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菌群-宿主互作

影响炎症性肠病的，究竟是肠道菌群还是易感基因？

特定基因变体与共生菌类群与炎症性肠病（IBD）具有关联。《PLoS Genetics》近期发表研究，利用数据建模分析了易感基因与特征菌群在IBD患病风险中的关联，证实了共生菌群在IBD发病机制中确实存在作用，介导了易感基因诱发IBD的过程。该结果对研究IBD发病机制、菌群-宿主互作模式具有参考价值。

菌群-宿主互作炎症性肠病数据模型炎症性肠病

生物信息学工具

青岛能源所徐健+苏晓泉等：微生物组的“三大指数”

菌群研究持续火热，目前的一大挑战是，如何将新的菌群样本在已有的数据中进行定位和比对。中科院青岛生物能源所单细胞中心徐健主任和苏晓泉研究员日前联袂Rob Knight在mBio上发表文章，开发了微生物组搜索引擎（http://mse.single-cell.cn），使大规模、全局性的微生物组比对与搜索成为可能；该搜索引擎基于类似于传统 BLAST 的执行逻辑，对用户十分友好（用户只需提供菌群的 OTU 表）；搜索结果给出微生物组的“新奇指数”、“关注指数”和“影响力指数”，可评估菌群组成的新颖性，预测特定菌群研究领域的潜力和趋势。

生物信息学工具 Bioinformatics community similarity data mining database search

研究菌群内相互作用的新策略

复杂菌群内微生物相互作用一直是菌群研究的瓶颈之一。本文回顾了Venturelli团队近期发表于Molecular Systems Biology的研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1042183527），介绍了这种结合了人工合成菌群和数据建模的菌群研究策略，并与该领域内其他研究结果进行了对比，指出了该策略在菌群互作研究领域的优势和局限性，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性 Liming Nie Wenchao Huang

合成菌群结合数据建模解码肠道菌群互作

菌群内复杂的互作网络制约了对肠道菌群结构和稳定性的解读。本研究通过人工合成的肠道菌群，利用数据建模研究菌群互作关系，发现了菌群动态变化的主要驱动因素和维持菌群稳态的主要互作模式，对研发菌群干预手段、建立稳定的合成菌群都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性合成菌群 Ecology

建模研究单宿主的菌群动态变化

对单一环境下菌群的动态变化的研究现对匮乏。本研究开发了一种可研究单一宿主共生菌群动态变化得到数据模型，发现亲缘关系、环境影响和宿主的迁移情况都会影响共生菌群多样性。该研究为研究菌群进化、菌群-宿主互作都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群动态进化生态学 Dispersal limitation diversity

数据模型协助开发菌群干预手段

功能菌群的选择是开发菌群干预手段的主要挑战。本研究利用建模和数据分析来选择功能菌群，用于菌群干预、免疫调节，模型预测结果与实验测的数据有显著关联，可用于指导功能菌群的设计和选择。研究成果对于开发菌群干预、免疫调节的新手段具有参考价值，值得专业人士关注。

菌群疗法数据模型计算机辅助菌群设计