工业化

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文章数：7篇

人类肠道微生物组

Cell：超深度测序揭示出原始部落中惊人的肠道微生物多样性

目前的人类微生物组研究中，大部分数据都来自工业化人群，而对非工业化人群的微生物组所知有限。Cell最新发表了来自斯坦福大学Sonnenburg团队的研究，对351份坦桑尼亚哈扎人（Hadza）的粪便样本进行了难得的超深度测序，获得了迄今最大规模的狩猎采集者肠道微生物组测序数据，极大扩充了对人类肠道微生物组多样性的认知。通过对这些数据进行深入分析，该研究探究了哈扎人的肠道微生物组特征、微生物复制率和人际间的菌株共享规律等方面，并与其他生活方式人群进行了对比，鉴定出与生活方式（工业化vs非工业化）有关的肠道物种及其功能特征和差异。该研究显示了超深度测序在研究人类微生物组方面的潜力，再次强调了伴随工业化进程而大量消失的肠道微生物多样性（哈扎人的平均肠道物种数为730，而加州人只有277），且工业化和非工业化人群中独有的肠道微生物类群在功能上并不冗余，可能反映了微生物对不同生活方式下的肠道环境的适应。该研究的所有数据和分析结果都免费公开，为人类肠道微生物组研究提供了宝贵资源，也为理解共生肠菌的生态学和演化提供了新信息。

人类肠道微生物组宏基因组工业化狩猎采集者超深度宏基因组测序

Science：让肠道菌群“返祖”一定有益健康吗？（观点）

工业化对人类的影响是深远的，肠道菌群的改变就是其中很重要的一个方面。很多研究显示，工业化带来的肠道菌群变化（如丧失了特定的微生物物种或功能），可能导致菌群与宿主之间的“不匹配”，从而促进了很多现代慢性疾病的发生发展。因此有观点认为，逆转工业化引起的菌群变化（让现代人的菌群恢复到祖先的状态）可能有益人类健康。但Science最新发表的一篇观点文章，从进化的角度对这一假设提出了不同看法，有兴趣的读者不妨仔细读读。

工业化肠道菌群进化

人类肠道菌群宏基因组测序中DNA提取和文库构建方法的验证和标准化

高通量测序菌群测量方法的验证和标准化是支持人类菌群研究及其工业化的必要条件。该研究旨在建立基于标准的解决方案，以提高基于宏基因组学的人类粪便样本菌群分析的准确性和可重复性。本研究中提供的经验证的DNA提取和文库构建方案和方法学指导，拓展了目前人类粪便菌群宏基因组分析的最佳实践。采纳本研究的实验方法和指南将提高基于宏基因组学的人类菌群研究的准确性和可比性，从而促进基于人类菌群产品的开发和商业化。

人类菌群宏基因组肠道菌群标准化准确性

Cell：工业化加速了人肠道菌群中的基因转移

工业化影响了人类肠道生态系统，改变了微生物的组成和多样性。细菌基因组是否也能适应宿主种群的工业化，目前尚不清楚。Cell最新发表的文章，通过对工业化和非工业化地区的15个人群的肠道细菌进行分析，发现基因的水平转移（HGT）在近几代宿主的肠道菌群中积累，发生频率很高，而且工业化的生活方式与较高的HGT比率有关。即肠道细菌在适应宿主生活方式的基础上不断获得新的功能，较高速率的HGT可能与人类历史中工业化发展有关。

肠道细菌基因水平转移工业化 human gut microbiome Industrialization

Science：工业化塑造的人类肠道菌群（综述）

在人类与肠道微生物共生的漫长历史中，工业化只是很短暂的一段时间，但是在这期间人类肠道菌群发生了巨大变化。这种变化改变了菌群的结构和功能，导致菌群组成多样性降低、发酵膳食纤维等代谢功能丧失，影响着菌群与人类间的相互作用。工业化对菌群和人类健康的影响还存在大量未知，但一些后果已在逐渐显现，比如许多慢性疾病的流行。Science上周发表了由斯坦福大学Sonnenburg教授夫妇俩合作撰写的长篇综述，探讨了工业化进程塑造下的肠道菌群及其对人类健康的潜在影响，分析了该如何保护甚至恢复菌群，从而维持人类与菌群的可持续关系。文章结尾呼吁大家，在关注人类肠道菌群健康的同时，应站在更大的生态视角上关注人类与自然的和谐，或许可以理解为菌群角度的“天人合一”吧。

工业化人肠道菌群菌群-宿主互作

人群肠道菌群结构

非洲农村地区人群的肠道菌群结构

Genome Biology上发表的一项最新研究，对博茨瓦纳和坦桑尼亚的农村地区人群的肠道菌群结构进行了分析，并与工业化地区人群进行了对比。

人群肠道菌群结构 adaptation Agropastoralists Diet Genetics

微生物消失

BioEssays：现代人的微生物为何消失？

《消失的微生物》犹在眼前，这篇文献又来了，值得认真读一读。

微生物消失工业化现代化 Pengfei Gao Heping Zhang