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文章数：13篇

iMeta：陈同等开发高颜值高被引绘图网站imageGP

2022年2月21日，iMeta 期刊在线发表了中国中医科学院黄璐琦院士、陈同副研究员和中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫高级工程师合作题为“ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers”的研究论文。该论文介绍了一款简单易用、功能强大的在线绘图工具 ImageGP，访问地址是http://www.ehbio.com/ImageGP/ 。

扩增子生物信息学数据可视化宏基因组菌群

Nature子刊：教你使用 CAMI 基准测试工具包评估宏基因组学软件

计算方法是菌群研究的关键，获得定量且无偏的性能评估对方法开发者和应用研究者很重要。为了在方法之间进行有意义的比较，确定最佳实践和常用示例数据并减少基准测试的计算成本，有必要使用标准化的数据集、过程和度量标准进行评估。在本教程中，作者描述了由较大的研究人员群体共同确定的计算宏组学基准测试中的新兴标准。作者解释了最相关的评估指标，用于评估宏基因组装配/组装，分箱和分析结果，并提供有关如何生成它们的分步说明。本教程将为同行提供参考，并有助于在菌群研究中提供信息丰富且可重复的基准测试。

菌群研究计算方法 CAMI数据集软件性能评测宏基因组

宿主-细菌互作

Cell子刊：研究宿主-微生物互作的深度学习资源

细菌聚糖是介导宿主-细菌互作的重要分子。Cell Host and Microbe近期发表方法学文章，介绍了一种基于机器学习的细菌聚糖研究方法，可以用于鉴别和研究与细菌免疫原性、致病性、免疫逃逸等相关的聚糖基序，有助于拓展对于宿主-细菌互作进化模式的研究。

宿主-细菌互作 glycobiology machine learning Glycans Deep learning

临床菌群研究

迈向临床菌群研究的标准化-方法比较与优化

mSystems上发表的一篇技术类文章，探讨了在采用二代测序研究微生物组时如何获得最有效、可靠的数据。

临床菌群研究方法标准化 16S rRNA gene amplicon sequencing DNA extraction Bioinformatics

可移动遗传元件

Cell子刊：用MGEfinder分析细菌中的可移动遗传元件

细菌的演化主要通过DNA突变和可移动遗传元件（MGE）的转移，《Cell Host and Microbe》发表的这项研究介绍了一个用于分析MGE的生信工具MGEfinder，并用其分析了9种细菌病原体，为MGE如何影响抗生素耐药性、毒力和致病性提供了新见解。

可移动遗传元件 Mobile genetic elements transposable elements bacteria Pathogen

生物信息学工具

分析菌群基因水平转移的信息学工具

《Microbiome》近期发表的研究介绍了一种新的生物信息学分析工具——MetaCHIP，可以在不依赖于参考基因组的情况下，用于宏基因组测序数据分析，探索群落水平上的水平基因转移事件。

生物信息学工具基因水平转移 Bioinformatics HGT identification horizontal gene transfer

生物信息学工具

青岛能源所徐健+苏晓泉等：微生物组的“三大指数”

菌群研究持续火热，目前的一大挑战是，如何将新的菌群样本在已有的数据中进行定位和比对。中科院青岛生物能源所单细胞中心徐健主任和苏晓泉研究员日前联袂Rob Knight在mBio上发表文章，开发了微生物组搜索引擎（http://mse.single-cell.cn），使大规模、全局性的微生物组比对与搜索成为可能；该搜索引擎基于类似于传统 BLAST 的执行逻辑，对用户十分友好（用户只需提供菌群的 OTU 表）；搜索结果给出微生物组的“新奇指数”、“关注指数”和“影响力指数”，可评估菌群组成的新颖性，预测特定菌群研究领域的潜力和趋势。

生物信息学工具 Bioinformatics community similarity data mining database search

宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

这是M3组织（Mid-Atlantic Microbiome Meet-up）的一份会谈（会议举办日为2018年1月10日）纪要，着重指出了宏基因组进行病原检测中生物信息学工具的关键作用，指出了面临的挑战和未来的发展方向。

宏基因组病原检测 Biodefense Bioinformatics Biothreats

抗生素耐药性

Nature子刊：欧洲九国养殖猪和鸡的抗生素耐药组特征

动物养殖中常用到抗生素，导致的抗生素耐药菌可能给人类健康带来威胁。Nature Microbiology的一项最新研究，用鸟枪法宏基因组学分析了欧洲9个国家共350多个养猪和养鸡场的耐药组情况，值得专业人士关注。

抗生素耐药性耐药组动物养殖猪鸡

生物信息学

赵方庆等：菌群研究新策略——单细胞宏基因组学（综述）

Protein & Cell中国肠道大会专刊发布中科院赵方庆团队的综述，回顾并讨论了单细胞基因组学和宏基因组学联用的技术手段和分析方法，也讨论了目前存在的挑战。两种技术联用，可以有效规避原有菌群研究方法的局限性，具有可观的运用前景，值得专业人士关注。

生物信息学单细胞基因组学宏基因组学 Bioinformatics metagenomics

具核梭杆菌

Microbiome：具核梭杆菌的潜在毒性蛋白

这是一项关于具核梭杆菌参与炎症性肠病和大肠癌的分子机制研究，鉴定出细菌相关毒性蛋白在疾病发生中的作用。这是揭开细菌参与和影响疾病机制的重要研究，值得特别关注。

具核梭杆菌 Bioinformatics colorectal cancer Fusobacterium nucleatum Inflammatory bowel diseases

次级代谢产物

JBC：人体微生物组中的天然产物（综述）

非常值得认真读一读的综述，对通过各种方法在人体微生物组中发现的分子进行总结。强烈推荐阅读，收藏。

次级代谢产物 bacteria bacterial metabolism Bioinformatics metagenomics

Microbiome：序列数据库或严重影响宏蛋白组研究

菌群相关研究，不管是宏基因组还是宏蛋白组，都有赖于序列数据库，而选择哪个数据库作为参照，对结果影响可能很大。

Bioinformatics Gut microbiota Mass spectrometry metagenomics Metaproteomics