genomics

益生菌表观遗传 probiotics epigenetics genomics

海洋细菌和古菌在全球生物地球化学中扮演重要角色。Cell近期发表的一项研究，使用随机化的单细胞基因组学方法构建了1个全球热带海洋参考基因组（GORG-Tropics）数据集，揭示了海洋浮游细菌和古菌的复杂和多样性。

海洋菌群 genomics Reference database microbial ecology plankton

肠道菌群的多样性受多种因素的调节。Microbiome 上的这一研究通过整合问卷调查、血液指标测量、医疗记录等多种来源的数据，得出了110个与人口、医疗和环境相关的因素，包括人口学特征、生理指标、饮食习惯、生活习惯、医疗记录等六大类。这些指标被用于更全面评估不同因素对肠道菌群的影响。

肠道菌群 16S rRNA gene sequencing Demographics environment GWAS

菌群-宿主互作

肠道菌群可广泛的重塑宿主基因表达

肠道菌群与肠上皮细胞的接触可能会引起宿主基因表达的变化。为了检验这一假设，作者从5个健康人身上提取肠道菌群，并通过将肠道菌群与肠上皮细胞的共培养的方法来检测二者间的相互作用。

菌群-宿主互作 GENE EXPRESSION genomics Microbiome 共培养

人肠道菌群

Nature子刊：人体肠道菌群研究再添重要资源

肠道菌群研究的下个阶段，将在菌株水平分析肠道菌对宿主健康的作用机制。Nature Medicine发表的最新研究，介绍了一个大型的人肠道菌群资源库BIO-ML，不仅包含近8000个肠道菌分离株和3600多个菌株的基因组序列，还包括80多人的多组学纵向数据，为研究肠道菌群动态和机制再添有力资源。

人肠道菌群 Microbial communities Genetics Genome genomics

菌株培养

宏基因组+培养，分离新型肠道双歧杆菌

共生菌群中存在这许多未知微生物。《Genome Biology》近期发表研究，从菌群宏基因组数据中分析了碳源代谢情况，并以此为依据从哺乳动物粪便菌群中分离培养出新的双歧杆菌。该方法为进一步探知共生菌群中的未知微生物提供了参考方法。

菌株培养新肠道细菌 genomics Human gut commensals metagenomics

AFM

致儿童瘫痪的潜在肠道病毒

尽管小儿麻痹症已基本被消灭，近年来又零星出现新的致儿童瘫痪的不明病原体感染疾病，比如急性弛缓性脊髓炎（AFM），有研究指出其背后的元凶可能是一种肠道病毒。mBio近期发表研究，用多种基因组学方法分析了美国2016年11例疑似AFM的患者样本，检测出肠病毒D68很可能是导致AFM的病原体，为该病的临床诊断提供了新思路和证据。

AFM EV-D68 acute flaccid myelitis enterovirus genomics

植物菌群

Cell子刊：运用组学方法揭示植物共生菌群功能（综述）

植物-菌群互作对植物的生长具有重要影响，而阐释共生菌群的基因功能对研究植物-菌群互作非常重要。本综述回顾了研究共生菌群功能的多组学方法，比较了各种组学方法在阐释共生菌群基因功能上的优缺点，并总结了目前已发现植物共生菌群功能。本文对研究植物-菌群互作，并以此开发促进作物生长的新手段具有参考价值。

植物菌群 gene function genomics metabolomics Omics

无性干涉

Cell: 共生菌群通过不断演化适应宿主及环境（综述）

Cell[IF：30.41]近期发表综述，总结了近年来人体共生菌群适应性演化相关领域的研究进展，指出共生菌群的演化是在菌株、菌群、生境多个层次同时发生的，而且与宿主密切相关。文章引用了大量肠道菌群、皮肤菌群相关人体研究成果，从遗传学、微生物生态学角度对饮食、抗生素、重金属、菌株间竞争等筛选压力导致的菌群变化做了系统性论述，值得专业人士参考。

无性干涉菌群演化人体菌群 clonal interference colonization

组学

Cell子刊：增重或减重期间的综合组学特征

这是Cell Systems[IF：8.406]在近期发表的一篇很有意义的研究，分析了健康志愿者在30天增重、7天体重维持、30天减重的体重变化期间的各种组学特征的变化。这会是很多专业人士所关注的，特别推荐。

组学体重变化 genomics metabolomics Microbiome

细菌天然产物

TB：在放线菌中寻找细菌天然产物

这是 Trends in Biotechnology[IF：11.126]发表的关于利用基因组分析技术在特定细菌中寻找天然生物活性物质的文献，值得关注在细菌中“寻宝”的专业人士好好读一读。

细菌天然产物放线菌 actinomycetes genomics mining

双歧杆菌

TM：双歧杆菌如何利用多糖和喂养其他细菌？（综述）

这是一篇针对双歧杆菌的重要综述，系统性总结了双歧杆菌如何利用多糖的机制，以及其如何通过代谢多糖为其他细菌提供食物。很精彩的综述，特别推荐。

双歧杆菌多糖利用互养 Bifidobacterium genomics

双歧杆菌

CMLS：双歧杆菌在婴儿肠道中的作用（综述）

在婴儿肠道中，双歧杆菌绝对是最受关注的细菌之一，那它们到底都有什么？有什么用？必须好好看看本文。

双歧杆菌 BIFIDOBACTERIA genomics metagenomics Microbiome

eggNOG

高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

eggNOG 功能注释同源基因鸟枪法宏基因组学功能基因注释

菌群代谢

JBC：宿主-菌群代谢互作（综述）

老牌杂志JBC推出的宿主-菌群代谢互作的综述，值得认真读一读。

菌群代谢基因组学代谢组学 bacteria epigenetics

Genomic evolution

Microbiome：在冰冻木乃伊人体里都有些什么细菌？

提醒提醒：因为样本难得，古人类中的菌群研究容易发高分文章哦。

Genomic evolution genomics gut bacteria metagenomics Helen R Murphy

genomics

PNAS：不同文库制备方法对微生物组测序影响巨大

去年发表在PNAS上的重要文献，对不同文库制备方法对基因组和功能属性影响做了详细研究分析，是很值得一读的方法学文献。

genomics Microbiome sequencing