微生物基因组

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文章数：5篇

毛胜勇+刘军花：全面分析反刍动物胃肠道菌群的维生素B和K2生物合成

在畜牧养殖中，向日粮中添加维生素有助于改善动物健康，但增加成本。很多胃肠道微生物具有合成维生素的能力，如能善加利用可帮助减少过多的维生素补充，从而降低养殖成本。南京农业大学的毛胜勇、刘军花与团队在Microbiome发表最新研究，全面分析了参与反刍动物维生素B族和K2生物合成的胃肠道微生物基因和基因组，揭示了维生素生物合成在胃肠道中的分布特点和饮食的影响，并特别分析了菌群的钴胺（维生素B12）生物合成。这些发现有望为增强反刍动物胃肠道微生物的维生素B族和K2生物合成，提供新的解决方案。

动物菌群反刍动物胃肠道菌群维生素B 维生素K2 生物合成

中科院微生物所Science：护卫CRISPR-Cas的全新毒素-抗毒素RNA系统

中科院微生物所向华/李明组在自然界分布最广泛的I型CRISPR-Cas基因簇内部发现了一类特殊的RNA“暗物质”：一类前所未见的对其偶联的CRISPR-Cas系统具护卫功能的一对RNA的毒素-抗毒素（CreTA）系统。由于CRISPR-Cas系统可利用RNA抗毒素CreA控制RNA毒素CreT的表达，使宿主菌无法丢失其CRISPR-Cas系统（对其“上瘾”）。因为一旦CRISPR-Cas组分被破坏，就会诱导CreT毒素的表达，从而抑制甚或杀死该宿主菌，从而保护了CRISPR-Cas系统在细胞群体中的稳定存在。这一“成瘾”机制的发现为理解CRISPR-Cas系统的稳定性维持和广泛性分布提供了全新视角，同时该文还揭示了一大类前所未知、功能多样的小RNA，开辟了一个全新的研究领域。

CRISPR-Cas CreTA 小RNA 基因簇基因调控

种内多样性

Nature Reviews：定义微生物组的种内多样性-菌株（综述）

传统意义上，研究种内变异仅限于可培养的细菌分离株和低分辨率微生物群落指纹图谱。宏基因组测序技术的进步使不依赖于培养的、高分辨率菌株和亚种的分析在高通量和复杂环境下成为可能。这具有巨大的科学前景，但也导致了描述亚种间变异的大量方法和术语。来自EMBL引用超20万的超级大牛Peer Bork撰写了本综述，旨在通过关注微生物学背景下细菌和古细菌物种内的多样性来阐明这些进展。本研究涵盖了与种群遗传学相关的基本微进化概念，并总结了如着重利用宏基因组学在微生物群落中直接研究和分类物种内的变异。文章还描述了如何使用宏基因组学数据实现种内变异的常见应用。本文为指导研究人员选择合适的术语和分析方法，以方便从日益增多可用的、高分辨率微生物组基因测序数据中获益提供便利。

种内多样性宏基因组种内变异菌株亚种

微生物基因组

NC：重构土壤含水层中2540个菌株基因组

研究土壤微生物的人很多，但要在NC上发，还是要有一些新东西，这篇文章，搞定了2540个几乎完整或完整的细菌菌株基因组，以量取胜[呲牙]

微生物基因组含水层系统地球生物化学过程

功能基因组学

mBio：如何对微生物基因组进行功能注释？

功能基因组的研究正在火热推进中，对微生物基因组进行功能注释非常必要，关于这方面的进展，这篇文章值得一读。

功能基因组学功能注释微生物基因组 Claudia Carvalho-Queiroz Eva Sverremark-Ekström