群落生态学

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群落生态学

文章数：10篇

Nature子刊：气候变暖影响动物肠道菌群

环境变暖对生物体、群落和生态系统有着不可忽视的影响。Nature Climate Change发表的一项研究表明，环境变暖可影响动物肠道菌群及其功能，这种作用可能是整个生态系统中复杂的群落互作的结果。

环境变暖 Climate-change ecology Climate-change impacts community ecology microbial ecology

刘洋彧等：理解粪菌移植的生态学原理，辅助个体化益生菌设计

人肠道菌群是一个非常复杂的生态系统，但是我们对于其中的生态学原理还所知有限，这是研究菌群干预方法道路上的一大障碍。《Nature Communications》最新了发表来自哈佛大学医学院刘洋彧团队的研究，他们提出了一个可用于理解粪菌移植（FMT）治疗艰难梭菌感染的生态学原理的理论框架，并在此基础上开发了一种算法，能用于设计清除致病菌定植的个体化混合益生菌配方。这项研究对于加深人们对FMT生态学原理的认知，以及未来设计开发基于菌群的干预疗法，具有指导意义。

粪菌移植微生物生态学 Clinical microbiology Ecological modelling Ecological networks

婴儿肠道菌群

Nature子刊：基于性状的婴儿肠道菌群演替模式

生命早期的肠道菌群组成变化规律和机制是近年的研究热点。Nature Communications近期发表的一项研究，将生态学中的基于性状（trait-based）的分析方法引入到菌群研究中，并用之分析了婴儿肠道菌群的演替模式，发现婴儿的肠道菌群起始于可变的、擅于快速增殖的早期定植者，但在出生第一年内功能性状逐渐趋同和稳定，能适应肠道内的缺氧环境、通过孢子在个体间传播，而此时菌群的分类学组成还在持续改变。该研究说明，基于性状的分析方法是基于分类学的菌群研究方法的有力补充，有助于深入研究微生物群落构建和演替的机制。

婴儿肠道菌群微生物群落群落生态学婴儿肠道菌群发育微生物生态学

高通量测序

综述高通量测序应用于病原体和害虫诊断

高通量测序技术（High-throughput Sequencing， HTS）在生物学领域的应用越来越广泛，此综述虽为其用于病原体和害虫诊断而著，但生物学其它研究领域，如生物进化、生物多样性与保护、动物食性与栖息地选择、动物营养学、动物行为学等多个领域均可借鉴此文归纳总结的方法和经验，尤其是在实验设计时参考其建议。文中图1展示了高通量测序总体实验与数据分析流程。表1总结了HTS应用于不同生物类群最具代表性的工作；表2对比了不同测序仪器的经费预算；表3总结了不同目标类群扩增子测序常用的引物。

高通量测序分子诊断群落生态学宏基因组学宏分子标记

肠道菌群建立

“独一无二”的肠道菌群，定植顺序很重要

肠道菌群的形成受遗传、饮食、生活方式等因素影响，但即便是生活在相同家庭环境中的同卵双胞胎，也可能有非常不同的肠道菌群，提示还有不少“未知”因素在菌群塑造中有重要作用。eLife近期发表研究，以无菌小鼠为模型，从生态学角度分析了幼年期细菌定植顺序对肠道菌群构建的长期影响。将生态学概念纳入菌群研究，对理解菌群构建的机制，以及开发相关疗法，都有重要意义。

肠道菌群建立 Lactobacillus colonisation history community ecology ecology

Nature子刊：气候变暖影响草地菌群的群落演替

Nature Climate Change上发表的一项最新研究结果，气候变暖显著改变了土壤中的菌群群落，并增加了群落的趋异演替，其中来自随机因素的影响较大。

土壤菌群草原生态系统群落生态学 Housheng Hansen He Tae-Hee Kim

使用“稳定婚姻问题”理论解释菌群中多个稳定状态的存在和转化机制

“稳定婚姻问题”指给定给定n男n女，以及每个人对异性对象的喜好程度（按1至n排列）。安排男女结婚，使得不出现以下不稳定情形：存在A夫妇和B夫妇，A男对B女的喜好程度大于A女，同时B女对A男的喜好程度大于B男。受此启发，作者提出了一个菌群状态的理论模型：给定一个物种，其针对于不同的营养成分的偏爱导致其优先选择挚爱的那一种成分，同时与其它潜在利用该营养成分的对象展开竞争。竞争的结果就是建立了不同物种（♀）和营养成分（♂）的稳定婚姻，具体表现形式就是稳定的菌群群落结构。

群落组装养分偏爱预测模型稳定婚姻问题群落生态学

植物菌群研究中的群落生态学

Trends in Plant Science上发表的一篇文章，强调了群落生态学在植物菌群研究中的重要性，分别对群落组装中的选择、传播、漂变、物种形成进行了介绍，并讨论了这些因素对植物菌群的影响。

植物菌群群落生态学 community assembly dispersal diversification

COB：利用生态学理论指导菌群调节（综述）

这是系统性论述利用益生菌、粪菌移植等方法“调节”肠道菌群时可以利用哪些生态学理论来指导的重要综述，将传统生态学与微生态干预方法结合，有新意也有想象空间，推荐专业人士特别关注。

益生菌群落生态学粪菌移植 Igor Iatsenko Igor Iatsenko

生态基因组学

JE：组学在群落生态学研究中的应用

这是一篇发表在Journal of Ecology[IF：5.813]的Editorial，虽然是Editorial，但页数很多，系统性介绍了各种组学工具如何应用于群落生态学研究，像是篇小综述，特别推荐。

生态基因组学宏基因组物种共存转录组群落生态学