种内多样性

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国内团队：东方蜜蜂和西方蜜蜂间肠道细菌存在遗传分歧和功能趋同

研究已发现菌株水平多样性可能导致不同宿主肠道微生物群落的功能基因谱相似或异同。目前，在自然微生物群落中，种内基因组变异对肠道菌群的功能贡献尚不清楚。东方蜜蜂和西方蜜蜂是两种关系密切的蜂种，肠道内被一组类似的由宿主特异性菌株组成的核心细菌定植，是研究种内多样性的良好模型。近日，浙江大学的郑火青、Ye Feng、胡福良及团队在Journal of Advanced Research发表最新研究，发现东方蜜蜂和西方蜜蜂核心菌种的菌株组成具有宿主特异性，两种蜂种间大多数核心菌种存在功能差异，但二者肠道菌群的总体功能谱趋同。总之，该研究为探究蜜蜂共生菌群的进化和功能作用提供了新见解。

蜜蜂菌群种内多样性研究论文基础研究昆虫（果蝇、蜜蜂等）

种内多样性

Nature Reviews：定义微生物组的种内多样性-菌株（综述）

传统意义上，研究种内变异仅限于可培养的细菌分离株和低分辨率微生物群落指纹图谱。宏基因组测序技术的进步使不依赖于培养的、高分辨率菌株和亚种的分析在高通量和复杂环境下成为可能。这具有巨大的科学前景，但也导致了描述亚种间变异的大量方法和术语。来自EMBL引用超20万的超级大牛Peer Bork撰写了本综述，旨在通过关注微生物学背景下细菌和古细菌物种内的多样性来阐明这些进展。本研究涵盖了与种群遗传学相关的基本微进化概念，并总结了如着重利用宏基因组学在微生物群落中直接研究和分类物种内的变异。文章还描述了如何使用宏基因组学数据实现种内变异的常见应用。本文为指导研究人员选择合适的术语和分析方法，以方便从日益增多可用的、高分辨率微生物组基因测序数据中获益提供便利。

种内多样性宏基因组种内变异菌株亚种

肠道共生菌

Cell子刊：Prevotella copri的种内多糖利用差异

Prevotella copri是人类肠道普雷沃氏菌属中最普遍的一种细菌，与饮食和疾病相关。Cell Host and Microbe发表的一项研究分析人类肠道中的83个P. copri分离菌，表明这种细菌不同菌株间具有广泛的基因组变异和多糖利用基因差异，并通过体外培养试验确认了其对膳食植物（而非动物）源的多糖利用差异。

肠道共生菌 Diet human microbiome intestinal commensals whole genome sequencing

种内多样性

FM：菌株水平研究，蜜蜂是理想动物模型（综述）

与脊椎动物不同的是，蜜蜂的肠道菌群非常一致，核心菌群中只包含了8种细菌，这为从菌株水平分析菌群提供了理想的条件，而细菌种内的多样性，也就是菌株水平的分析很关键，为此，用蜜蜂来研究菌株，很理想。

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