RNA-seq

Software RNA-seq meta-transcriptomics microbiota host–microbiota interaction

肠道是饮食和药物成分发生二次反应的大熔炉，2021年8月13日，Journal of Genetics and Genomics在线发表了浙江省农科院省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室王欣研究员团队、中国海洋大学于广利教授团队和中国人民解放军陆军军医大学魏泓教授团队合作完成的“Carrageenan oligosaccharides and associatedcarrageenan-degrading bacteria induce intestinal inflammation in germ-free mice”的研究论文。该论文报道了肠道分离获得的卡拉胶降解菌可以加重诱发直肠炎症。该研究为进一步认识卡拉胶的安全性，规范卡拉胶在食品和药品生产中的应用提供参考。

卡拉胶肠道细菌木糖拟杆菌 RNA-seq 免疫

乳糜泻

乳糜泻患者摄入谷蛋白后的肠道黏膜基因表达变化

CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology上发表的一项最新研究，对15名长期严格摄入无谷蛋白饮食的乳糜泻患者的十二指肠活检样本进行转录组分析，发现在摄入谷蛋白之前，患者与健康人的肠道粘膜基因表达即存在显著差异；而在摄入谷蛋白之后，肠道粘膜基因表达发生进一步的变化，且该变化与组织损伤相关。

乳糜泻 Gluten challenge RNA-seq Celiac disease Gluten-free diet

基因-表型相关性

Cell子刊：艰难梭菌感染的新机制

艰难梭菌感染（Clostridioides difficile infection，CDI）可导致严重炎症和胃肠道损伤，这种炎性组织损伤导致感染部位宿主来源的血红素浓度增高。因其高氧化还原活性，血红素对专性厌氧的C. difficile具有一定毒性。C. difficile可通过HatRT外排系统减少其毒性，但HatRT对C. difficile定殖和肠道内维持并不起作用，表明存在另外的血红素应对机制。发表在《Cell Host and Microbe》上的一项研究发现了一个血红素感应系统，其中HsmR通过结合血红素激活HsmA表达，后者可降低血红素毒性并利用血红素降低氧化应激压力，从而实现在肠道内定植并赋予艰难梭菌对常用CDI治疗药物万古霉素的抗性，表明靶向HsmR或HsmA的药物开发或可用于CDI治疗。

基因-表型相关性艰难梭菌 Clostridioides difficile heme utilization antibiotic sensitivity

饮食-免疫互作

Cell子刊：正常进食和长期高脂饮食对巨噬细胞有何不同影响

营养摄入的变化可在细胞及器官水平调控代谢过程，从而影响免疫系统，例如长期过多营养的摄入可能导致低度系统性炎症。Cell Reports上发表的一项最新研究，对小鼠的6种组织驻留性巨噬细胞（脂肪组织、结肠、胰岛、肝脏、脑、腹膜）及血液单核细胞进行转录组分析，鉴定出了在短期进食及长期高脂饮食后，不同组织中的巨噬细胞产生的不同转录应答，并发现HSP70通过发挥抗炎作用调控巨噬细胞对代谢变化的应答。

饮食-免疫互作 HSP IL-1 Diabetes High fat diet

早产儿

多组学技术助力早产儿支气管肺发育异常疾病研究

本研究关注早产儿是否发生支气管肺发育异常者其肠道菌群结构以及血转录组学改变，结果提示早产儿的肠道菌群或可通过影响免疫调控从而改变早产儿疾病风险。该研究结合了微生物组学及代谢组学研究结果，为早产儿疾病风险机制研究提供了新的思路和方法。

早产儿 BPD RNA-seq VLBW fecal organisms

太空飞行

航天飞行如何改变小鼠肠道菌群？

Microbiome近期发表一项有意思的研究，分析了太空飞行给小鼠肠道菌群带来的变化，提示太空失重等因素可能影响菌群的组成和代谢功能，而菌群的变化可能反过来对宿主代谢产生影响，这些发现有助于理解太空生活对宇航员的菌群和健康的作用，为将来开发干预方法奠定基础。

