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种内多样性

Nature Reviews：定义微生物组的种内多样性-菌株（综述）

传统意义上，研究种内变异仅限于可培养的细菌分离株和低分辨率微生物群落指纹图谱。宏基因组测序技术的进步使不依赖于培养的、高分辨率菌株和亚种的分析在高通量和复杂环境下成为可能。这具有巨大的科学前景，但也导致了描述亚种间变异的大量方法和术语。来自EMBL引用超20万的超级大牛Peer Bork撰写了本综述，旨在通过关注微生物学背景下细菌和古细菌物种内的多样性来阐明这些进展。本研究涵盖了与种群遗传学相关的基本微进化概念，并总结了如着重利用宏基因组学在微生物群落中直接研究和分类物种内的变异。文章还描述了如何使用宏基因组学数据实现种内变异的常见应用。本文为指导研究人员选择合适的术语和分析方法，以方便从日益增多可用的、高分辨率微生物组基因测序数据中获益提供便利。

种内多样性宏基因组种内变异菌株亚种

MSB：人体肠道菌群中的亚种

这是 Molecular Systems Biology[IF：9.750]发表的针对2144个人体粪便宏基因组、676个人体口腔样本的大规模物种分析，特别是分析了亚种的数量和功能，巨量数据研究，都值得好好看看。

亚种 genetic variation metagenomics Microbiome Population structure