转录组

肠道免疫

Science子刊：追踪肠道来源免疫细胞的全身迁移

肠道免疫细胞迁移研究论文基础研究淋巴组织

类器官

Cell子刊：常驻巨噬细胞有助于调节肠组织的代谢和生长

巨噬细胞在妊娠早期植入胚胎，但其在发育中的作用尚未明确。近日，麦吉尔大学研究人员在Cell Reports上发表最新研究，设计了一个巨噬细胞填充的肠道组织模型，发现常驻巨噬细胞有助于调节发育中的肠道的代谢和生长，值得关注。

类器官巨噬细胞研究论文基础研究人多能干细胞

昼夜节律

昼夜节律肝癌研究论文基础研究生物标志物

膳食果糖

上交大医学院Cell子刊：果糖究竟是促癌，还是抗癌？

越来越多的证据表明果糖摄入量与癌症发病率间存在关联，高果糖摄入会促进小鼠肝脏和结肠肿瘤的发生。近日，上海交通大学医学院邹强、孙加源、叶幼琼、上海交通大学医学院附属瑞金医院赵任等在Cell Metabolism发表最新研究，通过动物实验、临床样本联合多组学分析，发现膳食果糖可促进脂肪细胞源性瘦素信号转导，增强CD8+ T细胞的抗肿瘤功能。果糖-脂肪细胞瘦素-CD8+ T细胞轴是一条免疫内分泌通路，有助于T细胞介导的抗肿瘤免疫应答，值得关注。

膳食果糖抗肿瘤免疫研究论文基础研究脂肪细胞

脯氨酸

钟超Nature子刊：脯氨酸激活一种免疫细胞，维持肠道稳态

代谢调节是先天淋巴细胞正常运作不可或缺的一部分，但其潜在机制仍然难以捉摸。近日，北京大学钟超及团队在Nature Metabolism发表最新研究，通过动物实验结合转录组和代谢组，发现通过饮食限制或淋巴组织诱导细胞（LTi，一类ILC3亚群）中脯氨酸转运蛋白Slc6a7的缺失，破坏外源性脯氨酸摄取，会损害LTi活化并加重右旋糖酐硫酸钠诱导的小鼠结肠炎。总之，该研究揭示了脯氨酸在促进LTi激活并最终促进肠道稳态中的作用，值得关注。

脯氨酸肠道稳态研究论文基础研究转录组

新冠病毒感染

国内团队：孕早期新冠感染，或无大碍

孕早期病毒性感染对胎儿的潜在危害备受关注，因此许多女性在孕早期感染新冠病毒后会选择终止妊娠。本研究基于这部分终止妊娠的胎盘滋养层细胞进行转录组测序分析，并未发现滋养层细胞功能受损。虽然本研究样本量比较小，但是在一定程度上提示了孕早期新冠病毒的感染可能并没有想象中的危害那么大。本研究结论还需进一步研究证实。

新冠病毒感染研究论文孕早期病毒感染滋养层细胞

母乳

母乳miRNA谱与婴儿生长存在关联

母亲饮食影响乳汁成分，但关于母亲饮食影响乳汁miRNA表达的信息很少，并且母乳miRNA与母亲饮食和乳汁微生物群的关联尚未被揭示。本研究基于此进行了探索，发现了一些有趣通路，或许对未来指导新生儿的喂养具有重要的作用。

母乳母亲转录组 miRNA谱膳食结构

基因突变

血液干细胞突变或加速大肠癌进展？

克隆性造血作用被定义为在没有被诊断为血液恶性肿瘤时所出现突变的造血干细胞克隆扩增，包括结肠癌在内的实体瘤患者机体中克隆性造血的出现往往与患者较短的生存期有关。近日，佛罗里达大学医学院研究人员在Journal of Experimental Medicine发表最新研究，通过动物实验探究了血液系统中常见与年龄相关的改变是如何促使特定的结肠癌生长更快的，发现骨髓干细胞中的Dnmt3a基因可能通过多种机制对结肠癌发生产生深远影响，其中一些机制或能作为治疗性靶点，值得关注。

基因突变造血干细胞研究论文基础研究组织病理学

免疫系统

中国农大：蜜蜂通过调节免疫系统，维持宿主特异的肠道共生菌

大部分动物都有肠道共生菌，并普遍存在宿主特异性，系统解析这种紧密共生关系的形成机制，是理解动物共生肠道微生态系统的建成和维持的关键。近日，中国农业大学的周欣、罗诗琦及团队在PNAS发表最新研究，揭示了蜜蜂的免疫系统可在更精细的层面识别近缘的异源菌株，并仅针对异源菌株调用免疫反应，以维持宿主与自身的原生肠道共生菌间的紧密共生关系，值得关注。

