为摆在当今科研人员桌面的一个有意思的课题。土传病害影响农业生产许久，并在全世界范围内对农业生产造成了巨大的影响。南京农大沈其荣与团队发表的这项研究，以镰刀菌枯萎病为主题，寻找相关微生物群落测序数据，试图通过在数据库中寻找同一主题的二代扩增子数据，整合并寻找在全球范围内的镰刀菌枯萎病相关的微生物群落特征。

土传病害土壤菌群

噬菌体疗法

南京农大沈其荣、韦中等：使用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病取得重大突破

本期日报，我们特别报道南京农业大学“微生态与根际健康实验室”在《Nature Biotechnology 》发表的最新成果：利用复合噬菌体疗法防治番茄青枯病。尽管噬菌体作为一种治疗手段很早就被提了出来，但是在应用上仍然处于比较初级的阶段。特别是在噬菌体疗法的安全性、特异性和诱导抗性等方面的讨论也一直在持续进行。在这样的背景下，能够以实验方法证实噬菌体疗法的可靠性、安全性显得尤为关键。在小编看来，由于这项研究使用了田间试验的设计，所以成果非常贴近实际。其主要结论之一，使用噬菌体治疗后，可以帮助根际菌群的结构向好，对于我们在肠道或者人类健康领域使用符合噬菌体疗法提供了十分积极的生态学观点指引。消息传来，热心肠研究院第一时间联系采访了论文第一作者“90后”副教授王孝芳和通讯作者之一“85后”教授韦中两位老师，请他们讲讲如何把噬菌体疗法落到中国大地的精彩故事。

噬菌体疗法根际菌群根际菌群噬菌体青枯病

土壤菌群

土壤细菌真菌群落互作共同维持生态系统功能稳定

在生态环境中，单一微生物对某种生态功能的影响往往与其他微生物有着千丝万缕的关系，这些微生物可能辅助该功能微生物，也可能具有相同的的生态功能，这些功能冗余对于维持生态系统稳定性具有重要作用。从生态学角度来讲，土壤中细菌和真菌并不是单独存在的，面对如此高维的数据，如何来寻找其与生态功能的关系？本文作者使用了网络分析。网络分析在当前微生物生态学领域愈演愈热，将微生物网络同生态功能相关联，同时考虑土壤细菌和真菌群落之间的关系是本文的特色。这些乱七八糟、杂乱无章的线条和点构成的美图在本文作者手中却转化成了解析生态功能重要手段，对我们解析微生物群落和生态功能之间的关系，提供了新的方向和手段。

土壤菌群网络分析细菌-真菌互作草原生态系统 Maria Rosa Ingrosso

土壤菌群

Science子刊：南农沈其荣、徐阳春团队证实苗期土壤菌群微生态决定作物未来健康

沈其荣教授领衔的南京农业大学微生态与根际健康研究团队继上个月发表Nature子刊（http://mr-gut.cn/papers/read/1073890272）之后，又在Science子刊发表论文。论文研究发现，苗期土壤菌群的结构可以决定作物未来是否发病，从实践上明确了早期土壤菌群的重要功能，为未来可能开展的植物微生态调控奠定了理论基础。植株“儿童”时期的菌群决定“长大”后能否发病，这一结果在肠道菌群研究中似曾相识。

土壤菌群根际菌群土壤菌群植物健康微生态

共生

连接土壤、植物和昆虫的微生物桥梁（综述）

Trends in Ecology and Ecolution近期发表的综述，对菌群在土壤、植物和昆虫生态系统中的作用进行了总结，值得关注。

共生 ecological interactions Microbiome plant and soil insect pollinators

土壤菌群

Nature子刊：世界范围内土壤真菌群落中以子囊菌为优势型

真菌是土壤微生物群落的重要组成，是分解者中的先锋物种。Nature Communication中发表的这一篇论文从六大洲采集了235份土壤样本，利用ITS序列测序和宏基因组测序的方法，系统地鉴定了土壤中真菌群落的组成。发现子囊菌是全球土壤中中占主要的物种，其次是担子菌和未分类真菌。

土壤菌群土壤真菌土壤宏基因组 ITS Hirotaka Kawanabe-Matsuda

土壤菌群

综述：捕食在调节土壤微生物组中的重要作用

土壤微生物组调节重要的生态系统功能，然而我们才刚刚开始了解调节土壤微生物组的因素。当前，捕食在推动土壤微生物组结构和功能方面的作用仍未得到足够重视。在这里，作者回顾对土壤中微生物捕食者如何影响和塑造土壤微生物组的群落结构和功能。最后，作者强调土壤微生物组的结构和功能取决于捕食、植物和土壤理化性质之间的相互作用。

