超深度宏基因组测序

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超深度宏基因组测序

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人类肠道微生物组

Cell：超深度测序揭示出原始部落中惊人的肠道微生物多样性

目前的人类微生物组研究中，大部分数据都来自工业化人群，而对非工业化人群的微生物组所知有限。Cell最新发表了来自斯坦福大学Sonnenburg团队的研究，对351份坦桑尼亚哈扎人（Hadza）的粪便样本进行了难得的超深度测序，获得了迄今最大规模的狩猎采集者肠道微生物组测序数据，极大扩充了对人类肠道微生物组多样性的认知。通过对这些数据进行深入分析，该研究探究了哈扎人的肠道微生物组特征、微生物复制率和人际间的菌株共享规律等方面，并与其他生活方式人群进行了对比，鉴定出与生活方式（工业化vs非工业化）有关的肠道物种及其功能特征和差异。该研究显示了超深度测序在研究人类微生物组方面的潜力，再次强调了伴随工业化进程而大量消失的肠道微生物多样性（哈扎人的平均肠道物种数为730，而加州人只有277），且工业化和非工业化人群中独有的肠道微生物类群在功能上并不冗余，可能反映了微生物对不同生活方式下的肠道环境的适应。该研究的所有数据和分析结果都免费公开，为人类肠道微生物组研究提供了宝贵资源，也为理解共生肠菌的生态学和演化提供了新信息。

人类肠道微生物组宏基因组工业化狩猎采集者超深度宏基因组测序

人类肠道病毒组

于君团队：人肠道病毒组超深度测序，发现1058种新病毒

缺少病毒参考基因组是病毒组研究面临的一大挑战。香港中文大学于君团队近期在Gastroenterology发表研究，通过改良病毒DNA提取，结合基于三代和二代测序的超深度宏基因组测序，以及配套的生信分析流程，从健康人粪便中解析出1058种基因组完整的新病毒，并对这些病毒基因组进行了多角度分析。这些发现可助力疾病诊断、扩充病毒参考基因组，为进一步开展病毒组研究作出贡献。

人类肠道病毒组三代测序 PacBio测序超深度宏基因组测序诊断标志物