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文章数：5篇

IMG/VR数据库

IMG/VR v3：一个用于查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架

本研究中，作者提出了IMG/VR的第三个版本，其由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组(UViGs)组成，与之前的版本相比，序列总数几乎增加了两倍。新的IMG/VR界面使用户能够根据基因组特征和/或序列相似度有效地浏览、搜索和选择UViG。IMG/VR v3可在 https://img.jgi.doe.gov/vr 登入，基础数据可在 https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG_VR 下载，完整的 IMG/VR 数据库可在 https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=IMG_VR 上下载。

IMG/VR数据库病毒基因组基因组质量评估功能注释宿主预测

微生物参考基因组

Nature子刊：高达20万个微生物的人类肠道微生物组参考基因组集

人类肠道微生物组与人类健康和疾病有关的重要表型密切相关。缺乏足够微生物多样性的完整参考基因组，妨碍了对微生物组中单个物种的作用及其功能和相互作用的理解。因此，建立微生物参考基因组和基因的整合数据库，是准确表征肠道微生物物种分类和功能的重要步骤。本文生成了代表人类肠道微生物组的20万个基因组和1.71亿个蛋白质序列的基因集，其中的4,644个物种中，有71％缺乏培养的菌株，表明大多数微生物仍有待实验表征。本研究获得的高质量参考基因组集可极大提高宏基因组研究的分辨率和准确性，对人类肠道微生物组与表型的关联分析提供了数据基础。遥想十年前Science和Nature发表的微生物组里程碑研究中鉴定出的178个微生物基因组和330万个微生物基因（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070911392）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1083232040），这十年间科学家们在微生物组参考基因集方面的进展速度可谓是呈指数级增长。

微生物参考基因组肠道微生物组 UHGP 功能注释宏基因组组装基因组

宏基因组分析工具

可跨地区和不同研究的宏基因组整合分析和功能比较流程

来自麻省理工大学Bonnie Berger课题组（近2万引用的生物大佬）最近在《Genome Biology》（IF > 14）杂志上发表整合宏基因组功能注释和比较流程，可实现跨地区、不同实验差异较大研究的整合分析，同时比现有工具功能注释更全面，对开展宏基因组数据整合分析的用户，值得关注。

宏基因组分析工具 Comparative functional metagenomics Functional profiling Metagenomic binning Alignment-free binning

高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

eggNOG 功能注释同源基因鸟枪法宏基因组学功能基因注释

功能基因组学

mBio：如何对微生物基因组进行功能注释？

功能基因组的研究正在火热推进中，对微生物基因组进行功能注释非常必要，关于这方面的进展，这篇文章值得一读。

功能基因组学功能注释微生物基因组 Claudia Carvalho-Queiroz Eva Sverremark-Ekström