DNA甲基化

产前环境污染物暴露研究论文 DNA甲基化全氟和多氟烷基物质

微小微单胞菌是一种口腔条件致病菌，常见于牙周炎等口腔疾病。近年来基于生物信息学的分析显示CRC患者粪便中微小微单胞菌丰度显著高于健康人群。近日，巴黎第十二大学研究人员在Gut Microbes发表最新研究，发现口腔病原体微小微单胞菌的进化型A与CRC强相关，其特征在于溶血能力和粘附特性，能够定植于结肠粘膜并诱导DNA甲基化改变，可能会诱导细胞迁移、增强侵袭和/或转移事件，从而影响肿瘤的侵袭性，为癌发生创造适当的基础，值得关注。

微小微单胞菌结肠癌（CRC）研究论文基础研究进化分型

胰腺癌

用DNA甲基化特征，准确区分胰腺癌和慢性胰腺炎

目前，约三分之一的胰腺导管腺癌（PDAC）病例与慢性胰腺炎（CP）的鉴别不准确。然而，这两种疾病的错误诊断都会给患者带来严重后果。Gut近期发表的文章，综合分析345个组织样本的DNA甲基化、mRNA和microRNA表达的基因组变异，构建机器学习模型，提取出DNA甲基化特征可高效区分PDAC和CP。例如一种6个甲基化特征的组合可实现100%的诊断准确性，而且该甲基化特征在组织和血浆循环游离DNA中都存在，即使用液体活检有可能进行非侵入性诊断。

胰腺癌慢性胰腺炎 DNA甲基化

表观遗传

母亲不良的童年经历影响新生儿DNA甲基化

有观点认为，个体在一生中患精神障碍的风险，在其个体出生前（在子宫内）)就已形成，但有可能更早，可追溯到其母亲自己的童年时期经历。本研究通过队列研究数据证实了这个假说。

表观遗传研究论文儿童逆境经历 DNA甲基化

粪便菌群移植 (FMT)

FMT影响NAFLD患者肝脏DNA甲基化

患有非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者不仅肠道菌群发生变化，并且肝脏DNA甲基化可能发生改变。Gut Microbes最新研究性文章通过粪菌移植实验，揭示研究肠道菌群组成的变化与NAFLD中肝脏DNA甲基化改变是否有关。

粪便菌群移植 (FMT) DNA甲基化研究论文基础研究非酒精性脂肪肝病（NAFLD）

粪菌移植

国内团队：粪菌移植如何影响系统性红斑狼疮患者的甲基化水平

系统性红斑狼疮（SLE）是一种高度异质性的自身免疫性疾病，其特征是全身多器官损害并伴有自身抗体的过度产生。肠道菌群多样性减少和稳态失调被认为与SLE的发病机制有关。已有临床试验证实粪便微生物群抑制（FMT）可以安全有效治疗SLE，但具体机制尚不明确。中国医学科学院北京协和医学院皮肤病研究所赵明、陆前进及团队近日在Journal of Autoimmunity发表文章，阐明了SLE患者FMT后甲基化组的变化情况，探讨了FMT中菌群-代谢物-甲基化之间的关系，揭示了FMT恢复异常低甲基化而治疗SLE的潜在可能。

粪菌移植系统性红斑狼疮表观遗传 DNA甲基化

克罗恩病（CD）

中山大学：氧化应激基因表达、DNA甲基化和肠道菌群相互作用诱发克罗恩病

氧化应激（OS）是克罗恩病（CD）的一个重要病理生理机制。OS相关基因可能受到环境因素、肠道炎症、肠道微生物群和表观遗传变化的影响。中山大学的冯瑞、陈旻湖和Hu Shixian合作在BMC Medicine发表文章，使用一种基于多组学汇总数据的孟德尔随机化（SMR）方法来确定CD中OS基因的假定因果效应和潜在机制。结果显示，导致CD的OS基因受DNA甲基化和宿主-微生物群相互作用的调节。这为开发合适的治疗干预措施和疾病预防的靶向功能研究提供了参考。

克罗恩病（CD）氧化应激基因 DNA甲基化肠道菌群

早发结直肠癌

国内团队Cell子刊：用多组学方法区分早发性大肠癌的分子特征和分类

结直肠癌是全球最常见的消化系统恶性肿瘤之一，多种因素均影响早发和晚发（50岁以上）结直肠癌的发生。因此，提前明确早发结直肠癌特定环境风险因素、探明发病年龄异质相关的分子事件及生物标志，可为结直肠癌的精准诊疗和人群预防提供科学证据。近日，南京医科大学王美林及团队在Cell Reports Medicine发表最新研究，通过多组学分析和人群异质性比较，解析了中国人群早发结直肠癌的组学特征及肿瘤免疫表型与人群风险评估的生物标志。为未来深入探讨早发结直肠癌的致病机理、精准药物开发和诊疗提供了重要指导，值得关注。

