菌群稳定性

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文章数：10篇

菌群稳定性

通过迭代聚类评估菌群稳定性的R包

作者开发了一个多功能R包-通过迭代聚类评估菌群稳定性（μSTASIS），μSTASIS 中编译的算法和流程保证了对稀疏和复合数据的正确处理，且其输出易于解释，并提供了一个情景化的、直观的度量来评估时间菌群的稳定性，并得到交叉验证的支持，μSTASIS 多功能 R 包具有多个选项，可用于可视化稳定性结果并允许与元数据集成。作者希望他们的方法能够揭示不同人群中可追踪的菌群特征的新见解，并为菌群研究提供新的视角。

菌群稳定性 k-means 迭代聚类个体变异性纵向抽样

概念升级！Gut解读肠道菌群的稳定性与恢复力（综述）

Gut发表综述，对肠道菌群稳定性和恢复力的概念进行了厘清和升级解读。文章提出了肠道菌群的病理稳态一说，也就是在外界因素的干扰下，如慢性炎症包括肥胖、IBD，肠道菌群的短时间紊乱可能最终变为新常态，失去恢复力使临床治疗变得更加困难。

扰动因素综述菌群稳定性菌群恢复力基础研究

菌群稳定性

乳酸利用菌在结肠菌群稳定性中发挥重要作用

乳酸盐可被多种肠道细菌利用，而成年人结肠的乳酸盐累积通常表明菌群的扰动。来自mSystems上发表的一项最新研究，利用连续培养厌氧发酵罐系统，发现在pH值=5.5时，乳酸盐出现累积，伴随着短链脂肪酸（丁酸盐及丙酸盐）的减少及菌群组成的变化。基于数据模型的分析揭示了，菌群稳定性受到乳酸盐利用细菌的比例的影响，乳酸盐利用细菌较少的菌群群落的稳定性更低。

菌群稳定性 lactate lactate-utilizing bacteria pH short-chain fatty acids

缓解期克罗恩病患者的肠道宏蛋白组的功能稳定性及冗余性

Microbiome上发表的一项最新研究，对5名手术后处于缓解期的克罗恩病患者的肠道宏蛋白组进行了为期1年的纵向分析，发现虽然肠道宏蛋白组在不同个体、同一个体的不同时间点均表现出差异，但有着稳定且保守的核心功能，并且，核心功能表现出了门水平上的功能冗余。

IBD Crohn’s disease gut microbiome human microbiome Longitudinal analyses

研究菌群内相互作用的新策略

复杂菌群内微生物相互作用一直是菌群研究的瓶颈之一。本文回顾了Venturelli团队近期发表于Molecular Systems Biology的研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1042183527），介绍了这种结合了人工合成菌群和数据建模的菌群研究策略，并与该领域内其他研究结果进行了对比，指出了该策略在菌群互作研究领域的优势和局限性，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性 Liming Nie Wenchao Huang

合成菌群结合数据建模解码肠道菌群互作

菌群内复杂的互作网络制约了对肠道菌群结构和稳定性的解读。本研究通过人工合成的肠道菌群，利用数据建模研究菌群互作关系，发现了菌群动态变化的主要驱动因素和维持菌群稳态的主要互作模式，对研发菌群干预手段、建立稳定的合成菌群都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性合成菌群 Ecology

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Nature子刊：老年男性的粪便宏基因组比宏转录组稳定

这是Nature Microbiology同时发表的同一团队的两篇研究论文之一，对比了308名老年男性的粪便宏转录组和宏基因组的稳定性，发现宏基因组稳定性高于宏转录组。这是很值得关注的大样本研究，特别推荐。

菌群稳定性宏基因组宏转录组 Stability Rashmi Sinha

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GM：住院白血病患者的菌群动态

一个纳入59例急性骨髓性白血病供800余份样本的研究，很值得读一读。

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Science：如何准确认识菌群的网络、竞争和稳定性？

去年年底，Science发表的关于微生态的重量级文献，是微生态学一篇承前启后的文章，对微生态网络、竞争和稳定性的科学理解，是推动我们做好基础研究、开发临床应用的基础。一切没有微生态指导的应用，可能都会摔跟头（参见Seres[呲牙]），所以认真看看这篇文章很重要。

微生态学细菌竞争菌群稳定性

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Science：人体肠道里，大多数菌株或稳定存在数十年

这是2013年发表在Science上的重要研究，跟踪37人长达五年，并通过高精度的16S测序和一些菌株的全基因组测序，分析人体肠道菌群的长期变化规律。一些饮食等环境因素会带来肠道菌群的迅速变化，但在这之外，更多的是肠道菌群成员（菌株）的长期稳定性。这是被引用数百次的超高引文献，想必很多专业人士非常熟悉，值得认真再读一读！

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