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PacBio测序
文章数:3篇
人类肠道病毒组
于君团队:人肠道病毒组超深度测序,发现1058种新病毒
缺少病毒参考基因组是病毒组研究面临的一大挑战。香港中文大学于君团队近期在Gastroenterology发表研究,通过改良病毒DNA提取,结合基于三代和二代测序的超深度宏基因组测序,以及配套的生信分析流程,从健康人粪便中解析出1058种基因组完整的新病毒,并对这些病毒基因组进行了多角度分析。这些发现可助力疾病诊断、扩充病毒参考基因组,为进一步开展病毒组研究作出贡献。
人类肠道病毒组
三代测序
PacBio测序
超深度宏基因组测序
诊断标志物
长读长
Strainberry:使用长读长在低复杂度宏基因组中自动分离菌株
该研究,作者提出了一种使用易错配的长读长技术在低复杂度宏基因组中执行菌株分离的方法。其利用最先进的工具进行变体识别、单倍型定相和基因组组装,作者提出了一个名为 Strainberry 的自动化流程。它以比其他最先进的长读长组装工具更高的质量实现了菌株的单样本组装。Strainberry 结合了忽视菌株的组装程序,精心使用了长读长变体识别和单体型工具,然后是一个执行长读长宏基因组scaffolding的组件。作者在合成群落和真实样本上测试,结果表明其对现有长读长宏基因组样本的重新分析揭示了未表征的菌株。作者预计这项工作将成为在更复杂的环境中进一步改进菌株水平的宏基因组组装方法的起点。
长读长
宏基因组组装
菌株分离
细菌群落
N50
纳米孔测序
Nature子刊:房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法,助力菌群研究
美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章,从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集,并开发了一种名nanodisco(https://github.com/fanglab/nanodisco)的新方法,利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序,并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。
纳米孔测序
DNA甲基化
PacBio测序
宏基因组组装
可移动原件