human gut microbiome

荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授及团队在Cell Host & Microbe发表文章，整合了荷兰LifeLines-DEEP（LLD）和300-Obesity（300-OB）两个人群队列共计1437名受试者的肠道微生物宏基因组、胆汁酸代谢谱以及多维度表型数据，以微生物基因组结构变异（SV）为切入点，系统探究了肠道微生物遗传组成与胆汁酸代谢的关联。有趣的是，肠道微生物遗传组成关联和相对丰度关联之间的重叠较少，表明SV作为一个新的数据维度，可以提供菌群组成无法反映的额外信息，值得深入挖掘。

微生物结构变异胆汁酸代谢研究论文 human gut microbiome bile acid metabolism

肠道细菌

Cell：工业化加速了人肠道菌群中的基因转移

工业化影响了人类肠道生态系统，改变了微生物的组成和多样性。细菌基因组是否也能适应宿主种群的工业化，目前尚不清楚。Cell最新发表的文章，通过对工业化和非工业化地区的15个人群的肠道细菌进行分析，发现基因的水平转移（HGT）在近几代宿主的肠道菌群中积累，发生频率很高，而且工业化的生活方式与较高的HGT比率有关。即肠道细菌在适应宿主生活方式的基础上不断获得新的功能，较高速率的HGT可能与人类历史中工业化发展有关。

肠道细菌基因水平转移工业化 human gut microbiome Industrialization

药物吸收

菌群可恢复肠道对药物的吸收

食品及药品中含有大量小分子添加剂（赋形剂），对人体生理、药物安全及药物应答的影响尚未明确。来自《PNAS》上发表的一项最新研究，通过对136种赋形剂进行筛选，鉴定出24种对OATP2B1（一种肠道转运蛋白）有抑制作用，其中FD&C Red 40号可抑制小鼠的OATP2B1对非索非那定（一种抗组胺药物）的吸收。在体外实验中，肠道菌群可通过代谢FD&C Red 40号等OATP2B1抑制剂并使其失活，导致其代谢产物无法抑制OATP2B1。该研究提示，一些食品添加剂及药用辅料可能抑制肠道的药物吸收，肠道菌群可通过代谢这些添加剂，以恢复肠道的药物吸收。

药物吸收 excipients drug absorption human gut microbiome azoreductases

抗生素耐药菌

人类引起环境中的抗生素耐药基因爆发，原因何在？

人类活动可影响环境中的细菌耐药组，但这是否是源于人体耐药菌的直接增殖，尚不清楚。Microbiome发表的这项研究表明，人粪便中的耐药菌携带的抗生素耐药基因，能转移至环境中的近亲细菌中，从而可能造成了环境耐药组的爆发。

抗生素耐药菌 antibiotic resistance Antibiotic resistance gene Resistome mobile genetic element

饮食-菌群互作

Cell子刊：肠道细菌或能降解有害食品加工产物

在加热过程中，食物中的氨基酸会与糖结合形成美拉德反应产物（MRP）。MRP广泛存在各种加工食品中，可分为早期MRP（如：ϵ-果糖赖氨酸（FL））和晚期MRP（又称晚期糖基化终末产物（AGE）），其中AGE对健康的不良影响已被很多研究证实。Jeffrey Gordon团队在Cell Host and Microbe发表的一项最新研究发现，在人源化限菌小鼠中，FL能选择性地增加肠道柯林斯菌（Collinsella intestinalis）的绝对丰度，诱导FL利用基因的表达，从而将FL代谢为无毒产物。这些发现意味着，食物中的一些潜在有害物质或许能被特定肠道细菌“解毒”，为减少加工食品的危害、增强食品安全，带来新启示。

饮食-菌群互作 processed foods Maillard reaction products human gut microbiome Collinsella species

肠道菌群代谢物

三大营养物质如何被肠道菌群代谢（综述）

肠道菌群具有强大的代谢能力，其种类繁多的代谢产物对人体健康有复杂的影响。Microbiome近期发表的一篇重要综述，详细总结了肠道菌群如何代谢三大营养物质（碳水化合物、蛋白质和脂肪），及其代谢物对宿主健康的作用。由于信息量庞大，此处仅做简单导读，有兴趣的读者不妨仔细阅读原文，必有收获。

