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真菌
文章数:59篇
大气环境
iMeta:国内团队揭示空气丰富与稀有种对大气环境变化的响应
本研究通过主动采集空气微生物,并结合高通量测序技术探究了空气细菌和真菌小时尺度的动态变化,并阐明了丰富和稀有种对大气环境变化的响应,该研究突出了春节对空气菌群及潜在健康风险的“节日效应”并拓展了我们对变化大气环境中微生物的装配机制及健康风险的认识。
大气环境
细菌
群落组装
确定性过程
真菌
真菌
溃疡性结肠炎患者肠道真菌有何特征?
肠道真菌与溃疡性结肠炎(UC)发病机制有关,但尚不清楚真菌成分在疾病活动期与静息期中是否发生了改变。近日,美国塔夫茨医疗中心研究人员在Clinical Gastroenterology and Hepatology发表最新研究,解析了421名UC患者在临床活动和缓解期肠道真菌组成和动态变化,发现无论是横截面还是动态变化,UC的临床活动均与念珠菌相对丰度的增加有关,值得关注。
真菌
溃疡性结肠炎
研究论文
基础研究
肠菌动态变化
克罗恩病
Nature子刊:肠道和食物中“无害”的酵母,如何为克罗恩病火上浇油
CD4+ T细胞对肠道微生物的异常反应,可驱动炎症性肠病中的黏膜炎症。然而,与疾病相关的微生物种类和相应的致病性T细胞表型仍待揭示。Nature Medicine发表的这项最新研究发现,克罗恩病患者中,对某些肠内共生真菌和食源性酵母的保守抗原的反复接触,可能驱动了具有致病作用的交叉反应性CD4+ T细胞的选择性扩增和活化,从而导致持续的炎症反应。
克罗恩病
真菌
CD4+T细胞
菌群-免疫互作
肠道真菌组
断奶应激
印遇龙+尹杰+熊霞:断奶仔猪肠道真菌群有何特征?
在全球畜禽养殖业禁用促生长抗生素背景下,断奶仔猪腹泻问题愈加突出,腹泻防控成为断奶仔猪饲养管理的重中之重。仔猪腹泻的诱因复杂多样,其相关分子机制有待深入解析。近日,中国科学院亚热带农业生态研究所印遇龙、熊霞、湖南农业大学尹杰及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究,发现断奶腹泻仔猪粪便中真菌Candida Tropicalis丰度显著降低,代谢物磷酸胆碱含量显著升高,断奶应激会导致形成的氧自由基通过激活dectin-1基因表达,促进中性粒细胞诱捕网生成,进而杀死Candida Tropicalis,值得关注。
断奶应激
真菌
研究论文
基础研究
热带念珠菌
肿瘤菌群
Nature:胰腺真菌群是否存在?是否促癌?
2019年Deepak Saxena和George Miller通过对胰腺癌真菌微生物组分析发现,马拉色菌属通过mannose-binding lectin介导补体信号促胰腺癌发生发展。文章发表后,杜克大学Peter J. Allen团队提出了质疑。近日,Nature的matterss arising栏目Deepak Saxena团队做出了回应,通过方法论的辩护以及提供新的验证结果,反驳了质疑文章的主要观点,并继续坚持真菌在胰腺癌发生中起重要作用的主张,值得关注。
肿瘤菌群
胰腺癌
其他
基础研究
分析工具
土壤菌群
Science:微生物群落变化或可增强树木对气候变化的耐受性?