免疫系统肠道共生菌研究论文基础研究宿主特异性

滞育

国内团队Cell子刊：滞育样CRC细胞具有低增殖和化疗不敏感特点

滞育最初是在无脊椎动物和哺乳动物胚胎中观察到的现象，其允许暂停发育和重新激活，以响应营养可用性。最近研究显示，肿瘤细胞在治疗药物作用下也会表现出类似状态，从而降低肿瘤细胞死亡率。近日，中国科学技术大学刘连新、郑州大学医学科学院吴缅及团队在Cell Metabolism发表最新研究，通过一系列实验和验证，发现SMC4表达下调会诱导结直肠癌滞育样癌细胞呈现低增殖和对化疗不敏感的特点。总之，本研究为非遗传性化疗耐药机制提供了新的见解，值得关注。

滞育化疗研究论文基础研究转录组

儿童特应性皮炎

非特应性皮炎儿童的早期免疫发育

本研究通过病例对照研究设计，挖掘了非特应性儿童的RNA转录组变化特征，并分析了影响转录特征的潜在因素，揭示了生命早期暴露组对特应性皮炎的影响，为进一步制订有针对性的特应性皮炎防治策略提供科学依据。

儿童特应性皮炎研究论文转录组差异基因暴露组学

唾液酸化

汕头大学：过度唾液酸化或促肠炎

α2, 6-唾液酸化由α2, 6-唾液酸转移酶（ST6GAL1）催化，在免疫反应中起关键作用。然而，尚不清楚ST6GAL1对溃疡性结肠炎（UC）发病的作用机制。近日，汕头大学李文哲及团队在Advanced Science发表最新研究，通过动物实验探索了α2, 6-唾液酸化和CD4+ T细胞活化间的相互作用，发现过度唾液酸化或会影响免疫反应和肠道炎症，其中ST6GAL1表达减少会下调NF-κB的表达，减少促炎细胞因子的产生，从而缓解UC发病，值得关注。

唾液酸化肠道炎症研究论文基础研究基因敲除

食草动物

Nature子刊：全球草食性真菌生物群落的模式和决定因素

厌氧肠道真菌（AGF）在宿主营养中发挥着重要作用，但目前对食草动物肠道微生物组AGF特征的了解仍然很少。近日，美国俄克拉荷马州立大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，为研究AGF多样性的全球模式和决定因素，分析了来自6大洲的34种哺乳动物的661个粪便样本的扩增子数据集，共识别到56个新属，极大地扩展了厌氧肠道真菌的多样性，并提供了一个基于生态学和进化的模型来解释在现存动物宿主中观察到的AGF多样性模式，值得关注。

食草动物肠道真菌研究论文基础研究系统发育

肠道生物钟

国内团队：肠道时钟可重编程节律性肝脏代谢

生物钟是一种进化上保守的内在计时系统，它在行为和生理学上产生约24小时的节律，使生物体能够预测环境中由地球自转施加的昼夜变化。近日，广州中医药大学吴宝剑、深圳市人民医院Kaisheng Liu、郑州大学杨晶和秦子飞及团队在Journal of Hepatology发表最新研究，通过动物实验确立了肠道时钟在外周组织时钟中的中心地位，并将肝脏相关病理与肠时钟的故障联系起来，值得关注。

肠道生物钟肝脏代谢研究论文基础研究转录组

单细胞RNA测序

Nature子刊：新型单细胞RNA测序或可助力预测细菌毒素？

克隆细菌种群依赖于单个细胞间的转录变异来产生特殊的状态，从而增加适应性。要了解所有的细胞状态，就需要在单细胞水平上研究等基因细菌种群。近日，哈佛大学、普林斯顿大学等研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，利用DNA探针库和现有商业微流体平台开发了一种基于探针的细菌单细胞RNA测序方法（ProBac-seq），发现细菌群落中基因相同的细胞（如产气荚膜梭菌）具有不同的功能，一些成员表现得更温顺，而另一些成员则会产生毒素，值得关注。

单细胞RNA测序细菌毒素研究论文基础研究方法技术

周围神经病变

肥胖周围神经病变小鼠的肠道菌群与神经脂质组、转录组的关联

周围神经病变 (PN) 是肥胖、前驱糖尿病及2型糖尿病的常见并发症，但其发病机制尚不明确。高脂饮食（HFD）肥胖小鼠模型中饮食由HFD到低脂标准饮食 (SD) 的饮食逆转 (HFD-R) 可以挽救PN表型，但其对肠道菌群的影响尚未研究。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，通过研究SD、HFD和HFD-R小鼠的肠道菌群，并分析膳食脂肪含量、肠道菌群群落结构、血浆和坐骨神经脂质组、神经转录组和PN表型之间的相关性，本研究有助于深入了解PN中肠道-菌群-外周神经系统特征。

