Harry Sokol

色氨酸（Trp）代谢的改变如何影响炎症性肠病（IBD）尚不清楚。Gut发表的研究发现了一个将色氨酸代谢与肠道炎症和IBD联系起来的新机制。给结肠炎小鼠补充XANA和KYNA后，能缓解结肠炎。通过用AADAT（犬尿氨酸转氨酶2，可以将犬尿氨酸和3H-犬尿氨酸分别转化为KYNA和XANA）干预结肠炎小鼠，操纵内源性代谢途径，可降低小鼠结肠炎症程度。本研究或可为治疗IBD提供新的思路。

色氨酸代谢 IBD 黄嘌呤犬尿酸

结肠炎

中性粒细胞如何调控结肠炎？

Card9作为IBD易感基因之一，已被证明对肠道炎症和真菌感染具有保护作用。然而，其细胞来源和机制尚不清楚。近期Gut发表的一项研究表明，中性粒细胞而非其他细胞中的CARD9通过控制线粒体代谢和细胞存活从而抑制结肠炎，该研究为探究CARD9在中性粒细胞线粒体中的作用及其在肠道炎症中的功能提供了新的见解，为以中性粒细胞为靶点的新的治疗策略提供了基础。

结肠炎 CARD9基因中性粒细胞线粒体代谢细胞存活

肠道菌群代谢产物

丁酸如何促进芳香烃受体通路活化？

在肠道菌群与宿主之间的对话中，芳香烃受体（AhR）发挥重要作用，然而肠道AhR的调控机制还有很多未知。Gut Microbes发表的这项研究聚焦肠道菌群衍生代谢物对AhR信号的调控作用，通过一系列体外实验发现，丁酸作为HDAC抑制剂，可促进被AhR配体激活的AhR对靶基因启动子的结合，从而增强AhR信号。

肠道菌群代谢产物芳香烃受体短链脂肪酸丁酸染色质重塑

肠道炎症

敲除识别真菌的受体，意外发现潜在的抗肠炎细菌

Dectin-1和Dectin-2是先天免疫中识别真菌细胞壁成分的受体，在抗真菌免疫中发挥作用。Microbiome发表的这项研究，探索了Dectin-1和Dectin-2在肠道炎症中的作用，意外发现同时敲除Dectin-1和Dectin-2可通过影响肠道细菌群的组成，增强小鼠对结肠炎的抵抗力，并鉴定出介导这种保护作用的肠道细菌。

肠道炎症肠道细菌群真菌

IBD

在IBD患者中，肠道菌群与结直肠癌的关联

IBD 研究论文队列研究胆汁酸结直肠癌

菌群-免疫互作

柔嫩梭菌群诱导的CD4+ CD8α+ Treg在肠道炎症中起保护作用

柔嫩梭菌群具有抗炎作用，在IBD患者中减少。在人结肠固有层中含有一群CD4+/CD8α+ 调节性T细胞（DP8α Treg），在IBD患者中也有所减少。JCI insight上发表的一项最新研究结果，在HLA人源化小鼠中发现，柔嫩梭菌群+DP8α Treg（而非单独的DP8α Treg）可缓解DSS诱导的结肠炎。在IBD患者中，可观察到DP8α Treg与疾病活动度的负相关。在健康人及回肠克罗恩病患者中，DP8α Treg与柔嫩梭菌群呈正相关。

菌群-免疫互作研究论文基础研究调节性T细胞 CD4+/CD8α+ 调节性T细胞

回肠菌群

回肠菌群可用于预测克罗恩病患者的手术部位感染

Journal of Crohn's and Colitis上发表的一项前瞻性队列研究，在149名接受回肠-结肠切除术的克罗恩病患者中发现，基于回肠黏膜相关菌群中的特定菌属构建模型，可较准确地预测手术部位感染的风险。

