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文章数：13篇

Cell子刊：真菌如何在共生和致病之间转换（综述）

耳念珠菌（Candida auris）和白色念珠菌（Candida albicans）可导致侵袭性真菌病。然而，这些物种可以稳定和无症状地定植于人类皮肤和胃肠道。Cell Host and Microbe发表的这篇综述探讨了微生物组、宿主生理学、宿主免疫力和抗生素在调节白色念珠菌物种在共生、致病和感染之间转换的作用。

真菌念珠菌 Candida Mycobiome antibiotics

奇异变形杆菌

黄秀娟+于君：奇异变形杆菌或介导克罗恩病的炎症发展

变形杆菌属是一种革兰氏阴性兼性厌氧杆菌，近期研究表明变形杆菌属物种与肠切除后的克罗恩病（CD）复发相关。香港中文大学的黄秀娟（Siew C Ng）和于君与团队，近期与国外团队合作在Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现变形杆菌属在CD患者的粪便及结肠活检样本中更常见且丰度更高，而从患者体内分离出的变形杆菌属均属于奇异变形杆菌。进一步研究发现，奇异变形杆菌在体内外均可诱导炎症应答，并恶化DSS诱导的小鼠结肠炎。该研究提示，奇异变形杆菌可能在克罗恩病的发病机制中起到关键作用。

奇异变形杆菌 P. mirabilis Crohn’s disease Inflammation Pathogen

菌群-免疫互作

胞质模式识别受体及其与菌群的互作（综述）

模式识别受体（PRR）可识别病原菌和共生菌，从而调节机体免疫稳态。Immunological Reviews上发表的一篇综述文章，详细介绍了胞质中各类PRR的结构、功能及其在宿主-菌群互作中发挥的作用，并讨论了胞质PRR与健康及疾病的关联，以及调节胞质PRR的活化及信号通路以治疗相关疾病的潜在可能。

菌群-免疫互作 Immune system inflammasome innate immune receptors Microbiome

血液寄生虫感染

高蛋白饮食帮助昆虫对抗血液寄生虫

饮食可影响机体对抗感染的能力，目前的研究聚焦于“自上而下”的作用机制，宿主的营养状态可改善机体的免疫反应，从而控制寄生虫扩增，改善机体健康。近期发表在《Current Biology》的文章，显示高蛋白饮食通过调控宿主血液渗透压，抑制血液寄生虫的生长和增殖，控制感染。揭示出一种全新的“自下而上（bottom-up）”的作用机制，即宿主的营养状态可直接影响寄生虫的适应性。

血液寄生虫感染 osmolality bacteria Xenorhabdus resistance

IV型菌毛介导的宿主-菌群互作（综述）

细菌可通过鞭毛及菌毛等结构与外界互作。Trends in Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了IV型菌毛（T4P）的类型、结构特征、在不同细菌中的分布情况以及在与外界环境互作中的作用机制，并讨论了在未来的研究中应关注的问题，包括T4P在共生菌与致病菌中的异同、有益菌中的T4P如何影响宿主生理功能等。

菌毛 type IV pili fimbriae Microbiome commensal

抗生素耐药菌

人类引起环境中的抗生素耐药基因爆发，原因何在？

人类活动可影响环境中的细菌耐药组，但这是否是源于人体耐药菌的直接增殖，尚不清楚。Microbiome发表的这项研究表明，人粪便中的耐药菌携带的抗生素耐药基因，能转移至环境中的近亲细菌中，从而可能造成了环境耐药组的爆发。

抗生素耐药菌 antibiotic resistance Antibiotic resistance gene Resistome mobile genetic element

可移动遗传元件

Cell子刊：用MGEfinder分析细菌中的可移动遗传元件

细菌的演化主要通过DNA突变和可移动遗传元件（MGE）的转移，《Cell Host and Microbe》发表的这项研究介绍了一个用于分析MGE的生信工具MGEfinder，并用其分析了9种细菌病原体，为MGE如何影响抗生素耐药性、毒力和致病性提供了新见解。

可移动遗传元件 Mobile genetic elements transposable elements bacteria Pathogen

弗氏志贺菌抑制宿主细胞的胞内运输以促进其感染

PNAS上发表的一项最新研究，发现弗氏志贺菌可通过分泌特定的毒力因子，抑制宿主细胞的3个胞内运输途径：分泌、回收及内吞，以促进其自身入侵结肠上皮。

细菌感染 bacteria endocytosis Pathogen polarity

肠道菌群代谢产物

评估肠道菌群的“致病功能”

Microbiome上发表的一项最新研究，提出了一种新概念：基于肠道菌群产生的“有害”代谢产物评估菌群的“致病功能”，并发现在不同疾病状态下，表现出不同的携带“致病功能”相关基因的细菌的丰度增加，提示可基于肠道菌群的“致病功能”评估宿主的健康状态，并实现靶向肠道菌群的精准医疗。

bile diagnostics ecology Function Gut microbiota

粪菌移植(FMT)

恢复肠道戊酸水平可抑制艰难梭菌

粪菌移植是治疗艰难梭菌的特效疗法。本研究借助一系列体外试验、人体粪便样本检测和动物模型研究，发现戊酸及其前体物质与艰难梭菌感染（CDI）有密切关系，在抗生素干扰和菌群移植过程中发挥重要作用，有望成为CDI治疗的新靶标物质。

粪菌移植(FMT) bacteria gut microbiome Pathogen stool transplant

港中大黄曦等：特定细菌的菌血症患者，要小心大肠癌！

结直肠癌（CRC）与肠道菌群中某些细菌的增加相关。Gastroenterology[IF：18.392]近期发表了来自香港中文大学黄曦和Joseph Sung合作主导的研究，通过分析1.3万多名菌血症患者，发现与CRC相关的细菌菌血症患者，之后更可能被查出CRC。该发现支持“特定肠道菌群成员促进CRC”的观点，这些CRC相关细菌可能由于肠道失调和屏障功能损伤而进入血液。因而，这些细菌的菌血症患者可能是CRC高危人群，应进行重点筛查，这些CRC相关细菌或能成为大肠癌的血液标记物。

菌血症结直肠癌 colon cancer marker Microbiome

Nanopore测序仪

AJRCCM：Nanopore新技术，快速鉴定肺炎病原菌！

在临床实践中，快速检测并明确感染性疾病的病原体，对治疗意义重大。但传统的方法仍然主要依赖于19世纪末就有的培养技术，效率很低。临床上一直迫切需要能快速、准确且低成本的病原体检测技术，之前二代测序被寄予厚望，但一些固有短板还是阻碍了它的应用。现在，测序技术突飞猛进，其中英国的Nanopore公司势头很猛，所开发的测序仪甚至只比U盘大一点。这项研究正是介绍了利用这样的掌上测序仪，如何推动病原体的快速准确检测。虽然这离临床应用的距离还较远，但总归是个很重要的进步，特别推荐给大家！

Nanopore测序仪肺炎病原菌宏基因组临床宏基因组 pneumonia

厌氧消化链球菌

港中大于君团队：结直肠癌发生，或与厌氧消化链球菌关系密切！

这是香港中文大学于君团队做的肠道特定细菌与大肠癌发生机制的重量级研究，很值得认真阅读，特别推荐！

厌氧消化链球菌胆固醇异常增生 microbiota colon cancer