宏基因组组装基因组

搜索
登录

宏基因组组装基因组

文章数：8篇

刘庆友+陈卫华：构建山羊肠道微生物基因组目录

佛山科学技术学院刘庆友、华中科技大学卫华与团队近期在Microbiome发表研究，对来自不同胃肠道部位、不同年龄、不同饲养方式和不同地理位置的268只山羊的497个样本进行了全面的微生物生态结构调查。本研究中的山羊肠道微生物基因组目录通过菌群-宿主相互作用提供了山羊肠道菌群的功能参考蓝图，并为微生物干预提供了途径，以实现更好的山羊营养改善、饲养效率和降低甲烷饲养模式优化奠定了基础。

山羊胃肠道宏基因组组装基因组细菌组病毒组

刘洋彧等Nature子刊：利用MAGs剖析人类肠道菌群在新冠中的作用

新冠病毒已席卷全球，目前还缺乏有效的防治措施，患者常伴有胃肠道症状。近日，哈佛大学医学院刘洋彧及团队发表在Nature Communications的最新研究，纳入六个独立队列共514个新冠肺炎相关的鼻咽和粪便样本，通过重建宏基因组组装基因组（MAGs）探究人类肠道菌群在新冠中的作用，获得了11584个MAGs。发现新冠患者多种物种的菌株丰富度显著降低，相关代谢途径和健康个体也不同，值得关注。

新冠肺炎研究论文基础研究肠道菌群 COVID‐19

靶向基因组挖掘

ARTS-DB：抗生素抗性靶标数据库

本文中作者展示了抗生素抗性靶标搜寻器（ARTS）数据库，这是一个综合性存储库，包含来自 NCBI 的 RefSeq 和 GEM 目录的高质量细菌基因组集，并使用靶向基因组挖掘（TDGM ）策略进行处理。ARTS 数据库允许研究人员快速访问预先计算的 ARTS 结果并通过更广泛的视野探索细菌界。作者相信 ARTS 数据库将成为寻找新型天然产物的重要资源。ARTS 数据库可在 https://arts-db.ziemertlab.com/ 上在线公开访问，没有访问限制。

靶向基因组挖掘 ARTS 数据库生物合成基因簇宏基因组组装基因组抗生素

宏基因组鸟枪法测序

整合亚洲人类肠道菌群的新版基因组集

通过包括以前代表性不足的亚洲国家、韩国、印度和日本的肠道宏基因组，作者开发了一个大幅扩展的微生物组集-人类参考肠道菌群（HRGM）。微生物基因组和编码基因的信息可公开获取（www.mbiomenet.org/HRGM/）。 HRGM 将有助于疾病相关肠道微生物群的识别和功能分析。

宏基因组鸟枪法测序人类肠道菌群宏基因组组装基因组交叉反应性抗原

反刍动物胃肠道菌群

毛胜勇等：反刍动物全消化道微生物组基因集+1万个MAG

胃肠道菌群在反刍动物的健康中有重要作用，但此前研究大多聚焦瘤胃菌群，而忽略了反刍动物胃肠道其他区域的菌群。Microbiome近期发表了南京农业大学毛胜勇、吉林农业大学李志鹏、西北工业大学邱强、中科院亚热带农业生态研究所王敏与团队的研究，通过宏基因组分析，首次构建了反刍动物全消化道微生物基因集，获得了超过10000个宏基因组组装基因组（MAG），鉴定出近9000种潜在的新细菌和古菌，大幅扩充了对反刍动物全消化道菌群的认知，为深入研究胃肠道菌群对反刍动物健康和生产的影响提供了重要资源。

反刍动物胃肠道菌群宏基因组组装基因组

Cell子刊：肠道粪杆菌属细菌的多样性

粪杆菌（Faecalibacterium）属细菌广泛存在于人体肠道中，在开发下一代益生菌（next-generation probiotics，NGPs）或生物治疗药物方面具有广阔前景。但对于其多样性的认识十分有限。发表在Current Biology上的一项研究通过宏基因组组装，系统分析了粪杆菌属细菌在人类肠道中的多样性以及与年龄、地理、疾病等的相关性，极大丰富了对该类细菌的认识。

粪杆菌属 Faecalibacterium prausnitzii gut microbiome strain diversity Pangenome

牛瘤胃菌群

1200个非洲牛瘤胃微生物基因组

Boran牛是撒哈拉以南非洲的本土瘤牛品种，对恶劣的热带环境有很好的适应性，受经济和饲料品质限制，这些牛通常处于饲喂不足的状态，这种饲养条件对于牛瘤胃微生物组的影响尚不清楚。Genome Biology发表的一项研究通过宏基因组学方法，获得了1200个来自Boran牛瘤胃的高质量宏基因组组装基因组，并对其组成和功能，以及饲喂不足产生的影响，进行了分析。

牛瘤胃菌群宏基因组组装基因组

微生物参考基因组

Nature子刊：高达20万个微生物的人类肠道微生物组参考基因组集

人类肠道微生物组与人类健康和疾病有关的重要表型密切相关。缺乏足够微生物多样性的完整参考基因组，妨碍了对微生物组中单个物种的作用及其功能和相互作用的理解。因此，建立微生物参考基因组和基因的整合数据库，是准确表征肠道微生物物种分类和功能的重要步骤。本文生成了代表人类肠道微生物组的20万个基因组和1.71亿个蛋白质序列的基因集，其中的4,644个物种中，有71％缺乏培养的菌株，表明大多数微生物仍有待实验表征。本研究获得的高质量参考基因组集可极大提高宏基因组研究的分辨率和准确性，对人类肠道微生物组与表型的关联分析提供了数据基础。遥想十年前Science和Nature发表的微生物组里程碑研究中鉴定出的178个微生物基因组和330万个微生物基因（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070911392）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1083232040），这十年间科学家们在微生物组参考基因集方面的进展速度可谓是呈指数级增长。

微生物参考基因组肠道微生物组 UHGP 功能注释宏基因组组装基因组