ATAC-seq

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文章数：4篇

南京大学iMeta：用于构建基因动态调控和网络的整合分析平台

南京大学陈迪俊团队在iMeta发表研究，推出了cisDynet，旨在利用染色质可及性数据为顺式调控动态和基因调控网络建模, cisDynet使用 Snakemake 和 R 函数将数据预处理和高级下游分析功能结合在一起。cisDynet 为研究人员提供了一个用户友好型解决方案，最大限度地减少了编程的需要，确保了结果的可重复性，并大大简化了表观基因组数据的探索。

ATAC-seq 染色质可及性基因表达全基因组关联分析（GWAS）调控网络

菌群-宿主互作

肠道菌群可广泛的重塑宿主基因表达

肠道菌群与肠上皮细胞的接触可能会引起宿主基因表达的变化。为了检验这一假设，作者从5个健康人身上提取肠道菌群，并通过将肠道菌群与肠上皮细胞的共培养的方法来检测二者间的相互作用。

菌群-宿主互作 GENE EXPRESSION genomics Microbiome 共培养

天然淋巴细胞

Cell子刊：肠道天然淋巴细胞的转录调控网络

Immunity上发表的一项最新研究，通过RNA-seq及ATAC-seq技术，分析了肠道天然淋巴细胞（ILC）的基因表达谱，重点关注了转录因子对ILC表型及功能的调控网络。

天然淋巴细胞肠道免疫天然淋巴细胞 RNA-seq ATAC-seq

gut microbiota–immune cell interactions

PNAS：肠道菌群改变肠上皮淋巴细胞的表观遗传

肠道菌群如何影响宿主基因的表达，这是个很重要的问题，PNAS上这篇文献必须值得大家看看。

ATAC-seq enhancers of gut intraepithelial lymphocytes gnotobiotic mice gut microbiota–immune cell interactions transcription factors