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国内团队：从宏基因组中识别质粒的工具

香港城市大学孙燕妮团队开发了一种质粒检测工具（PLASMe），它充分利用了基于比对和学习的方法的优势：其中的比对组件可以很容易地识别已知质粒，而使用Transformer 模型可以识别远源的质粒，作者在Github上提交了相关代码，使用指南，和测试数据，网址为https://github.com/HubertTang/PLASMe。

质粒检测比对组装蛋白簇宏基因组

Nature子刊：宏基因组物种分类和定量工具MetaPhlAn2

MetaPhlAn2是基于标记基因的快速物种分类和定量工具，由哈佛大学Curtis Huttenhower团队和意大利特轮托大学Nicola Segata(出自Curtis Huttenhower组)团队共同出品，是MetaPhlAn工具的升级版，截止19年9月4日软件两版累计引用1335(853+482)次。是肠道宏基因组研究中物种组成分析的首选工具。日报之前报导过的相关工具还有《MGX框架——宏基因组分析的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075688938）、想要专门分析病毒组，有《Nature子刊：分析病毒组的新工具》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1081676963）等。

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