回肠菌群研究论文前瞻性队列研究克罗恩病手术部位感染

肠道免疫

血管活性肠肽如何帮助宿主防御肠道致病菌

3型天然淋巴细胞（ILC3）控制肠道淋巴组织的形成，并在肠道防御中发挥重要作用。ILC3表达血管活性肠肽（VIP）受体2（VPAC2）。PNAS上发表的一项最新研究结果，发现VIP可通过促进ILC3的CCR9表达及肠道招募，以增强小鼠对鼠柠檬酸杆菌感染的抗性。

肠道免疫血管活性肠肽研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

克罗恩病

靶向细菌黏附素FimH或可治疗克罗恩病

超过半数的克罗恩病患者的肠道菌群中存在粘附侵袭性大肠杆菌（AIEC），AIEC表达的细菌黏附素FimH可通过作用于TLR4，以诱导肠道上皮细胞及巨噬细胞的炎症细胞因子产生。来自Microbiome上发表的一项最新研究，发现相比于健康对照，克罗恩病患者的肠道菌群中的肠杆菌科富集，且普遍存在表达FimH的细菌。特异性阻断FimH可抑制肠杆菌科的肠道上皮黏附，并预防肠道黏膜炎症。这些发现为治疗克罗恩病带来了新启示。

克罗恩病 FimH 研究论文基础研究粘附侵袭性大肠杆菌

同种异体造血干细胞移植

肠道真菌和细菌菌群影响造血干细胞移植的预后

Mucosal Immunology近期发表的文章，通过对71例接受同种异体造血干细胞移植（alloHCT）的患者在治疗前的肠道真菌和细菌菌群进行检测，并对其与患者的预后进行关联性分析。结果显示，较高的细菌多样性与总生存率（OS）和无病生存率（DFS）改善相关，虽然真菌多样性与患者的预后无相关性，但白色念珠菌的相对丰度较高与OS、DFS 和无移植物抗宿主反应、无复发生存率显著降低相关。虽然研究具有样本数少和真菌测序深度低等限制，但提示我们白色念珠菌在alloHCT中具有重要影响。

同种异体造血干细胞移植肠道真菌群落肠道细菌群

炎症性肠病(IBD)

Cell子刊：短链脂肪酸或调节γδ T细胞产生IL-17

肠道产生白细胞介素-17A（IL-17）的γδ T细胞是组织驻留细胞，参与宿主防御和肠道炎症的调节。Cell Reports近期发表的文章，发现肠道菌群来源的短链脂肪酸，尤其是丙酸盐，抑制小鼠肠道γδ T细胞和炎症性肠病患者的产IL-17的γδ T细胞中IL-17的产生，且这些代谢物以HDAC依赖性方式直接作用于γδ T。文章增加了我们对肠道γδ T细胞功能调控的了解，同时提供了治疗炎症性肠病的思路。

炎症性肠病(IBD) 肠道菌群短链脂肪酸（SCFA）肠道γδ T细胞

粪菌移植

Nature Reviews：粪菌移植中的受体因素（观点）

粪菌移植（FMT）可治愈约90%复发艰难梭菌感染，但对其他与肠道菌群改变相关的疾病，FMT的疗效存在着比较大的变数。如何提高FMT的成功率、增加供体菌群的植入绿，是目前临床上需要解决的问题。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表的长篇观点文章，重点探讨了影响FMT成功率的潜在受体因素，为未来该领域的研究方向提出了若干建议。推荐专业人士仔细参阅。

粪菌移植

肠道菌群代谢产物

肠道菌群代谢产物在代谢紊乱中的调控作用（综述）

肠道菌群可利用外源的食物底物或内源的宿主化合物产生一系列代谢产物，从而与宿主进行互作。短链脂肪酸（SCFA）、支链氨基酸（BCAA）、氧化三甲胺（TMAO）、色氨酸及吲哚衍生物等特定肠道菌群代谢产物与代谢失调的发病机制密切相关。来自Gut上发表的一篇综述文章，详细介绍了上述菌群代谢产物在代谢紊乱中的作用机制，并讨论了通过靶向菌群代谢产物及其受体以治疗代谢疾病的可能。

