人类肠道菌群

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人类肠道菌群

文章数：8篇

宏基因组研究

南方科技大学：纳米孔选择测序挖掘稀有菌落

肠道菌群中包含有大量稀有菌群，而这些稀有菌群在整个机体的微生态系统的健康和稳定性方面发挥重要的作用。但目前肠道菌群的研究中，稀有菌群是研究的忙点之一，这主要是由于稀有菌群因为其个体生长速度缓慢等原因，在整个肠道菌群中含量稀少，无论是传统的方法还是宏基因组的研究中这部分数据很难被捕获。近期南方科技大学的夏雨团队在Genome Research发表了其课题组最新的研究成果，他们建立一种纳米孔选择测序技术（metaRUpore)，该技术可以极大的降低高丰度菌的测序而适度增加稀有菌的测序覆盖率，对肠道微生物群落宏基因研究提供了积极的技术提升。

宏基因组研究 MetaRUpore 纳米孔选择测序技术稀有菌群研究论文

红甜菜根花青素可调节健康成年人肠道菌群

红甜菜根富含生物活性物质，包括甜菜碱和多酚，具有抗炎作用。Food Chemistry近期发表的文章研究了食用红甜菜根汁与健康成人肠道菌群之间的关系。

红甜菜根人类肠道菌群研究论文

人类肠道菌群

iMeta：马迎飞团队开发基于神经网络分析肠道菌群的方法

该研究开发了一种结合神经网络和随机森林的框架，从宏基因组数据集鉴定出40个标记物种和90个标记基因，在预测中获得了更高的准确性，本研究提供了一种新的思路来识别疾病相关生物标记物并分析它们在疾病发展中所扮演的角色。

人类肠道菌群神经网络随机森林二型糖尿病相关生物标记物

人类肠道菌群

Nature子刊：定量揭示人肠道菌群的变化性——对临床研究有何影响？

人肠道菌群不仅具有个体间差异，在同一个体内也呈现随时间的动态变化。Nature Communications近期发表研究，对20名比利时健康女性进行为期6周的密集式粪便采样，对共713个样本进行定量分析，在菌属水平上揭示了个体内和个体间的肠道细菌绝对丰度和相对丰度的变化性，还从菌群整体（肠型）的角度进行了分析，并探索了与菌群组成变异性相关的宿主协变量。鉴于菌群的这种波动性变化，该研究强调了多次采样对基于微生物组的靶标鉴定和诊断筛查的重要性。

人类肠道菌群临床微生物组分析菌群变化

人体十二指肠菌群

Cell子刊：小肠菌群与衰老密切相关

人肠道内驻留着约有3.83万亿的各种微生物，对人类健康发挥着重要的作用。肠道菌群异常会导致包括炎症性肠病、2型糖尿病等疾病的发生。此前人们一直认为肠道菌群在个体成年后会相对稳定，但近期有报道显示肠道菌群的组成变化与衰老有关。但是，目前大多关于肠道菌群的研究均是通过对个体大便中的微生物进行，远远不能体现肠道菌群的情况。最近一篇发表在Cell子刊Cell Reports上的研究，通过其实验室此前建立的有效检测小肠内不同区段肠道微生物的方法，针对18-80岁的人群队列的小肠菌群进行了分析，结果显示随着年龄和衰老的过程，小肠菌群发生了巨大的变化，包括有多样性降低，变形菌和大肠杆菌增多。这些结果为通过小肠菌群干预缓解年龄对代谢和免疫功能的影响提供了重要的理论依据。

人体十二指肠菌群生理年龄伴随疾病用药情况衰老进程

宏基因组鸟枪法测序

整合亚洲人类肠道菌群的新版基因组集

通过包括以前代表性不足的亚洲国家、韩国、印度和日本的肠道宏基因组，作者开发了一个大幅扩展的微生物组集-人类参考肠道菌群（HRGM）。微生物基因组和编码基因的信息可公开获取（www.mbiomenet.org/HRGM/）。 HRGM 将有助于疾病相关肠道微生物群的识别和功能分析。

宏基因组鸟枪法测序人类肠道菌群宏基因组组装基因组交叉反应性抗原

人类肠道菌群

宏基因组数据构建的人肠道原核微生物基因组集HumGut

本研究创建一个最通用的健康人类肠道原核基因组集合，用于作为菌群研究的参考数据库。包括来自人类肠道的 MAG 和普通的 RefSeq 基因组。HumGut 集合包含 > 30,000 个基因组，以 97.5% 的序列相似性水平进行聚类，并按人类肠道中流行率排序。作者展示了来自 IBD 患者的宏基因组同样很好地比对到这个基因组集，表明这个参考数据库也与用于获得 HumGut 的宏基因组参考数据库之外的研究相关。所有数据和元数据以及有用的代码都可以在 http://arken.nmbu.no/~larssn/humgut/ 上找到。

人类肠道菌群基因组集数据库

宏基因组测序

SCAPP：组装宏基因组质粒的Python包

本研究开发了 SCAPP（一个易于使用的 Python 包），可以从宏基因组样本中组装完整的质粒序列。SCAPP 以 Recycler 算法的一些关键思想为基础，同时通过整合有关质粒的生物学知识改进质粒组装。在大多数情况下，它的性能优于现有的宏基因组质粒组装软件，SCAPP 是开源软件，可从以下网址获得：https://github.com/Shamir-Lab/SCAPP。

宏基因组测序组装质粒算法 Python