周围神经病变肠道菌群肥胖脂质转录组

肠-脑轴

谢鹏+郑鹏：肠道菌群影响小胶质细胞亚型的转化

大量研究表明，肠道菌群紊乱可以通过菌群-肠道-脑轴影响神经的功能和行为，并与多种脑疾病的发病机制有关，然而，肠道菌群如何调节神经系统活动尚不清楚。近日，重庆医科大学谢鹏和郑鹏团队，在Molecular Psychiatry上发表文章，发现肠道菌群显著影响小胶质细胞及其亚型单细胞水平的转录变化，并为了解阿尔茨海默病和重度抑郁症的发病机制带来新的见解。

肠-脑轴肠道菌群小胶质细胞阿尔茨海默病重度抑郁症

太空环境

刘文俊+刘文君等：暴露于太空环境或会促进益生菌产生荚膜多糖？

太空环境具有强辐射、微重力和超真空的特点，是比其他单一条件更具有诱变性的环境。虽然太空环境极端复杂，但微生物普遍表现出较高的遗传和表型适应性。因此，将微生物暴露在太空中可以产生具有新颖和理想性质的微生物。2020年5月5日，新一代载人飞船试验船发射成功（远地点为7970公里），其中，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室联合华润江中，搭载鼠李糖乳杆菌Probio-M9随飞行任务至太空参与相关试验，希望经过太空的微重力、高能粒子辐射等复杂环境诱导，产生性状更加优良的益生菌菌株。近日，内蒙古农业大学张和平团队刘文俊、华润江中刘文君及团队在Microbiology spectrum发表了相关研究成果，发现暴露在太空中的部分Probio-M9菌株wze (ywqD)基因会突变，产生荚膜多糖（具有潜在的营养价值和生物活性），并可以稳定遗传。总之，该研究表明空间诱变是一种很有前途的诱导益生菌稳定变化的策略，值得关注。

太空环境鼠李糖乳杆菌Probio-M9 研究论文基础研究荚膜多糖

时间限制性饮食

Cell子刊：限时进食如何影响机体的基因表达？

时间限制饮食（TRF）是具有周期性的喂养和禁食的饮食策略，在动物和人类中都报道具有多效性的健康益处，但TRF带来益处的分子基础尚不清楚。Cell Metabolism近期发表的文章，探究了TRF对22个器官以及脑区基因表达的影响。TRF下，大多数组织中的节律性基因表达增加。TRF诱导的喂养-禁食周期导致合成代谢和分解代谢基因的阶段整合，提高代谢灵活性，并导致营养代谢在多个组织中改变。

时间限制性饮食转录组多器官

柑普茶

国内团队：抗肥胖普洱茶又添新成员

柑普茶是一种用广东新会大红柑或小青柑和云南西双版纳勐海县普洱茶为原料制作而成的一种茶，属于普洱茶的一种。柑普茶可以通过调节肠道菌群减重。然而，柑普茶调节肥胖的机制尚不清楚。近日，来自湖南大学和湖南省农业科学院的团队在Food Chemistry上发表研究成果，从肠道菌群、代谢组和转录组的角度探讨了柑普茶改善高脂饮食诱导小鼠肥胖的潜在机制。柑普茶未来或可用作预防或治疗肥胖的健康饮品。

柑普茶肥胖研究论文基础研究微生物组

长寿浆细胞

清华大学Nature子刊：不同来源、亚型的长寿浆细胞类群有何特征？

长寿浆细胞（LLPCs）是一种存在骨髓里的高度特异性的抗体分泌细胞，可为机体提供较强的抗体保护，是体液免疫记忆的重要组成部分。目前，由于LLPCs数量稀少且缺乏已知的表面分子标记，人们对其认识仍非常有限。近日，清华大学祁海、王建斌及团队在Nature Immunology发表最新研究，通过对小鼠脾脏、骨髓浆细胞进行转录组与抗体分子层面的单细胞测序，发现不同LLPCs有不同的分子标记，提示其分化路径具有多元化。此外，不同浆细胞类群的抗体分子也有着不同特征，IgG型、部分IgA型LLPCs可被外源抗原免疫、病毒感染诱导，其抗体分子含高频体细胞超突变，而IgM型LLPCs缺乏体细胞超突变，可在无T细胞小鼠中正常产生，提示其生成并不依赖生发中心反应。总之，该研究有助于未来研究人员针对自身免疫疾病开发出靶向浆细胞的精准疗法，值得关注。

长寿浆细胞免疫-菌群互作研究论文基础研究单细胞测序

炎症性肠病(IBD)

