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文章数：9篇

国内团队：表观遗传如何调控肿瘤浸润T淋巴细胞

肿瘤反应性CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）是一种能够特异性识别和破坏肿瘤的T细胞亚型。了解肿瘤反应性CD8+ T细胞的调节机制具有重要的治疗意义。然而，这种T细胞亚型的DNA甲基化状态尚未被阐明。来自北京大学的张泽民、任仙文以及北京世纪坛医院的彭吉润研究团队近日在Genome Biology发表最新研究，支持DNA甲基化参与肿瘤反应性和旁观者CD8+ TILs的形成，并为开发新的DNA甲基化标志物和未来的治疗提供了宝贵资源。

结直肠癌 colorectal cancer Tumor-reactive T cells Bystanders Transcriptome

利用基因组和转录组，优化结直肠癌精准医疗（综述）

本综述讨论了结直肠癌相关基因组、转录组研究进展和临床转化，系统性介绍了科研数据和技术在结直肠癌诊断、用药选择、复发预测等方面的运用，指出需要进一步挖掘转录水平的关键因子，作为今后精准治疗结直肠癌的指导手段。本文有助于了解结直肠癌治疗的前沿进展，值得参考。

结直肠癌 colorectal cancer Genome next-generation sequencing novel drugs

肠道菌群组成可影响抗生素对菌群和宿主的作用

抗生素对肠道菌群和宿主的影响存在个体差异，有的人用了抗生素可能会拉肚子，而有的人可能没啥不适。Microbiome发表的一项研究表明，这种对抗生素的个体化应答，受用药前的肠道菌群组成的影响。这些发现再次提示，优化用药需考虑菌群因素。

抗生素 antibiotics Gut Microbiome Transcriptome

Cell子刊：研究菌群-饮食-宿主互作的人源化小鼠模型

肠道菌群通过与饮食成分互作，影响宿主代谢，但由于饮食和菌群的复杂性，研究菌群-饮食-宿主互作存在比较大的挑战。《Cell Reports》发表的一项最新研究，建立了一种简化的人肠道菌群小鼠模型，并用该模型分析了膳食纤维、饱和脂肪和蔗糖对肠道菌群的影响，以及菌群-饮食互作对血液代谢物和宿主代谢的具体影响，对于研究菌群内互作和菌群-饮食-宿主代谢互作都很有参考价值。

小鼠模型饮食-菌群-宿主互作 microbiota Diet Transcriptome

Cell子刊：禁食如何影响生物钟

进食可影响生物钟，但禁食的影响仍待研究。Cell Reports近期发表研究，表明禁食可改变肝脏和骨骼肌的节律性基因表达，通过影响生物钟和对禁食敏感的转录因子，来实现禁食特异的时间基因调控。

禁食生物钟 RNA-seq circadian clock

呼吸道菌群

综合呼吸道中的菌群、致病菌及宿主转录组的数据以诊断下呼吸道感染

在重症患者中，如何区分下呼吸道感染与非感染性炎症症状是一大难题。PNAS上发表的一项最新研究，结合患者呼吸道的菌群、致病菌及宿主基因表达数据构建算法模型，可以较高的准确率在重症患者中诊断下呼吸道感染。

呼吸道菌群 Lower respiratory tract infection Mechanical ventilation next-generation sequencing pneumonia

Cell子刊：短期禁食后，肝脏代谢有性别差异

Cell Metabolism上发表的一项最新研究，发现小鼠肝脏对于短期禁食的应答存在性别差异，雌鼠更倾向于在禁食状态下利用氨基酸合成脂质，而雌激素受体（ERα）在其中起到了重要作用。该研究对开发用于调节能量代谢的性别特异的饮食和药物干预策略，很有参考价值。

性别差异短期禁食氨基酸代谢糖异生雌激素受体

造血细胞移植

AJRCCM：利用宏基因组测序“揪出”隐藏的病原体

这篇短文介绍了通过宏基因组测序，在造血细胞移植患者的呼吸道中鉴定出一般临床诊断方法无法检测出的病原体，很值得一读，特别推荐。

造血细胞移植急性呼吸道疾病人冠状病毒人轮状病毒 bone marrow transplant

Gene prediction

赵方庆团队：无需参考基因组而直接识别基因的新算法

中科院北京生科院赵方庆老师和团队关于基因构建的方法学文献，很值得一读。

Gene prediction phylogenomics Transcriptome de Bruijn graph Giovanni Cammarota