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文章数：6篇

古宏基因组分析的新方法

详细了解古代环境、生活方式和疾病方面目前仍存在巨大挑战。其中，高错误率在古代宏基因组学中一直是一个挑战，满足该领域需求的计算框架的可用性有限。近日，隆德大学研究人员在Genome Biology发表最新研究，提出了aMeta，这是一种精确的古代DNA宏基因组分析工作流程，使用模拟数据，将aMeta与当前最先进的工作流程进行比较，证明其在微生物检测和认证方面的优势，可显著降低计算机内存的使用率，值得关注。

古生物宏基因组研究论文基础研究生信工具

不依赖参考基因组的宏基因组物种水平分析工具mOTUs3

近年来，随着测序技术和生信工具的发展，极大促进了研究人员对微生物进行分类，检测和量化生物样品中微生物的相对丰度，但仍有一部分微生物群落没有得到很好分类，尤其是未被充分探索的环境样本中。近日，瑞士研究人员在Microbiome发表最新研究，开发了mOTUs3（https://github.com/motu-tool/mOTUs）以实现对宏基因组的精确物种水平分析。相比其他方法，它提供了一个更全面的原核生物群落多样性视图，特别是针对目前尚未开发的微生物群落，值得试用。

mOTUs3 生信分析工具研究论文基础研究宏基因组学

Kraken2物种注释16S rRNA基因序列比QIIME２更快、更精

几十年来，16S核糖体RNA基因测序已成为鉴定样品中未知组成的细菌种类的主要手段。目前，用于此目的的最广泛使用的工具很多，为了对每种工具进行全面评估，作者比较了QIIME 2的q2-特征-分类器、Kraken 2和Bracken在生成三个主要的16S rRNA数据库（Greengenes，SILVA和RDP）中的计算资源和速度。为了评估准确性，作者使用从人类肠道，海洋和土壤宏基因组中获得的相同的模拟16S rRNA读长评估了每种工具，这些读长先前用于比较QIIME，MAPseq，mothur和QIIME2。作者根据每个工具分配的最终属读长计数的准确性来评估准确性。由于Kraken 2是唯一提供按每一读长分类分配的工具，因此作者评估了Kraken 2每一读长分类的敏感性和准确性，最终得出结论：Kraken 2和Bracken为16S rRNA宏分类数据分析提供了非常快速、高效和准确的解决方案。

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中科院微生物所联合70位学者共同修订真菌界担子菌门分类系统

中国科学院微生物研究所为第一单位，联合培养博士生贺茂强为第一作者，赵瑞琳研究员为唯一通讯作者，联合国内外70位作者，于2019年11月发表于Fungal Diversity的文章，其集结了近十年来担子菌门分类研究的新进展，在多基因及基因组层面对整个门的系统发育关系进行了梳理，并估算了担子菌门内亚门、纲、目、科的演化时间范围，还对担子菌门中的已知3198个属名进行梳理，通过3000余篇文献查阅结合本研究结果认定其中1261个异名或不合格发表名称，1928个为合法属名，并将这些合法属依次归入所属科、目、纲和亚门，并且整理提供了每个合法属的各类信息包括分类地位、物种数、模式种、生活类型、生境、分布地、DNA数据以及系统发育等，进一步完善分类系统的各类信息。

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Nature子刊：宏基因组物种分类和定量工具MetaPhlAn2

MetaPhlAn2是基于标记基因的快速物种分类和定量工具，由哈佛大学Curtis Huttenhower团队和意大利特轮托大学Nicola Segata(出自Curtis Huttenhower组)团队共同出品，是MetaPhlAn工具的升级版，截止19年9月4日软件两版累计引用1335(853+482)次。是肠道宏基因组研究中物种组成分析的首选工具。日报之前报导过的相关工具还有《MGX框架——宏基因组分析的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075688938）、想要专门分析病毒组，有《Nature子刊：分析病毒组的新工具》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1081676963）等。

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Kraken：超快的宏基因组序列物种注释工具

Kraken是物种注释中最快，最庞大的存在，其超快的速度受到大家的喜欢，但标准版超大的内存消耗也非常恐怖。现在已经开发一系列子版本和新版本，如小内存的miniKraken，基于非冗余K-mer的KrakenUniq，还有最的版Kraken2。之前日报介绍过的相关方法有《一个新的宏基因组分类器KrakenUniq》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1079174335）、《Bioinformatics：大幅提高宏基因组分类速度的新算法！》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1058091428）、《MGS-Fast：快速注释菌群宏基因组测序数据的方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1068195517）、以及针对临床检测的《PAIPline：鉴定致病菌的临床测序结果分析平台》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055280911）等可供用户根据具体需求进行选择。

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