土壤菌群 bacteria climate change food webs Fungi

生物膜

生物膜——微生物存在的主要形式？

新加坡SCELSE生物膜研究中心的Hans-Curt Flemming和Stefan Wuertz教授在Nature Reviews Microbiology上面发表分析论文指出，地球微生物的主要存在形式是生物膜。特别是在土壤和沉积物中，生物膜几乎是全部微生物活性的贡献者。

生物膜土壤生物膜深海沉积物海洋菌群土壤菌群

银纳米粒

东南大学团队：银纳米颗粒影响人工湿地功能和菌群组成

东南大学团队近期在《Bioresource Technology》发表研究，发现在人工湿地中，加入了最高200μg/L的银纳米颗粒（AgNPs）可以改善湿地的氮磷去除效率，提高微生物的多样性。

银纳米粒环境科学银纳米颗粒人工湿地土壤菌群

根际菌群

南京农大沈其荣+韦中：土著根际菌群中的“便利关系”也为外来病原菌的入侵提供“便利”

根际菌群中存在广泛的相互作用关系，包括以互利共生为代表的“便利”型关系和以竞争为代表的“对抗”型关系。在抵御外来病原菌入侵时，充满合作的“便利”型关系难道不能兄弟同心，一致对外吗？

根际菌群 Antagonism community ecology facilitation invasion resistance

土壤菌群

浙江大学张志剑：土壤菌群与水稻土溶解有机质息息相关

来自浙江大学张志剑团队在Microbiome上发表的一项最新研究，发现水稻土中的溶解有机质的多样性及组成，与土壤菌群的多样性、组成及代谢通路显著相关。

土壤菌群 Chemodiversity Dissolved organic matter FT-ICR-MS Microbial diversity

土壤菌群

华中农大：土壤菌群对汞污染呈现出一致反应

朋友圈曾流传过一只水银体温计打碎后可使室内汞浓度超标1000倍的新闻（https://dxy.com/column/2405）。事实上，汞污染确实是全世界主要污染物之一，而在汞矿区尤甚。华中农大刘玉荣团队从中国西南两个汞矿区（凤凰、万山）下游多地土壤中取样，分析汞和菌群之间的联系。

土壤菌群 Co-occurrence network Functional gene Mercury pollution metagenomics

土壤菌群

华中农大：水稻土中的汞甲基化细菌

大米是人类暴露于神经毒素甲基汞的一种重要途径。来自华中农业大学团队在Environmental Science & Technology上发表的一项最新研究，对水稻土中的汞甲基化细菌群落进行了鉴定。

土壤菌群环境污染物甲基汞汞甲基化细菌 Sangyong Jon

土壤菌群

南京农大：植物自土壤中招募“亲兵”抵抗地上病原菌入侵

根际菌群是植物留给土壤的“遗产”。已有多个研究表明植物通过根系分泌物招募益生菌，促进自身的生长和抗病等（http://www.mr-gut.cn/home/search?query=%E6%A0%B9%E7%B3%BB%E5%88%86%E6%B3%8C%E7%89%A9）。南京农大沈其荣团队发现，叶子感染病原体也可引发了土壤对病原菌的遗留抗性，帮助下一代植物更好的抵御病原菌的入侵。

土壤菌群根际菌群 Disease-suppressive soil Foliar pathogen Microbiome

根际菌群

阿尔卑斯山演替梯度下植物和根际微生物群落的多样性

一般认为植物是塑造根际菌群的主要因素，Molecular Ecology上的这篇论文则发现根际环境中三界生物具有不同的多样性模式。

根际菌群 community ecology environmental DNA environmental gradients intermediate disturbance hypothesis

土壤菌群

Nature子刊：气候变暖影响草地菌群的群落演替

Nature Climate Change上发表的一项最新研究结果，气候变暖显著改变了土壤中的菌群群落，并增加了群落的趋异演替，其中来自随机因素的影响较大。

土壤菌群草原生态系统群落生态学 Housheng Hansen He Tae-Hee Kim

土壤菌群

Nature：土壤菌群特点或影响全球物质循环

土壤菌群的高度多样性在全球物质循环中具有重要作用。本研究通过分析全球189个位点、7560余份土壤样本中的物种和功能基因多样性，发现环境因子和细菌-真菌的相互作用影响全球土壤菌群的丰度、结构和功能，或可为全球物质循环的区域性特点提供解释，值得专业人士关注。