全球性气候变化给物种带来了前所未有的挑战,也推动着物种迁移或进化出相应的耐受性以避免灭绝。微生物的大量多样性和悠久的进化历史提供了生物创新的源泉,有可能减轻胁迫和增加生态系统的恢复力。近日,美国威斯康星大学研究人员在Science发表最新研究,发现微生物群落的变化可以增强树木对气候变化的耐受性,值得关注。
土壤菌群
植物
研究论文
基础研究
环境压力
真菌
Cell子刊:真菌如何在共生和致病之间转换(综述)
耳念珠菌(Candida auris)和白色念珠菌(Candida albicans)可导致侵袭性真菌病。然而,这些物种可以稳定和无症状地定植于人类皮肤和胃肠道。Cell Host and Microbe发表的这篇综述探讨了微生物组、宿主生理学、宿主免疫力和抗生素在调节白色念珠菌物种在共生、致病和感染之间转换的作用。
真菌
念珠菌
Candida
Mycobiome
antibiotics
森林菌群
Nature Reviews: 森林微生物组与全球变化(综述)
森林生态系统约占地球陆地表面的30%,储存了陆地生态系统中45%的碳,负责陆地净初级生产力的50%。近日,研究人员在Nature Reviews Microbiology发表最新综述,探讨了全球变化对森林微生物群落的不同影响,包括微生物丰度和微生物群落组成的变化。通过结合对过去发展的观察、模拟全球变化因素的实验方法,讨论了跨气候带的森林生态系统正在发生和未来的变化。最后,提供了一个森林管理策略的例子,以减轻全球变化对森林微生物群落和生态系统性能和稳定性的不利影响,并提出了了解全球森林未来所需的未来研究方向。
森林菌群
环境变化
研究论文
基础研究
气候变化
新冠
国内团队Nature子刊:新冠预后工具——宿主表型+多界微生物群
Nature Communications近期发表来自香港中文大学黄秀娟团队的文章,对新冠肺炎患者的粪便宏基因组、粪便代谢组学、1呼吸道样本的病毒载量及临床特征进行综合分析,基于宏基因组进行聚类得到两大类,结合宿主的表型可准确预测呼吸道病毒脱落的持续时间,即宿主表型和多界微生物谱或预测新冠肺炎患者的预后。
新冠
细菌
真菌
病毒
预后
马拉色菌
一文读懂马拉色菌与皮肤的多重关系(综述)
马拉色菌(Malassezia)指的是一组属于担子菌门的真菌,约90%的成人皮肤有马拉色菌定植,马拉色菌通常不致病,但在适当的条件下也可能侵入角质层并引发皮肤病。近日,发表在Annual Review of Microbiology的综述重点论述了马拉色菌与皮肤的多重关系。马拉色菌现含有18个物种,随着对马拉色菌和皮肤间互作的深入研究,发现马拉色菌很可能在皮肤动态平衡中扮演多种角色。根据菌株和宿主的不同,马拉色菌可以是致病菌(如花斑癣、脂溢性皮炎),也可是共生(存在几乎所有健康人的皮肤)、互惠体(马拉色菌等真菌生物群对耳念珠菌入侵有抑制作用)。总之,该研究为进一步了解马拉色菌和皮肤间的关系提供了新的指导和见解,值得关注。
马拉色菌
皮肤
综述
基础研究
真菌
皮肤菌群
中科院城环所:皮肤菌群与办公室表面微生物如何互作?
室内环境被认为是通过常驻微生物群对人类健康产生影响的潜在因素,室内表面微生物群落受环境和人类因素影响较大。近日,中国科学院城市环境研究所李虎及团队在Environment International发表最新研究,从办公环境的各种典型来源(包括灰尘、手指、电脑键盘和鼠标)对细菌和真菌群落进行了表征,发现不同微生物群落与典型办公环境的几个组成部分有关,包括机会致病菌。办公室界面微生物群落的形成是由手介导的,手指会推动各个部分微生物群落的迁移,因此保持良好的个人卫生习惯以及室内定时通风对于减少办公环境的潜在致病菌负荷至关重要。
皮肤菌群
办公环境
研究论文
基础研究
真菌
多界网络
iMeta:中科院南京土壤所揭示真菌对高寒林线多界生物群落的稳定作用
