evolution

蝙蝠、啮齿动物和鼩鼱是人类传染病最重要的动物传染源。然而，对于它们携带的病毒仍缺乏系统性研究。Cell最新发表了复旦大学张永振团队的一项大型研究，对我国不同自然生境地区野生小型哺乳动物的3个目（翼手目（蝙蝠）、食虫目（鼩鼱）和啮齿目（鼠类））的病毒组，进行了全面、系统、多维度的分析，揭示出不同宿主之间的病毒组差异，分析了这些病毒的多样性、进化生态学、播散规律，以及宿主特征等生态因子如何影响病毒组组成和跨物种病毒传播，并首次发现哺乳动物可能感染节肢动物相关病毒的证据。

动物微生物组病毒组 wild small mammals bats rodents

海洋

国内团队揭示海洋无脊椎动物RNA病毒的遗传多样性

2021年5月6日，国际重要学术期刊《中国科学：生命科学》（SCIENCE CHINA Life Sciences）在线发表了中国科学院上海巴斯德研究所崔杰研究组题为“Virome in Marine Ecosystems Reveal Remarkable Invertebrate RNA virus Diversity”的最新研究成果。结合基因组结构和统计学分析，该团队展示了丰富的海洋病毒遗传多样性和病毒基因组可塑性，揭示了不同海域间、不同宿主类别间可能存在的病毒传播现象。整体而言，该研究通过解析海洋无脊椎动物RNA病毒组，描绘病毒生态圈，为海洋RNA病毒的起源、进化、传播提供了重要见解。

海洋水生无脊椎动物 RNA病毒进化宿主共享

大肠杆菌

大肠杆菌在小鼠肠道内的”生活与交流“

文章通过单菌移植和共同定殖的方式，研究了小鼠肠道生态环境对大肠杆菌代谢的影响。在单定殖小鼠中，大肠杆菌进化可被预测，且主要消耗丝氨酸。但是一旦肠道中与其他菌群共定殖，比如Blautia coccoides，大肠杆菌的进化就会被打乱，整个肠道菌群以及生态环境也就恢复复杂状态。文章初步反映了肠道内菌群间的动态竞争以及其对于机体内环境的调节。

大肠杆菌肠道生态环境 Echerichia coli Germ-free gut metabolomics

膳食糖

甜味剂可影响肠道菌群（综述）

糖的摄入已成为西方饮食的重点，与蔗糖有关的成本和健康问题促进了其他糖和甜味剂的开发和消费。Advances in Nutrition发表的一篇综述，探讨了膳食糖和甜味剂对肠道菌群的影响。作者提出，肠道菌群对糖和甜味剂做出的改变，使其具有不同的代谢和遗传概貌。可以采用一些新型技术来探究这些变化对宿主的影响，从而评估膳食糖和甜味剂的安全性。

膳食糖 dietary sugars artificial sweeteners gut microbiome evolution

噬菌体疗法

Cell：工程噬菌体或是战胜耐药菌的良方

细菌可对抗生素产生耐药性，相似的挑战也存在于噬菌体疗法中。Cell近期发表的一项研究，受基因工程抗体的研发思路启发，开发了一种可对噬菌体进行高通量工程改造的方法，能扩大其宿主范围，减少靶标细菌的抗性产生，对研发噬菌体疗法有重要价值。

噬菌体疗法 Bacteriophage phage virus antimicrobial

扩增子测序

“扩增子”VS“宏基因组”——到底谁可以描绘宿主和微生物共生体进化蓝图

高通量测序使微生物组的研究走上了快车道，与宿主相关的微生物往往更受研究者青睐。不仅仅作为人类的第二基因组，微生物其实与大量的动植物都有互作关系。这一宿主微生物共生体对于生态系统的稳定、发展和进化尤其重要。在微生物协同宿主进化研究中，基于扩增子和宏基因组都可以对微生物群落结构进行表征。为了比较它们表征微生物群落和功能的异同，同时为广大研究者提供方法上的优化和参考，基于两种不同方法，作者使用不同环境的宿主相关微生物进行了深入的讨论。并且在宿主和微生物互作方面提出了自己独特的见解。相信在今后可以为我们研究宿主微生物进化之路提供有力的技术参考和重要的认识。