肠道菌群代谢产物综述代谢紊乱

乳糜泻

Science子刊：激活AhR通路可以改善乳糜泻肠炎

乳糜泻是一种由于谷蛋白过敏导致的慢性肠道炎症，DQ1和DQ8基因是该疾病重要的易感基因。然而全世界40%的人群携带有至少1个易感基因，但是最终发病的患者不到1%。已有研究发现肠道菌群的构成对于乳糜泻的发生有重要的作用。但是，具体的机制尚不清楚。近期一篇发表在Science Translational Medicine上的一篇文章，通过在非肥胖糖尿病小鼠（NOD）中过表达DQ8建立了乳糜泻小鼠模型，应用该模型发现高色氨酸膳食可以激活芳香烃受体通路，从而显著抑制乳糜泻的发生，改善谷蛋白过敏造成的肠道炎症表型，提出肠道菌群通过调节芳香烃受体通路抑制乳糜泻疾病发生的机制，为乳糜泻的临床治疗提供了新策略。

乳糜泻色氨酸代谢研究论文基础研究动物实验

药物研发

肠道菌群代谢物助力药物研发（观点）

发表在Trends in Pharmacological Sciences上的观点性文章。基于受体/配体相互作用，比如孕烷X受体和芳香烃受体，以及其与肠道菌群代谢物的相互作用，文章探究了基于肠道菌群代谢物的药物研发的新思路。

药物研发孕烷X受体 (PXR) 芳香烃受体（AHR）肠道菌群代谢物 biomimicry

酒精性肝病

菌群的色氨酸代谢产物可改善酒精性肝病

酒精性肝病与肠道菌群存在关联，Gut近期发表的一项研究发现，补充果胶可改变小鼠肠道菌群、增加菌群的色氨酸代谢产物，通过活化芳香烃受体通路，改善酒精引起的肝损伤。这些发现提示，靶向芳香烃受体或是治疗酒精性肝病的新策略。

酒精性肝病色氨酸代谢产物芳香烃受体肠道菌群果胶

免疫代谢

Cell子刊：聚焦肠道菌群与免疫代谢的互作（观点）

免疫代谢包含免疫系统对机体大代谢的影响和免疫细胞自身代谢需求与环境因素的互作。Cell metabolism上发表一篇观点，对后者特别是肠道菌群对免疫细胞代谢的主导作用进行了讨论。详述了菌群相关代谢产物如短链脂肪酸（SCFA）、胆酸盐、色氨酸等对肠上皮细胞、巨噬细胞、B细胞、先天性淋巴细胞及多种效应T细胞的调节机理，及其在感染、IBD等病理情况下的互作。作者指出未来可关注特异性代谢产物添加、删除、代谢通路调控作为治疗手段的研究。

免疫代谢菌群代谢免疫系统 immunometabolism

粪菌移植

菌株定殖影响粪菌移植对克罗恩病的疗效

越来越多的证据表明粪菌移植或是一种治疗克罗恩病（CD）的有效手段。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，对8名接受粪菌移植治疗的CD患者在移植前后的粪便菌群进行分析后发现，特定菌株的定殖或丢失与患者的复发相关，其中部分放线菌门菌株的定殖与更好的结局相关，而拟杆菌门菌株的定殖则与较差的结局相关。

粪菌移植 Crohn’s Disease (CD) Fecal microbiota transplantation (FMT) relapse metagenomes