在本研究中,作者沿着岳桦在长白山的天然分布区调查了树木根基土壤中的多界生物群落,包括线虫、真菌、细菌和古菌,构建多界生物共存网络(包括植物、线虫、真菌、细菌和古菌),并解析不同界的生物类群在总网络中的作用。本研究揭示了真菌群落及其在生物互作过程中的重要作用(特别是外生菌根真菌),为高寒林线生态系统及其他相近的生态系统应对全球变化,妥善制定生态保护策略提供了重要参考。
多界网络
真菌
林线生态系统
连通性
模块性
肠道炎症
敲除识别真菌的受体,意外发现潜在的抗肠炎细菌
Dectin-1和Dectin-2是先天免疫中识别真菌细胞壁成分的受体,在抗真菌免疫中发挥作用。Microbiome发表的这项研究,探索了Dectin-1和Dectin-2在肠道炎症中的作用,意外发现同时敲除Dectin-1和Dectin-2可通过影响肠道细菌群的组成,增强小鼠对结肠炎的抵抗力,并鉴定出介导这种保护作用的肠道细菌。
肠道炎症
肠道细菌群
真菌
极早产儿
Cell子刊:双歧杆菌促进极早产儿肠道菌群成熟
益生菌干预越来越多地应用于临床,包括用于早产儿以预防坏死性小肠结肠炎。Cell Host & Microbe发表的文章阐述了采用包含双歧杆菌和乳酸杆菌的混合配方(短双歧杆菌HA-129、两歧双歧杆菌HA-132、婴儿双歧杆菌HA-116、长双歧杆菌HA-135、鼠李糖乳杆菌HA-111),可以修复极早产儿的肠道微生态,促进菌群成熟至足月婴儿水平,并减少炎症反应。
极早产儿
益生菌
研究论文
基础研究
肠道菌群
结直肠癌
武汉大学:改造酿酒酵母,实现大肠癌“醉酒疗法”
经皮穿刺酒精注射(PEI)是一种新型的、低成本且操作简便的肿瘤治疗方法,用于治疗不适合进行手术切除的肿瘤。然而,PEI的疗效往往受到肿瘤大小和纤维包膜梗阻的限制,且有导致并发症的风险。因此,寻找一种非手术且安全高效的替代策略对改善PEI疗法意义重大。近年来,研究人员发现特殊的微生物具有对肿瘤独特的趋向性和治疗能力,许多基于微生物的治疗在抗肿瘤领域显示出广阔的应用前景。但之前的研究主要集中于细菌,鲜少真菌用于肿瘤治疗。武汉大学张先正教授团队发表在Small Methods上的一项研究利用一种生活中常见的真菌——酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae,SC)构建了真菌基乙醛发生器用于肿瘤治疗。该策略类似于酒精性肝病中由过量饮酒导致的肝脏乙醛浓度升高,造成肝脏细胞损伤和免疫激活,因而被称为肿瘤“醉酒疗法”,有望为PEI治疗提供一种非手术的替代策略。
结直肠癌
活菌疗法
微生物-宿主互作
真菌
肿瘤治疗
真菌
FROGS:分析真菌多样性的强大工具
检测真菌最常用的标志物是 ITS,但有一个主要缺陷:PCR可能会在大量真菌中产生非重叠的读长。当这些读长被过滤掉时,传统的宏条形码流程会丢失部分信息,从而产生关于所研究环境的组成和结构的有偏差的图片。本研究开发了一种解决方案-FROGS工具,可以处理包括重叠和非重叠在内的整个读长集,从而提供更准确的真菌群落表征。作者使用模拟数据和真实数据进行对比测试证明了其解决方案的有效性,大家可通过命令行或基于 Galaxy 的 Web 界面使用该解决方案。
真菌
ITS
宏条形码
工作流程
扩增子
共生功能体
阻断扩增子测序中宿主和非靶点的简易方法
本文介绍了“阻断寡核苷酸”, 这是一种低成本、灵活的方法,使用标准寡核苷酸来阻断不同非靶标的扩增,并使用软件来辅助其设计。通过使扩增子测序更具针对性,这种方法有可能使各种研究系统中的问题更加容易处理,从而导致对微生物发现的更深入的、基于系统的见解。为了在其他研究系统中快速简便地设计出用于阻断任何非靶标DNA的寡核苷酸的方法,本研究还开发了一个公开可用的R软件包以供使用。
共生功能体
菌群
扩增子测序
菌群多样性
非目标扩增
真菌
EukDetect:基于宏基因组测序准确灵敏地检测真核微生物