早发结直肠癌多组学分析研究论文基础研究肿瘤突变负荷

衰老

Nature子刊：长期热量限制或减缓衰老速度

老年科学假说提出，减缓或逆转衰老过程中发生的分子变化可延缓或预防多种慢性疾病，并延长健康寿命。热量限制（CR）是减少热量的摄入，可导致与衰老相关的分子过程发生变化，包括DNA甲基化（DNAm），并认为可增加多个物种的健康寿命。Nature Aging近期发表的文章，报道了CALERIE 2期随机对照试验研究的结果，发现热量限制影响了DNAm状态，DunedinPACE DNAm算法显示CALERIE干预减缓了衰老的速度，这支持了老年科学假说。

衰老热量限制 DNA甲基化

结直肠癌

TET1和TDG调控DNA甲基化，抑制肠道肿瘤炎症反应

结直肠癌中常见异常的DNA甲基化。Gastroenterology近期发表的文章，发现了TET1-TDG通过介导DNA去甲基化降低基因组的甲基化水平以及炎症/干扰素/免疫反应。结直肠癌的CpG岛甲基化表型是由甲基化活性超过去甲基化活性的失衡诱导。

结直肠癌 DNA甲基化

生育力

不孕女性脂肪酸含量与生育力或有关联

本研究通过对体外受精女性血清和卵泡液中的各种脂肪酸含量，以及全血中DNA甲基化的检测，发现其与BMI、卵母细胞数量、临床妊娠结局等参数存在关联。未来的研究或许可进一步寻找女性生育力的关键分子标志物。

生育力研究论文脂肪酸 DNA甲基化辅助生殖

炎症性肠病(IBD)

早期预测炎症性肠病anti-TNF治疗是否成功，可行！

IBD患者中，使用肿瘤坏死因子α（TNFα）拮抗剂治疗的原发性无应答率高达40%，目前还没有能够早期预测治疗成功的生物标志物。Genome Medicine近期发表的文章，对首次接受英夫利昔单抗治疗的IBD病人进行多时间点的血液采集，并进行RNAseq和基因组甲基化分析。基线时期没有发现可用于预测治疗结果的特征，而第2周DNA甲基化变化顺式相关的差异表达基因的特征，可作为治疗结果的预测因子。

炎症性肠病(IBD) 早期血液预测因子 DNA甲基化转录组

膳食血糖指数

孕期饮食或通过表观遗传影响后代健康

本研究从2003对母婴对中挖掘出了与母亲孕期饮食血糖指数相关的脐带血甲基化位点，这些位点均在超重/肥胖的母亲中关联更加密切。虽然没有发现特定生物学途径的富集，但三个 CpG 与 PCED1B、PCDHG、TFAP4、ZNF500、PPL、ANKS3等的表达相关，因此可能具有功能效应。未来需要进一步确认其中的生物学机制。

膳食血糖指数研究论文母婴 DNA甲基化脐带血

孕期饮食

Nature子刊：孕期饮食很重要，影响2代小鼠健康

既往诸多流行病学证据表明孕期不健康/高脂饮食可能对胎儿的健康造成影响。但是其中的机制并不清楚。本研究通过动物实验，证明了孕期的高脂饮食可能通过改变表观遗传组从而对后代健康造成影响。

孕期饮食研究论文表观遗传 DNA甲基化

DNA甲基化

中山六院：CD8+ TIL的DNA甲基化可用于评估结直肠癌患者的预后

肿瘤浸润淋巴细胞（TIL），尤其是CD8+ TIL可用于预测肿瘤患者对免疫治疗的应答及预后，但目前仍需要依赖于组织病理学分析。中山大学附属第六医院的骆衍新团队及Huichuan Yu团队在Journal for ImmunoTherapy of Cancer上发表的一项最新研究，发现基于CD8+ TIL的DNA甲基化特征，可很好地反映CD8+ TIL的数量及CD8B基因的表达水平，并可用于预测结直肠癌患者的预后。另外，CD8+ TIL的DNA甲基化特征还与微卫星稳定性相关，同时也可能用于预测肺癌、宫颈癌、乳腺癌患者的预后。

