human microbiome

益生菌研究论文医学研究 HIV感染 2期临床试验

“爬行脂肪”（creeping fat）是指克罗恩病患者炎症/纤维化肠段周围肥大的肠系膜脂肪组织。Cell最新发表的一项研究表明，在克罗恩病患者中，这种“爬行脂肪”的现象其实是一种人体的保护性反应。这些增生的肠系膜脂肪组织在移位出来的无害梭菌（Clostridium innocuum）等肠道细菌的刺激下，“爬”向有肠屏障损伤的位点，从而“堵上”肠道的“漏洞”，阻止潜在的有害细菌抗原顺着屏障损伤从肠道中扩散出来。

炎症性肠病脂肪组织 human microbiome creeping fat Crohn’s disease

结直肠癌

157株肠道细菌如何影响大肠癌细胞生长？

通过高通量筛选证实，人类肠道微生物组中的几种细菌与结直肠癌（CRC）相关。部分驱动肿瘤发生的分子机制已经被阐明，一些细菌膜蛋白或与癌细胞互作的分泌分子被证明参与其中。然而，对于大多数肠道细菌来说，它们是否能促进或抑制癌细胞的生长尚不清楚。最新发表在Gut Microbes的研究使用157株肠道细菌和6种细胞系（5种为CRC细胞系），揭示了不同肠道细菌如何对细胞生长产生广泛影响。该研究结果有助于更好地理解肠道微生物对宿主细胞的影响。

结直肠癌 colorectal cancer cell proliferation MTT assay human microbiome

发酵食品

发酵食品、乳酸菌与人体健康（综述）

乳酸菌存在于食物、环境以及动物和人体肠道中，是一类能产生乳酸的细菌，常见的主要包括乳杆菌属、乳酸乳球菌、嗜热链球菌等。FEMS Microbiology Reviews发表的长篇综述，详细介绍了乳酸菌的多样性、在食品和肠道中的存在情况、对人体健康的潜在作用，讨论了基于基因组学和宏基因组学数据来挖掘乳酸菌的多样性和功能特性，以及未来研究方向。

发酵食品乳酸菌 lactic acid bacteria food microbiome human microbiome

结直肠癌

Cell子刊：大肠癌早期微生物变化具有潜在因果关系

肠道微生物群与结直肠癌（CRC）有关，但其在CRC发生之前的因果改变尚未被阐明。最新发表在Cell Host and Microbe的研究对CRC发生前微生物组的变化进行前瞻性评估。该研究证实，利用微生物组监测腺瘤的效果或许有限，但在结肠肿瘤中，这些早期微生物的变化存在潜在的因果关系。

结直肠癌 metagenomics metatranscriptomics human microbiome Lynch Syndrome

人体微生物组

用靶向性方法，丰富人类细菌基因组数据库

mSystems近期发表的一项研究，有选择性的优先测序并组装了665个新的人体细菌菌株基因组，有效扩展了已有的人体细菌基因组数据库。

人体微生物组 HMP Genome human microbiome Microbiome

宿主-菌群互作

功能基因组筛选鉴定出可激活NF-κB信号通路的细菌菌株

宿主-菌群互作 NF-κB functional screening human microbiome NF-κB信号通路

肠道共生菌

Cell子刊：Prevotella copri的种内多糖利用差异

Prevotella copri是人类肠道普雷沃氏菌属中最普遍的一种细菌，与饮食和疾病相关。Cell Host and Microbe发表的一项研究分析人类肠道中的83个P. copri分离菌，表明这种细菌不同菌株间具有广泛的基因组变异和多糖利用基因差异，并通过体外培养试验确认了其对膳食植物（而非动物）源的多糖利用差异。

肠道共生菌 Diet human microbiome intestinal commensals whole genome sequencing

肠道菌群代谢产物

菌群代谢产物对健康及疾病的影响（综述）

Annual Review of Pathology-Mechanisms of Disease上发表的一篇综述文章，详细介绍了肠道菌群代谢产物的种类、功能及在特定疾病中的作用机制。

肠道菌群代谢产物 human microbiome human metabolome metabolomics 菌群-宿主互作

人肠道细菌

Cell子刊：揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri

Prevotella copri是常见的人类肠道细菌，尤其存在于非西化人群中，这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组，结合对古人类化石样本的分析，充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中（西化vs非西化）的存在情况，及其与人类共生的进化史，表明西化进程（尤其是相关的饮食变化）可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。

人肠道细菌 human microbiome metagenomics Prevotella copri comparative microbial genomics

肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

肠道病毒组 Bacteriophages human microbiome Virome Phageome

口腔菌群

量化人类口腔菌群生物合成能力的新方法

微生物的生物合成能力是其生长和相互作用的基础，在微生物群落结构中起着重要作用。对于大型、多样的微生物群落，这些能力的预测受到代谢功能和环境条件的不确定性的限制。eLife发表的文章，提出一种基于渗透理论的概率方法，来计算量化代谢网络如何在一组可变环境下产生一组给定的代谢产物。本方法是基于整个代谢网络，并捕获大量不同的途径，即不依赖于已经注释的生物合成途径，而是寻求使用整个代谢网络结构来预测生物合成能力。本方法可广泛用于理解复杂微生物生态系统中的代谢相互作用。

口腔菌群 Saccharibacteria (TM7) computational biology human microbiome metabolic modeling

微生物-环境互作

共生菌群与环境菌群互作——同住增加皮肤菌群相似性

环境菌群与居住者共生菌群存在互相影响。《Microbiome》近期发表一份美国空军学员的人群研究，发现居住、饮食、生活环境一致后，同住者的皮肤菌群具有相似性，皮肤菌群与环境菌群之间存在先行相关性，但肠道菌群结构却不受显著影响。该结果对于阐述环境与居住者间、居住者之间的菌群相互交流现象具有参考价值。

微生物-环境互作 Dormitories gut microbiome human microbiome Longitudinal homogenization

IBD

缓解期克罗恩病患者的肠道宏蛋白组的功能稳定性及冗余性

IBD Crohn’s disease gut microbiome human microbiome Longitudinal analyses

婴儿菌群发育

Gut：菌群在人类发育中的作用（综述）

共生菌群与宿主共同进化，在人体发育中发挥重要作用，现代化对菌群的影响与多种慢性疾病的流行相关。《Gut》近期发表由美国几位菌群领域的知名专家共同撰写的综述，从进化和发育的角度，探讨了共生菌群（尤其肠道菌群）在生命早期营养和免疫等方面的作用，以及影响菌群正常建立的母体和现代化等因素。对于了解早期菌群发育和功能以及相关潜在转化应用，很有帮助。

婴儿菌群发育菌群-宿主共进化 development evolution human microbiome

人类微生物组

Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知

人类微生物组 human microbiome metagenomics metagenomic meta-analysis metagenomic assembly

情感障碍

情感障碍 affective disorder human microbiome twins monozygotic 情感障碍

随机森林机器学习

对人体菌群样本来源部位的分类准确度提高了35%

得益于一个新的随机森林分类器，在对来自于不同人体部位的菌群样本进行分类时的准确度提高了35%。对菌群大数据的机器学习和应用方兴未艾。

随机森林机器学习溯源 Biomarkers Generalized Local Learning human microbiome

模式生物

狗也可作为研究肠道菌群的模式生物？

模式生物狗 Diet Dog microbiome human microbiome

无性干涉

Cell: 共生菌群通过不断演化适应宿主及环境（综述）

Cell[IF：30.41]近期发表综述，总结了近年来人体共生菌群适应性演化相关领域的研究进展，指出共生菌群的演化是在菌株、菌群、生境多个层次同时发生的，而且与宿主密切相关。文章引用了大量肠道菌群、皮肤菌群相关人体研究成果，从遗传学、微生物生态学角度对饮食、抗生素、重金属、菌株间竞争等筛选压力导致的菌群变化做了系统性论述，值得专业人士参考。

无性干涉菌群演化人体菌群 clonal interference colonization

抗性淀粉

mBio：抗性淀粉如何影响菌群、蛋白组及代谢组？

研究抗性淀粉影响人体肠道菌群及代谢产物的文章，推荐阅读。

抗性淀粉多组学分析 gut microbiome human microbiome multiomics

Koch’s Postulates

Cell子刊：靠谱的天然药物，或许就在我们肚子里

这是对我们之前分享的一篇文章（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1087451040）的介绍，看看标题，就是值得读一读。

GI microbiota Koch’s Postulates human microbiome human therapeutics microbial metabolites

human microbiome

书籍章节：菌群研究中如何应用宏基因组和单细胞组学？

本文是《转化生物医学信息学》一书中的一个章节，来自于华中科技大学团队，对人类微生物组研究中的宏基因组及单细胞组学数据分析方法进行了阐述，值得一读。

human microbiome metagenomics Omics Single-cell Kamal V Patel

antibiotic resistance

Microbiome：人、动物及环境抗性组的结构及多样性

比较人、动物和环境中的抗生素耐药基因、可移动遗传元件（MGE）及细菌分类学组成，会有怎样的发现？看看这篇文章。

antibiotic resistance Biocide resistance Environmental microbiome human microbiome metagenomics

human microbiome

临床神经病学：I-cubed与人体菌群（综述）

感染、免疫与炎症这三个以I打头的英文单词，组成I-cubed，与菌群的关系密切，值得关注。

human microbiome I-Cubed Immunity infection Inflammation