宏基因组序列分类

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宏基因组序列分类

文章数：6篇

Nature子刊：长读长宏基因组分析工具MetaMaps

有效的物种分类和注释是宏基因组分析中的重点和难点。前几天Cell杂志发表分析文章对现有20个宏基因组分类软件进行了系统评估（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381），可见此类分析的重要性。此外，我们还介绍过《一个新的宏基因组分类器KrakenUniq》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1079174335）、《菌群测序数据进行准确分类的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1033264805）等文章。今天介绍的这款专门针对长读长三代序列的宏基因组物种分类软件，为三代测序在宏基因组测序中的应用提供了基础工具。

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食品与菌群

叶表面的微生物组和抗性组提示：不宜生吃芝麻菜

本研究发现芝麻菜表面不仅含有很多可能致病的肠杆菌，肠杆菌中还富集了一些非常不受欢迎的抗性基因。貌似以后是不能生吃了。不过小编觉得虽然不能直接生吃，但是炝拌一下放点酱油陈醋也未尝不可吧！

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宏基因组序列分类

在基因组水平进行分类学和基因多样性分析的新工具

Nucleic Acids Research近期发表文章，介绍了一个新型在线分析工具，以宏基因组等多种基因组数据为输入，对古菌和细菌进行分类学和基因多样性分析，比16S rRNA有更高的分辨率，推荐给有需要的专业人士。

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宏基因组分析方法

对Illumina数据进行实时宏基因组分类的新方法

Bioinformatics上发表的最新研究，介绍了一种对Illumina数据进行实时宏基因组分类的新工具——LiveKraken，可依据物种来源不同将原始数据进行分类。

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Nature子刊：宏基因组物种分类和定量工具MetaPhlAn2

MetaPhlAn2是基于标记基因的快速物种分类和定量工具，由哈佛大学Curtis Huttenhower团队和意大利特轮托大学Nicola Segata(出自Curtis Huttenhower组)团队共同出品，是MetaPhlAn工具的升级版，截止19年9月4日软件两版累计引用1335(853+482)次。是肠道宏基因组研究中物种组成分析的首选工具。日报之前报导过的相关工具还有《MGX框架——宏基因组分析的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075688938）、想要专门分析病毒组，有《Nature子刊：分析病毒组的新工具》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1081676963）等。

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Kraken：超快的宏基因组序列物种注释工具

Kraken是物种注释中最快，最庞大的存在，其超快的速度受到大家的喜欢，但标准版超大的内存消耗也非常恐怖。现在已经开发一系列子版本和新版本，如小内存的miniKraken，基于非冗余K-mer的KrakenUniq，还有最的版Kraken2。之前日报介绍过的相关方法有《一个新的宏基因组分类器KrakenUniq》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1079174335）、《Bioinformatics：大幅提高宏基因组分类速度的新算法！》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1058091428）、《MGS-Fast：快速注释菌群宏基因组测序数据的方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1068195517）、以及针对临床检测的《PAIPline：鉴定致病菌的临床测序结果分析平台》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055280911）等可供用户根据具体需求进行选择。

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