DNA甲基化研究论文肿瘤浸润淋巴细胞结直肠癌预后标志物

结直肠癌

国内团队：ColonAiQ可用于大肠癌早期检测和复发预测

复旦大学的蔡国响、鹍远基因的刘蕊、南方医科大学的梁莉和复旦大学附属中山医院的周平红与团队在Gastroenterology发表文章，首次开发出整合6种结直肠癌甲基化标志物的血样qPCR检测系统，用于检测结直肠癌、腺瘤的早期诊断，其检测效果优于目前的筛查方案。而且，ColonAiQ可用于监测结直肠癌患者肿瘤切除后的疾病进展。此外，ColonAiQ分析是一种简单的基于血液的单反应流程，能够在临床上轻松实施，或可降低大肠癌的发病率和死亡率。

结直肠癌血液 DNA甲基化肿瘤早期检测肿瘤早期复发

结直肠癌

Braf突变如何促进老年群体发生肠癌

无蒂锯齿状病变（SSL）可发展为肠癌，在各年龄段患者中都可能发生，而从SSL发展而来的Braf突变型结直肠癌仅发生在老年人中，且异常的DNA甲基化在年轻患者的SSL中并不常见，那么衰老、DNA甲基化和BRAF突变在SSL的癌变过程中有什么样的关系？Gut近期发表的文章，发现Braf突变诱导的肿瘤转化与年龄有关。随着年龄增加，年龄相关的分子改变积累在肠道，如DNA甲基化，Braf突变加剧这种积累，导致肿瘤转化。研究提示，对表观基因组进行监测和化学预防策略或可用于防治结直肠癌。

结直肠癌无柄型锯齿状病变（SSL） BRAF突变 DNA甲基化衰老

DNA甲基化

Nature子刊：咖啡和茶如何影响DNA甲基化

Nature Communications上发表的一项荟萃分析结果，总结了15项队列（近1.6万名受试者）的数据后发现，咖啡摄入与多个甲基化位点相关，可能影响多个基因的表达，包括肝脏脂代谢及脂肪肝风险相关基因，提示咖啡摄入可能通过调节DNA甲基化影响特定疾病的风险。

DNA甲基化荟萃分析咖啡茶表观遗传调控

环境污染物

浙江大学：纳米二氧化硅诱导小鼠的DNA甲基化变化，并具有潜在致癌风险

纳米材料在食品工业中的广泛应用引起了对其潜在健康风险的关注。然而，对纳米材料在表观遗传水平的生物安全性研究较少。浙江大学的范骁辉团队在ACS Nano上发表的一项最新研究，发现亚急性（28天）或慢性（84天）的食品级二氧化硅（SAS）——包括沉淀二氧化硅（S200）及气相二氧化硅（A200F）暴露，可导致小鼠的全基因组DNA甲基化水平发生显著改变，且可能作用于不同信号通路以发挥潜在的致癌作用。

环境污染物研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）二氧化硅

生活方式干预

8周的饮食+生活方式干预，可能年轻3岁？

Aging上发表的一项随机对照临床试验结果，在38名中老年受试者中进行8周干预后发现，相比于不接受任何生活方式干预的受试者，基于饮食+睡眠+运动+放松指导（植物性饮食为主、限制碳水化合物摄入、轻度间歇性禁食、每天至少30分钟+每周至少5天的锻炼、每晚至少睡7小时、每天2次呼吸练习等）的生活方式干预，可显著降低受试者的表观遗传年龄（基于全基因组DNA甲基化进行计算）超过3年。

生活方式干预研究论文随机对照临床试验医学研究表观遗传年龄

纳米孔测序

Nature子刊：房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法，助力菌群研究

美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章，从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集，并开发了一种名nanodisco（https://github.com/fanglab/nanodisco）的新方法，利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序，并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。

纳米孔测序 DNA甲基化 PacBio测序宏基因组组装可移动原件

表观遗传调控

结直肠癌及IBD中的表观遗传调控机制（综述）

PRC2介导的组蛋白3的27位赖氨酸的三甲基化（H3K27me3）及DNA甲基化在结直肠癌及其它疾病中发挥了重要调控作用。来自Gastroenterology上发表的一篇综述文章，详细介绍了各类表观遗传修饰之间的互作及其与胃肠道发育、稳态及疾病的关联，并讨论了H3K27me3与DNA甲基化的平衡相关的表观遗传调控机制及其在胃肠道癌症中的作用，最后综述了表观遗传调控在IBD发病机制中的作用。

表观遗传调控综述 DNA甲基化组蛋白甲基化结直肠癌

铅暴露

孕期铅暴露影响新生儿表观遗传学

本研究通过队列研究样本的分析，发现孕期铅暴露水平与新生儿脐带血中DNA甲基化水平存在关联，且与某些部位CpG的关联可能是造成疾病的某些潜在生物学机制。本研究为进一步揭示孕期铅暴露对新生儿的影响提供新的技术手段。