粪菌移植

Gut指南：新冠流行期间的粪菌移植服务调整

全球新冠疫情的持续流行对很多医疗技术的开展造成了巨大影响，包括粪菌移植（FMT）。美国OpenBiome曾一度暂停开展FMT研究和临床服务，中国大陆地区的FMT数量和中华粪菌库的异地运输也受到疫情的影响。为指导疫情期间的FMT临床服务和临床试验，由意大利消化病专家Giovanni Cammarota教授牵头，南京医科大学张发明教授和香港中文大学黄秀娟（Siew Ng）教授等10个国家的25名专家，联合制定了医学指南，于7月3日在《Gut》杂志发表。指南重点解决FMT医疗服务、FMT相关临床试验等涉及的供体筛查、如何排除供体是否感染新冠病毒、如何避免潜在的消化道途径传播新冠病毒、医务人员实验室防护和安全要求、患者风险评估、实验室条件、给入途径、内镜要求等诸多关键问题，也对冻存、新鲜状态菌液处理等给出了意见。指南也特别推荐最新的结肠途径经内镜肠道植管术（TET）作为移植途径，并鼓励在高级别实验室条件下进行洗涤菌群移植（WMT）。指南引用了多项中国研究者对新冠病毒的研究证据。据张发明教授介绍，指南从撰写、评审到接收，在所有专家之间进行了上百人次的修改，其中的专业建议很值得相关人士参考。

粪菌移植指南 COVID-19

粪菌移植

粪菌移植用于治疗胃肠疾病，如何迈向精准医疗？（评论）

《Genome Medicine》近期发表的评论文章，讨论了粪菌移植（FMT）在临床标准化和精准医疗过程中需要仔细考虑的因素，包括供体和受体的挑选、方案设计和辅助疗法，以及治疗后的监测和随访等，从而提升治疗的成功率。

粪菌移植 Fecal microbiota transplantation Inflammatory bowel diseases Irritable bowel syndrome Precision Medicine

粪菌移植

Lancet子刊：国际专家组紧急更新！新冠疫情期间FMT供体筛查方案

由南京医科大学张发明教授、香港中文大学Siew Ng教授等16名专家组成的国际专家小组，近期在Lancet Gastroenterology & Hepatology发表评论文章，提出在新冠肺炎疫情期间紧急更新的供体筛查方案，在原有疾病史、血液及粪便样本的检测基础上新增新冠肺炎相关临床症状和流行病学史调查，高危地区或国家辅以RT-PCR检测，严格监控冻存样品安全，以期降低通过粪菌移植传播病毒的风险。尽管粪菌移植在世界范围内的管理方式有很大差异，目前也没有由此引起的新冠病毒传播的事件发生，仍需警惕其在疫情期间可能带来的风险。

粪菌移植供体筛查新冠肺炎新型冠状病毒 Antonio Gil-Gomez

IBD

Nature Reviews：肠道菌群代谢产物在IBD中的作用（综述）

肠道菌群代谢产物在菌群-宿主互作中起到关键作用。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇综述文章，详细介绍了IBD患者的肠道代谢组变化，重点描述了短链脂肪酸、胆汁酸及色氨酸代谢的失调及其在IBD发病机制中的作用，并讨论了菌群代谢组在未来的IBD诊断及小分子药物筛选中的潜在作用，以及通过益生菌、粪菌移植等方式调控菌群代谢组以治疗IBD的可能。

IBD INFLAMMATORY BOWEL DISEASE microbiota 菌群-免疫互作肠道菌群代谢产物

粪菌移植

粪菌移植或可维持克罗恩病的缓解

来自Microbiome上发表的一项RCT研究结果，在口服皮质类固醇进入临床缓解期的克罗恩病患者中进行单次粪菌移植，以供体菌群在受体体内的定殖为主要终点。虽然并无患者达到研究的主要终点，但相比于假移植，粪菌移植可显著降低内镜下的疾病严重程度指数，且粪菌移植组患者的无复发率及无类固醇临床缓解率更高（但差异不显著）。

粪菌移植 Fecal microbiota transplantation Crohn’s disease randomized controlled trial RCT