在包括宿主相关菌群在内的自然微生物系统中,真核微生物会随着细菌和古细菌一起被发现。尽管真核微生物对这些群落至关重要,但使用鸟枪法测序技术研究它们仍具有挑战性,因此经常被排除在外。本文介绍了EukDetect,一种生物信息学方法,可在鸟枪法宏基因组测序数据中识别真核生物。EukDetect具有广泛的真核微生物分类学范围,在低丰度和近缘种上表现良好,并且对真核生物基因组中的细菌污染具有抵抗力。EukDetect提供了一种自动可靠的方法来表征来自各种菌群的鸟枪测序数据集中的真核生物。作者证明了它使使用标准鸟枪测序分析时会被假阳性所遗漏或掩盖的发现成为可能。EukDetect将极大地促进我们对真核微生物如何贡献于菌群的理解。
真菌
原生生物
藻类
线虫
节肢动物
真菌
新技术可用于检测抗共生真菌的体液免疫
Microbiome最近发表的文章,开发出一种Fungi-Flow,用于检测针对共生真菌的体液免疫反应的流式细胞术,在人类肠道真菌群落中鉴定出两个与系统体液反应相关的生态系统。该技术或为研究真菌群在抗共生的体液免疫和体内稳态方面提供有力工具。
真菌
流式细胞术
IgG
茯苓多糖
刘宏伟团队:茯苓多糖作用于肠道细菌和真菌,改善小鼠酒精性脂肪肝
中科院微生物所真菌学国家重点实验室刘宏伟团队近期在Gut Microbes发表研究,探究了茯苓多糖对酒精诱导的小鼠脂肪肝的缓解功效与背后的作用机制。研究结果显示,茯苓多糖可以缓解酒精引起的肠道菌群失调和真菌过度生长。同时,文章发现共生真菌 Meyerozyma guilliermondii 诱导的前列腺素E2生成,可能是长期酒精摄入引起脂肪肝的机制之一。这些结果揭示了肠道真菌在酒精性脂肪肝发病中的作用,并表明茯苓多糖或可作为益生元用于改善酒精性脂肪肝。
茯苓多糖
真菌
酒精性脂肪肝病(AFLD)
Wolfiporia cocos polysaccharides
alcoholic liver diseases
土壤微生物组
南土所:农业土壤核心菌群可提升土壤生态功能
理论上,一个生态网络内高度相连的类群(核心节点,kinless hubs)比关联较少的类群(peripherals)能够支持更高水平的生态系统功能。然而,核心节点在调节土壤微生物群落功能潜力中的作用在很大程度上尚未得到探索与研究。中国科学院南京土壤研究所褚海燕与团队的这项研究,通过对具有重要生态功能与经济价值的农业生态系统(小麦和玉米轮作)的华北平原243个土壤样本进行大规模调查,建立了土壤真菌和细菌类群的关联网络,结果表明,在微生物网络中被归类为核心节点的土壤微生物类群的相对丰度与土壤功能潜力高度相关,这对于在大空间尺度上理解和管理(通过操纵微生物关键物种)农业生态系统具有重要意义。
土壤微生物组
农业生态系统
微生物网络
功能基因
核心节点
真菌
《科学》疾呼:研究真菌正当时!
真菌覆盖人体的上皮表面,与宿主和其他微生物群相互作用。《Science》最近发表的观点文章,简要介绍了真菌对宿主的影响。一方面,真菌定植能发挥有益的作用,如皮肤中的马拉色霉菌属能利用皮肤脂质作为营养生长,并分泌抑制致病菌的抗菌物质,抵抗病原菌等。另一方面,真菌也对宿主造成不利影响,如引起各种机体感染,并促进胰腺导管腺癌发展等。因此,开展宿主-真菌相互作用的的深入研究,对促进人类健康和治疗疾病具有重要意义。
真菌
真菌-宿主互作
Thomaz F S Bastiaanssen
Thomaz F S Bastiaanssen
粪菌移植
Cell子刊:肠道真菌或可预测FMT对溃疡性结肠炎的疗效
粪菌移植(FMT)可成功用于治疗溃疡性结肠炎(UC),但仅有部分患者对治疗产生应答。《Cell Host and Microbe》上发表的一项最新研究,对一项随机双盲安慰剂对照试验的结果进行分析后发现,在对FMT产生应答的患者中,接受FMT治疗之前的肠道念珠菌属丰度较高,且在接受FMT治疗后念珠菌属丰度有所降低。研究结果提示,FMT可能通过降低念珠菌属的丰度以抑制肠道炎症,肠道真菌组成或可作为预测患者对FMT的应答的生物标志物。
粪菌移植
Mycobiota
Fecal microbiota transplantation
gut fungi
Candida