太空飞行 16S rRNA amplicon sequencing Cosmic radiation Microgravity RNA-seq

长寿

Cell子刊：长寿相关基因表达特征助力研发长寿干预方法

Cell Metabolism上发表的一项最新研究，在小鼠中鉴定出了与特定的长寿相关基因表达模式，并基于该模式发现了一些新的潜在长寿干预措施。

长寿 aging longevity lifespan extension lifespan-extending interventions

天然淋巴细胞

Cell子刊：肠道天然淋巴细胞的转录调控网络

天然淋巴细胞肠道免疫天然淋巴细胞 RNA-seq ATAC-seq

先天性免疫反应

通过餐后血液转录组分析高脂饮食引起的先天性免疫应答

Journal of Nutritional Biochemistry上发表的一项最新研究，在受试者摄入高脂饮食期间，分析进食前后的血液转录组变化。血液中基因表达的动态时间变化表明，在多个时间点监测特定先天性免疫应答基因，可评估个体对高脂饮食诱发餐后炎症的反应。

先天性免疫反应 Biomarkers Blood transcriptome High-fat Inflammation

肝脏生物钟

Cell子刊：进食节律影响肝脏代谢及信号通路基因的节律性表达

肝脏生物钟 circadian clock biological rhythms mouse Liver

菌群-宿主互作

猕猴慢性腹泻中的菌群-宿主互作机制

《Microbiome》近期发表的一项研究，通过粪便宏转录组学方法，分析了恒河猴特发性慢性腹泻（ICD）中的宿主和肠道菌群的基因表达变化，表明ICD肠道菌群中，致病菌基因表达增加、黏蛋白降解作用增强、对岩藻糖的利用发生改变，而宿主生成的岩藻糖基化黏蛋白，可被菌群中的潜在致病菌作为碳源或黏附位点所利用，从而促进疾病。这些发现对于研究肠道疾病中的菌群-宿主互作机制，有参考意义。

菌群-宿主互作慢性特发性腹泻 Colitis diarrhea Dysbiosis

禁食

Cell子刊：禁食如何影响生物钟

进食可影响生物钟，但禁食的影响仍待研究。Cell Reports近期发表研究，表明禁食可改变肝脏和骨骼肌的节律性基因表达，通过影响生物钟和对禁食敏感的转录因子，来实现禁食特异的时间基因调控。

禁食生物钟 RNA-seq circadian clock

甘露糖

Cell子刊：甘露糖改善小鼠肠道菌群并抑制肥胖

来自Cell Reports上发表的一项最新研究，发现生命早期补充甘露糖可抑制高脂饮食诱导的小鼠肥胖，但在小鼠肥胖发生后再补充甘露糖则无此效果。甘露糖可能是通过改善小鼠的肠道菌群，降低小鼠对能量的摄取，从而达到抑制肥胖的作用。

mannose high-fat diet Obesity gut microbiome RNA-seq

肝细胞癌(HCC)

北大、世纪坛、安进强强联手：cell杂志发文揭秘肝癌免疫微环境

① 对6例肝细胞癌（HCC）患者的外周血、肿瘤和连接的正常组织中分离的5063个T细胞进行深度单细胞RNA测序；② 这些单个细胞的转录情况，及组装的T细胞受体（TCR）测序，根据其分子和功能特性，可鉴定出11个T细胞亚群，划定其发展轨迹；③ HCC中优先富集和强效地克隆扩增耗竭的CD8（+） T细胞和Tregs特定亚群，鉴定出每一亚群的特征性基因；④ 其中layilin基因在活化的CD8（+） T细胞和Tregs中上调，在体外抑制CD8（+） T细胞的功能。

肝细胞癌(HCC) RNA测序 T细胞受体(TCR) CD8(+) T细胞免疫治疗