早期预测炎症性肠病anti-TNF治疗是否成功，可行！

IBD患者中，使用肿瘤坏死因子α（TNFα）拮抗剂治疗的原发性无应答率高达40%，目前还没有能够早期预测治疗成功的生物标志物。Genome Medicine近期发表的文章，对首次接受英夫利昔单抗治疗的IBD病人进行多时间点的血液采集，并进行RNAseq和基因组甲基化分析。基线时期没有发现可用于预测治疗结果的特征，而第2周DNA甲基化变化顺式相关的差异表达基因的特征，可作为治疗结果的预测因子。

炎症性肠病(IBD) 早期血液预测因子 DNA甲基化转录组

肥胖

中国农业科学院：肠道黏膜菌群失调或可导致肥胖相关代谢紊乱

代谢综合征是世界范围内最常见的死亡原因，而肥胖是代谢综合征的主要危险因素。由于从人体收集肠道样本的相关挑战，肥胖症和肠黏膜相关菌群之间的联系尚不清楚。来自中国农业科学院农业基因组研究所李奎和北京畜牧兽医研究所侯绍华等人发表在Microbiology Spectrum上的一项以五指山小型猪为对象的研究表明，沿着整个消化道的黏膜菌群的生态失调在宿主-微生物代谢轴中的促炎反应中起着关键作用，或可导致代谢综合征模型中的肥胖和相关代谢紊乱。

肥胖肠道黏膜菌群转录组相关性分析

结直肠癌

国内团队：环指蛋白138或能调控结直肠癌的发生和发展

结直肠癌（CRC）是发生于结直肠内的恶性肿瘤，往往源于持续的炎症反应，治疗不及时会发生远处的转移，缩短患者的正常生存周期。研究发现，环指蛋白138（RNF138）的缺失会促进肠炎到肠癌的转换及进展，但其相关机制仍需探究。近日，中国医学科学院赵宏、宋伟、刘长征及团队在Signal Transduction and Targeted Therapy发表最新研究，通过细胞、动物实验、转录组和多种生化实验，发现RNF138缺失时NF-κB信号转导会被异常激活，机制上，RNF138通过NIBP抑制NF-κB信号并不依赖于泛素连接酶活性。总之，该研究为未来CRC治疗中靶向NF-κB信号通路提供了新策略。

结直肠癌环指蛋白138 研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

宿主-菌群互作

Nature子刊：宿主转录组+肠道菌群，鉴别不同肠道疾病的特性和共性

肠道菌群和宿主基因调控都可参与胃肠道疾病的发生发展，但尚不清楚这二者如何互作以影响宿主疾病。Nature Microbiology近期发表的一项研究，建立了一个用于整合多组学高维数据集的机器学习框架，并用该方法在三种肠道疾病中，鉴定了疾病间特有和共有的宿主基因-微生物组关联，为进一步研究菌群影响疾病的机理提供了新线索。

宿主-菌群互作多组学转录组肠道菌群

多组学

Nature Reviews：多组学助力IBD研究（综述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表的综述文章，概述了有助于理解IBD风险因素和途径的组学平台，以及关于IBD和其他相关疾病的现有组学数据，同时强调了出生、高危和诊断前队列以及新生儿血样在IBD的组学分析中的重要性。最后，文章还讨论了网络分析作为一个强大的生物信息学工具，可以汇集高通量数据并得出临床相关性。

多组学 IBD 蛋白组学基因组学转录组

阴道菌群研究论文惰性乳酸杆菌转录组

Genome Medicine上发表的一项最新研究结果，对前列腺癌患者的肿瘤微环境中的菌群进行了全转录组分析，发现肿瘤菌群与特定信号通路、免疫细胞浸润及前列腺癌的进展相关。

肿瘤菌群研究论文基础研究前列腺癌转录组

炎症性肠病

Nature子刊：IBD转录组和宏转录组meta分析平台

Nature Computational Science近期发表文章，介绍了一个用于炎症性肠病（IBD）转录组和宏转录组荟萃分析的平台，可用于相关研究的数据挖掘。

炎症性肠病数据库 Computational platforms and environments INFLAMMATORY BOWEL DISEASE RNA sequencing

菌群成像

Science：单菌水平的菌群空间转录组成像

细菌在群落中的状态是异质性的，存在时间和空间上的动态变化。Science近期发表的一篇方法学文章，介绍了一种高通量的细菌空间转录组成像方法——par-seqFISH（并行序贯荧光原位杂交），能对同种细菌（甚至多种细菌）在浮游和生物膜形式下的基因表达和细胞参数（细菌大小等）进行大规模分析，以揭示细菌群落的状态和功能的时空动态和异质性，或能在菌群研究中发挥重要作用。

菌群成像转录组