菌群-免疫互作
Cell子刊:实验室小鼠“野生化”后的免疫应答变化与真菌定殖相关
自然环境中的野生小鼠与人工饲养的实验室小鼠表现出更高的免疫激活能力,部分可归因于微生物的暴露。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究,发现将实验室小鼠释放至自然环境中“野生化”后,可增强T细胞活化并增加循环粒细胞数量,而“野生化”后的真菌定殖增加可能导致了相关的免疫系统变化。
菌群-免疫互作
Granulocytes
Mycobiota
microbiota
Fungi
菌群内互作
饮食成分经真菌促进特定肠道细菌定植
肠道菌群中存在微生物的跨界互作,NPJ Biofilms and Microbiomes发表的一项研究报道了这样一个具体例子。该研究通过对比不同饮食偏好的日本人和印度人的肠道菌群,结合体外和动物实验,表明肠道真菌念珠菌可促进肠道共生细菌——粪便普雷沃氏菌的定植和生长,这种真菌-细菌互作中,特定膳食多糖成分可能有关键介导作用。
菌群内互作
肠道菌群
真菌
细菌
膳食多糖
分类
中科院微生物所联合70位学者共同修订真菌界担子菌门分类系统
中国科学院微生物研究所为第一单位,联合培养博士生贺茂强为第一作者,赵瑞琳研究员为唯一通讯作者,联合国内外70位作者,于2019年11月发表于Fungal Diversity的文章,其集结了近十年来担子菌门分类研究的新进展,在多基因及基因组层面对整个门的系统发育关系进行了梳理,并估算了担子菌门内亚门、纲、目、科的演化时间范围,还对担子菌门中的已知3198个属名进行梳理,通过3000余篇文献查阅结合本研究结果认定其中1261个异名或不合格发表名称,1928个为合法属名,并将这些合法属依次归入所属科、目、纲和亚门,并且整理提供了每个合法属的各类信息包括分类地位、物种数、模式种、生活类型、生境、分布地、DNA数据以及系统发育等,进一步完善分类系统的各类信息。
分类
分子钟
真菌
系统分类学
物种分类
群落构建
北大陆雅海组揭示群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存
理解生物多样性的产生和维持是生态学的关键主题。目前,对于群落构建过程与微生物生态系统共发生物种的生态策略之间的关系仍然缺乏足够的了解。北大陆雅海组的博士后焦硕在ISME发表文章,揭示了不同生境和区域农业生态系统土壤微生物群落构建与物种共存生态策略之间的联系,可促进农业生态系统微生物群落的管理,基于重组和共现过程的恢复策略,以更好地应对生境破碎和气候变化。
群落构建
农业微生态
真菌
细菌
古菌
肝脏免疫
Nature子刊:Kupffer细胞抑制真菌向血液的散播
真菌向血液中的散播是导致侵入性真菌感染的关键步骤。Nature Communications上发表的一项最新研究,发现肝脏Kupffer细胞(肝脏中的巨噬细胞)可在多种受体的共同参与下,吞噬真菌并抑制其生长,从而限制真菌向血液中的散播。
肝脏免疫
肝脏巨噬细胞
Kupffer细胞
真菌
真菌感染
真菌
健康的母乳中的真菌组成及与细菌的互作
《Applied and Environmental Microbiology》上发表的一项最新研究,对80份母乳真菌群进行分析后发现,母乳真菌的多样性及丰富度相似度高,受地理位置及分娩方式的影响不显著影响,而真菌-细菌的互作受到各类因素的影响。
真菌
母乳
真菌
Mingyang Song
Kai Wang
肠-肺轴
Cell子刊:肠道真菌失调加剧过敏性气道疾病的肠-肺轴机制
肠道中的真菌能影响粘膜免疫,但是对于其它器官的影响仍待阐释。Cell Host and Microbe发表的最新研究表明,肠道常驻的CX3CR1+单核吞噬细胞可感知肠道真菌失调,加剧模型小鼠的过敏性气道疾病,为肠道真菌影响其它身体部位的免疫,提供了一种机制。
肠-肺轴
mycobiota dysbiosis
Mycobiome
Fungi
gut-lung axis