同源性

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文章数：3篇

宿主-菌群蛋白间相互作用捕捉疾病相关通路

为了确定人类相关细菌影响宿主健康的潜在途径，作者利用公开可用的种间蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 数据来寻找与已知人类-蛋白质相互作用物具有高度序列同一性的菌群衍生蛋白质簇，并在九项独立的宏基因组研究中观察到推定的人类相互作用细菌基因的不同靶向，作者表示这种以宿主为中心的分析提供了一个机械假设生成平台，并广泛地将人类功能注释添加到共生细菌蛋白中。总之作者探索了肠道菌群中与结合人类蛋白质的相互作用物具有同源性的蛋白质，为了只研究那些与疾病相关的相互作用，作者检查了它们在九个宏基因组群中的丰度，将数百种菌群蛋白推定为与疾病相关的角色。

宿主-菌群宿主健康蛋白-蛋白相互作用宏基因组研究同源性

中科院病毒所石正丽团队发表武汉新型冠状病毒及其可能的蝙蝠起源

2020年1月23日，中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队在bioRxiv预印版平台上发表文章Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin，报道了武汉新型冠状病毒nCoV-2019。在该篇文章中，石正丽团队报道了这次在武汉最新发现的冠状病毒——nCoV-2019，该病毒导致了这一次流行病的爆发，在早期开始的时候，从5名病人体内获得了该病毒的全基因组，其中这5例基因组基本上一致，并与SARS-CoV序列的一致性有79.5%。重要的是，nCoV-2019与一种蝙蝠中的冠状病毒的序列一致性高达96%。通过对其保守的7个非结构蛋白进行对比，发现nCoV-2019属于SARSr-CoV，另外，nCoV-2019进入细胞的受体与SARS-CoV一样，均为ACE2。

冠状病毒同源性蝙蝠 ACE2 spike基因

PhiSpy：在细菌基因组中识别噬菌体

在微生物基因组中发现溶源噬菌体仍然是一个没有明确解决办法的问题。之前的大多数工具依赖于检测含有已知噬菌体同源物的蛋白质编码基因的基因组区域，这阻碍了噬菌体区域的从头发现。在本文中，作者结合了两种方法（基于相似性和基于成分的分析），提出了一种自动化应用程序-PhiSpy，该应用程序可以识别与已知噬菌体基因具有或不具有同源性的噬菌体。PhiSpy是一个在细菌（或者古菌）基因组中识别溶源噬菌体的工具。输入一个经过注释的基因组，它会识别出其中最可能是噬菌体的区域。PhiSpy的原理是识别出溶源噬菌体的几个显著特征，包括：蛋白质长度，转录链的方向，AT、CG的偏斜性，噬菌体特异字长的丰度，噬菌体的插入位点和噬菌体蛋白的相似性。在测试数据集中，其可以准确预测94%的溶源噬菌体，假阴性率为6%，假阳性率为0.66%。

PhiSpy 溶源噬菌体同源性随机森林细菌基因组