宏基因组研究

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宏基因组研究

南方科技大学：纳米孔选择测序挖掘稀有菌落

肠道菌群中包含有大量稀有菌群，而这些稀有菌群在整个机体的微生态系统的健康和稳定性方面发挥重要的作用。但目前肠道菌群的研究中，稀有菌群是研究的忙点之一，这主要是由于稀有菌群因为其个体生长速度缓慢等原因，在整个肠道菌群中含量稀少，无论是传统的方法还是宏基因组的研究中这部分数据很难被捕获。近期南方科技大学的夏雨团队在Genome Research发表了其课题组最新的研究成果，他们建立一种纳米孔选择测序技术（metaRUpore)，该技术可以极大的降低高丰度菌的测序而适度增加稀有菌的测序覆盖率，对肠道微生物群落宏基因研究提供了积极的技术提升。

宏基因组研究 MetaRUpore 纳米孔选择测序技术稀有菌群研究论文

宿主-菌群蛋白间相互作用捕捉疾病相关通路

为了确定人类相关细菌影响宿主健康的潜在途径，作者利用公开可用的种间蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 数据来寻找与已知人类-蛋白质相互作用物具有高度序列同一性的菌群衍生蛋白质簇，并在九项独立的宏基因组研究中观察到推定的人类相互作用细菌基因的不同靶向，作者表示这种以宿主为中心的分析提供了一个机械假设生成平台，并广泛地将人类功能注释添加到共生细菌蛋白中。总之作者探索了肠道菌群中与结合人类蛋白质的相互作用物具有同源性的蛋白质，为了只研究那些与疾病相关的相互作用，作者检查了它们在九个宏基因组群中的丰度，将数百种菌群蛋白推定为与疾病相关的角色。

宿主-菌群宿主健康蛋白-蛋白相互作用宏基因组研究同源性