土壤菌群菌群分布模式细菌-真菌拮抗作用 Pilar Guallar-Castillón Ruth Blanco-Rojo

土壤菌群

Nature：被严重低估的土壤细菌次级代谢产物

土壤细菌通过生物合成产生大量的次级代谢产物，与环境和其它生物进行互作。Nature本周发表一项研究，通过宏基因组学方法获得了近400个土壤细菌的基因组序列，鉴定出大量的新型生物合成基因，是潜在的抗生素和药物化合物的宝库，推荐专业人士关注。

土壤菌群宏基因组宏转录组酸杆菌门疣微菌门

土壤菌群

pH梯度对土壤菌群的直接和间接影响

酸碱度（pH）可影响菌群结构，Microbiome近期发表一项研究，分析了pH梯度对农业土壤菌群的直接和间接的影响作用。人体不同部位的pH也存在差异，尤其是消化道，所以这项研究或许也能为人体菌群研究带来启示。

土壤菌群土壤pH值随机森林机器学习微生物生态学 16S rRNA

土壤菌群

防控土传病害需要有机改良剂和益生菌双剑合璧（综述）

有机改良剂曾被认为是改良土壤的万金油，但后来发现有时候不但无效，反而适得其反，导致植物更严重的病害。而益生菌虽然副作用较少，但是在不同土壤中功效大相径庭。因此，作者认为需要更好的理解了二者对菌群的影响机制，这样有助于开发新的、更可靠的产品。

土壤菌群土壤益生菌植物促生菌土壤病害 Daniel R Amor

土壤菌群

人口密度对城市绿地土壤菌群有何影响

城市化对城市内土壤菌群有何特征？Environmental Science & Technology[IF：6.198]近期发表研究指出，城市绿地土壤菌群多样性与人口密度相关。

土壤菌群绿地人口密度

根系分泌物

Nature子刊：植物根系分泌物对根系菌群的动态调节

Nature Microbiology近期发表的一项植物根系菌群的研究，分析了对植物根系生长产生不同响应的菌株，及其对根系分泌物的利用情况，表明植物根系生长分泌的代谢物和土壤细菌对代谢物的利用偏好，共同驱动了根系菌群的形成和动态变化。

根系分泌物根际菌群植物-微生物互作土壤菌群 Weipeng Zhang

根系菌群

Cell：植物在土壤中留给后代的“遗产”——根系菌群

植物在应对外界压力时，可通过植物激素及根系分泌物调节根系菌群，以促进养分吸收及抵抗病原体入侵。而这些有益的菌群可留在土壤中，成为给下一代植物的“遗产”。

根系菌群土壤菌群根系分泌物植物激素 Nina Iszatt

土壤菌群

Nature子刊：用非培养方法发现新型抗生素

细菌天然产物是抗生素药物的一个主要来源，但传统方法基于细菌培养，大大限制了可获得的候选抗生素。Nature Microbiology近期发表的一项研究，使用基于宏基因组分析的方法，从土壤细菌中发现了一种新型抗生素Malacidins，可有效消灭具有多重耐药性的革兰氏阳性病菌。这种无需细菌培养的方法，可为人们打开细菌天然产物的宝库，值得专业人士关注，可搭配评论文章阅读（http://www.xunludkp.com/papers/read/1039543587）。

土壤菌群抗生素发现宏基因组新药研发 Graeme L Close

生物炭

NP：优化生物炭对植物的益生作用

生物炭可促进植物生长并帮助植物抵抗病害，但如何同时最大化这两种功效是一大难题。通过对含生物炭的培养基进行灌溉+施肥的预处理，可优化生物炭对植物的两种益生作用。

生物炭土壤菌群灌溉施肥 disease suppression microbial activity

土壤菌群

中科院土壤所等：不同空间尺度下，影响土壤菌群的因素

Microbiome[IF：8.496]近期发表了来自中科院褚海燕团队主导的一项有趣的研究：在不同的空间尺度下，土壤菌群组成可能呈现随机性，也可能受到环境因素的影响，值得一读。

土壤菌群随机性空间尺度决定论土壤pH值