噬菌体

肠道菌中的原噬菌体如何影响细菌-噬菌体的的协同进化？

环境因素，如食物或抗生素的使用，会改变肠道菌群的组成，但它们的总体影响仍然相对较低，而噬菌体可能是解释物种丰度随时间变化的重要因素。肠道细菌内藏有大量的原噬菌体或休眠病毒，这些病毒可进化为极具毒性的噬菌体突变体，可能导致重要的细菌死亡。这种现象是否会在哺乳动物的微生物群中发生尚不清楚。ISME Journal发表的一篇文章，研究了温和噬菌体在定殖了Roseburia intestinalis L1-82和大肠杆菌小鼠中的协同进化。结果表明，Roseburia intestinalis L1-82超毒性突变噬菌体Shimadzu侵入了这个简化的肠道生态系统，并溶解绝大多数易感细菌，且噬菌体介导的细菌死亡驱动了细菌噬菌体抗性的快速进化。本研究表明，原噬菌体并不总是处于休眠状态，且在微生物群组成的短期时间变化中发挥重要作用。

噬菌体罗斯拜瑞氏菌进化肠道菌群 Haitao Chen

粪便银行

Gut：关于粪便银行的40条专家共识

粪菌移植（FMT）在治疗艰难梭菌感染方面有很好的效果，但目前存在缺乏专业机构、招募供体困难、监管和安全监测复杂等问题，阻碍了FMT的推广应用。正规的粪便银行可为相关问题提供解决方案，为此，来自欧洲、北美和澳大利亚的29位FMT专家，对用于FMT的粪便银行的多个注意事项和细则提出40条共识，有助于推广FMT的临床应用和对长期安全性的追踪评估。

粪便银行 Clostridioides difficile Fecal microbiota transplantation Guideline microbiota

家族性地中海热

家族性地中海热患者的菌群变化

Annals of the Rheumatic Diseases上发表的一项队列研究结果，分析了家族性地中海热患者的粪便菌群变化，并对比了并发AA型淀粉样变性及无并发AA型淀粉样变性的患者的菌群及炎症标志物的差异。

家族性地中海热 AA amyloidosis adipokines familial Mediterranean fever indoleamine 2

抗生素

肠道菌群组成可影响抗生素对菌群和宿主的作用

抗生素对肠道菌群和宿主的影响存在个体差异，有的人用了抗生素可能会拉肚子，而有的人可能没啥不适。Microbiome发表的一项研究表明，这种对抗生素的个体化应答，受用药前的肠道菌群组成的影响。这些发现再次提示，优化用药需考虑菌群因素。

抗生素 antibiotics Gut Microbiome Transcriptome

克罗恩病

Gut：回肠粘膜相关菌群或可预测克罗恩病术后复发情况

手术切除可用于治疗克罗恩病，但病情容易复发。《Gut》近期发表的一项研究，分析了克罗恩病患者手术时和术后的回肠粘膜相关菌群，鉴定出或可用于预测复发情况的肠道菌群成员，有助于术后启动早期预防性治疗。

克罗恩病回肠粘膜相关菌群预后评估回肠切除术 Jens Puschhof

肠道真菌失调

Gut：原发性硬化性胆管炎的肠道细菌和真菌失调

关注肠道真菌组的研究越来越多，《Gut》近期发表的一项研究，通过16S和ITS2测序，重点分析了原发性硬化性胆管炎（PSC）患者的肠道细菌和真菌组成，首次发现PSC患者存在肠道真菌失调，提示肠道真菌在PSC发病中可能具有潜在作用。

肠道真菌失调原发性硬化性胆管炎

菌群-宿主互作

影响炎症性肠病的，究竟是肠道菌群还是易感基因？

特定基因变体与共生菌类群与炎症性肠病（IBD）具有关联。《PLoS Genetics》近期发表研究，利用数据建模分析了易感基因与特征菌群在IBD患病风险中的关联，证实了共生菌群在IBD发病机制中确实存在作用，介导了易感基因诱发IBD的过程。该结果对研究IBD发病机制、菌群-宿主互作模式具有参考价值。

菌群-宿主互作炎症性肠病数据模型炎症性肠病