肠道菌群代谢物 human gut microbiome human health macronutrients Microbial metabolism

人肠道细菌

揭秘肠道细菌的硫化氢生成过程

肠道菌群产生的硫化氢对人体健康具有重要影响。本研究阐释了肠道条件致病菌沃氏嗜胆菌中的硫化氢生成途径，坚定了其中的关键酶——羟乙基磺酸亚硫酸盐裂解酶（IslA）。本文结果对调控肠道硫化氢产量、控制沃氏嗜胆菌感染具有参考价值。

人肠道细菌无氧呼吸 anaerobic degradation carbon-sulfur bond-cleaving glycyl radical enzyme human gut microbiome

竞争性彩票模型

肠道菌群中存在基于竞争性彩票模型的组装模式

竞争性彩票模型认为来自区域物种池的不同生物群能够在相同的生态位定殖，且第一个到达的物种将占据整个生态位并排除其它群体成员。对于进化关系较近的同一属的细菌来说，因其具有类似的代谢能力，可能更契合这一模型。

竞争性彩票模型菌群组装 Competitive lottery model Computational modeling ecology

幽门螺旋杆菌根除治疗

幽门螺旋杆菌根除治疗后，肠道菌群可很快恢复

Helicobacter上报道的一项最新研究结果，发现幽门螺旋杆菌根除治疗后，肠道菌群多样性及组成发生的变化可在2个月后恢复。

16S rDNA sequencing Helicobacter pylori eradication human gut microbiome teenagers 幽门螺旋杆菌根除治疗

数据模型

合成菌群结合数据建模解码肠道菌群互作

菌群内复杂的互作网络制约了对肠道菌群结构和稳定性的解读。本研究通过人工合成的肠道菌群，利用数据建模研究菌群互作关系，发现了菌群动态变化的主要驱动因素和维持菌群稳态的主要互作模式，对研发菌群干预手段、建立稳定的合成菌群都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性合成菌群 Ecology

实验方法

可重复的提取分析人粪便噬菌体组的实验流程

Microbiome上发表的一项最新研究，开发了一套提取人粪便中的病毒核酸，并分析噬菌体组的可重复性实验流程，简单易行且成本较低，可作为对粪便总DNA测序分析的补充。

实验方法噬菌体组 Bacteriophage human gut microbiome metagenomics

抗生素耐药

Microbiome：中国城市污水中耐药基因高启，过半或来自人体！

这是来自中科院城市环境研究所和香港大学团队联合完成的研究，对中国城市污水中的耐药基因进行定量分析，这是中国相关领域的里程碑似研究，其中发布的中国不同地区耐药基因丰度图，很直观，很经典，预计会被经常引用。强烈推荐本文！

抗生素耐药耐药基因抗性组污水处理 antibiotic resistance

微生物生态学

MSM：快速实时分析菌群，可用流式细胞术！（综述）

这是发表在Molecular Aspects of Medicine[IF：5.686]上的重要综述，对流式细胞术用于菌群分析特别是作者团队自身的技术创新做了全面的介绍。这是具有重大基础研究、临床应用和商业转化价值的技术突破，值得我们特别关注！

微生物生态学单细胞分析流式细胞术生物信息学 human gut microbiome

拟杆菌门

Microbiome：变形菌门解释肠道菌群可变性

不同肠道菌群之间为什么会有生理差异的特异性基因及分类群呢？菌群的可变性主要与哪些类型的细菌有关？看看这篇文章。

拟杆菌门肠型厚壁菌门功能冗余人体肠道微生物

Clostridium difficile

JCM：应对艰难梭菌，有什么疗法？（综述）

关于潜在的艰难梭菌感染疗法的综述，值得一读。

Clostridium difficile antibiotic resistance bacteriocin faecal microbiota transplantation (FMT) genome sequencing