铅暴露研究论文新生儿脐带血 DNA甲基化

液体活检

国内团队：ctDNA甲基化检测或可用于大肠癌诊断及术后监测

来自温州医科大学的丁春明团队、金胜男团队及温州医科大学附属第一医院的徐昶团队在PNAS上发表的一项最新研究，开发了一种利用qPCR定量分析DNA甲基化的ctDNA检测方法，能够以超过80%的灵敏度及特异性诊断结直肠癌，并可有效地预测患者的术后复发。

液体活检研究论文基础研究结肠癌生物标志物

直结肠癌

肠道表观遗传老化具有人种差异

不同人种间结直肠癌发病年龄具有差异。Journal of the National Cancer Institute近期发表研究，显示左右结肠的表冠遗传老化速度并不同步，而且这一非同步性具有人种差异，非裔美国人的右半结肠有更快的表冠遗传老化速度，或许与该人群结肠癌发病早、右半结肠肿瘤形成相关。

直结肠癌表关遗传研究论文基础研究 DNA甲基化

胃肠道癌症

新兴的消化道癌症标志物——表观遗传改变（综述）

表观遗传改变已成为强大的癌症生物标志物，并成为越来越多癌症筛查和监测的临床试验基础。最新发表在Gastroenterology的综述总结了胃肠道中的表观遗传改变及其作为生物标志物在癌症诊断、检测、预后、预测等方面的应用。

胃肠道癌症综述医学研究基础研究 DNA甲基化

肠上皮

Nature Reviews：决定肠上皮细胞类型和对菌群反应的转录调控机制（综述）

肠上皮包含不同类型的细胞，并能对菌群等信号作出响应，这在一定程度上是取决于不同层面的基因转录调控。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表的重磅综述，主要从DNA甲基化、染色质可及性、组蛋白修饰和转录因子这4个层面，总结了参与肠上皮细胞特化和对菌群应答的转录调控机制，干货很多，值得专业人士参考。

肠上皮转录调控 DNA甲基化染色质景观组蛋白修饰

结肠癌

Cell：基因组大规模拓扑改变抑制大肠癌恶性进展

尽管已发现癌细胞中DNA甲基化和染色体发生广泛改变，但高阶染色体结构如何改变仍不明确。最新发表在Cell的研究通过对结直肠癌细胞基因组拓扑结构、表观遗传学和转录特征的综合分析，发现大量的基因组隔室重组与肿瘤抑制相关。

结肠癌 genome topology chromatin DNA methylation colon cancer

IBD

血液CD8+ T细胞的转录谱及DNA甲基化谱与IBD预后无关

有研究报道，CD8+ T细胞的基因表达谱与成年IBD患者的临床结局相关。来自Gastroenterology上发表的一项队列研究结果，对112名IBD患儿及19名健康儿童的外周血CD8+ T细胞的转录谱及DNA甲基化谱进行对比，同时对2个已公开发表的成人队列的数据进行分析。结果发现，在其中2个队列（包括儿童队列）中得到的结果与先前的报道并不一致，CD8+ T细胞的转录谱与IBD预后无关。而在所有队列中，均可发现CD8+ T细胞的转录谱与年龄、性别及IBD相关。另外，在儿童队列中，CD8+ T细胞的DNA甲基化谱与克罗恩病患儿的年龄相关。

IBD CD8+ T细胞研究论文基础研究 DNA甲基化

结直肠癌

黃子雋、于君等：KRAS突变大肠癌患者或可获益于SLC25A22抑制

KRAS突变体促进谷氨酰胺分解，这一过程利用三羧基循环的步骤，通过谷氨酰胺酶和溶质载体家族25成员22（SLC25A22），将谷氨酰胺转化为α-酮戊二酸和其他分子。这导致细胞中去甲基化酶抑制和表观遗传改变，从而增加细胞增殖和干细胞特征。来自香港中文大学的黃子雋和于君与团队最新发表在Gastroenterology的研究，探究了突变KRAS介导的谷氨酰胺分解是否影响结直肠癌（CRC）细胞的表观基因组和活性。该研究发现，在KRAS突变的CRC中，SLC25A22可促进琥珀酸盐的积累，导致甲基化、WNT/β-catenin信号、LGR5表达、细胞增殖和干细胞特性的增加，以及对5-氟二氧嘧啶的抵抗。阻断这一途径的策略或可用于CRC的治疗。

结直肠癌癌细胞干性 DNA甲基化 H3K4me3 WNT/β-catenin通路