扩增子测序宏基因组分析方法系统综述 Animal microbiome

儿童肠道菌群

儿童肠道菌群怎么变化？（综述）

目前，许多研究关注婴儿（<3）及成年人的肠道菌群特征，并认为婴儿的肠道菌群会在3岁左右达到成年人的结构。然而3-18岁儿童的肠道菌群特征缺乏研究数据。通过文献综述，作者认为儿童肠道菌群的发育需要更长的时间，并总结了随着年龄增长，儿童肠道菌群可能的变化规律。为进一步儿童肠道菌群研究提供了思路。

儿童肠道菌群 Gut microbiota Children evolution health

宿主-菌群共进化

共生菌群如何在人类基因组中留下“印记”？（综述）

共生菌群影响着人类对于环境的适应性，Trends in Parasitology近期发表综述，探讨了共生菌群与人类基因组之间的双向互作，提出菌群作为特定基因突变与疾病易感性之间的介导因子，可能在塑造人类基因组中也发挥重要作用。

宿主-菌群共进化 Microbiome evolution human genome Gut

益生菌

Cell子刊：吃进去的益生菌也会变异

《Cell Host and Microbe》近期发表研究，发现潜在益生菌大肠杆菌Nissle株在营养成分、抗生素药物的筛选压力之下会发生演化，获得之前不具有的糖苷水解能力、肠粘液分解能力和抗生素耐药性，可能影响益生菌运用的安全性。本研究所用的方法可用来评估潜在益生菌的安全性和基因操作潜力，对于开发益生菌产品具有重要参考价值。

益生菌 Probiotic E. coli Microbiome evolution

婴儿菌群发育

Gut：菌群在人类发育中的作用（综述）

共生菌群与宿主共同进化，在人体发育中发挥重要作用，现代化对菌群的影响与多种慢性疾病的流行相关。《Gut》近期发表由美国几位菌群领域的知名专家共同撰写的综述，从进化和发育的角度，探讨了共生菌群（尤其肠道菌群）在生命早期营养和免疫等方面的作用，以及影响菌群正常建立的母体和现代化等因素。对于了解早期菌群发育和功能以及相关潜在转化应用，很有帮助。

婴儿菌群发育菌群-宿主共进化 development evolution human microbiome

DNA损伤

Cell：细菌蛋白研究助力人类癌症预测

由DNA损伤会导致基因突变和细胞癌变，但是内源性DNA损伤的机制一直不甚明确。本研究在大肠杆菌中发现了大量会导致DNA损伤的蛋白（DDP），并在人体中找到了284个同源蛋白，对于利用这些类致癌物蛋白来预测癌症、研究癌症诱发机制等均具有参考价值。

DNA损伤 Cancer DNA damage response DNA double-strand breaks Escherichia Coli

沙门氏菌

沙门氏菌如何在宿主内进化（综述）

沙门氏菌感染可导致腹泻，病症可轻微也可能危及生命。这种细菌病原体包括极其多样的致病变种，从宿主特异性到疾病程度存在很大差别。Trends in Microbiology近期发表综述，阐述了沙门氏菌在宿主内进化的机制，值得专业人士关注。

沙门氏菌进化 salmonella evolution Pathogenesis

进化

BMCB：人体微生物组的进化（综述）

这是Rob Knight等人在BMC Biology[IF：6.779]发表的重要综述，系统性地总结了人类对自身和微生物组的进化过程的相关研究，横向对比了人类与其他灵长类动物、不同的脊椎动物之间的微生物的差别，提出了人类微生物组进化的可能进程。对关注进化和基因组学的人来说，这篇文章值得好好看看。

进化 Codiversification evolution Habitat filtering Microbiome

磺胺类药物

Microbiome：鉴定出第四类迁移性磺胺类药物耐药基因

这是Microbiome[IF：8.496]杂志发表的鉴定特定耐药基因的方法学研究，值得专业人士特别关注。

磺胺类药物耐药基因 Bioprospecting environment evolution

抗生素耐药

Microbiome：中国城市污水中耐药基因高启，过半或来自人体！

这是来自中科院城市环境研究所和香港大学团队联合完成的研究，对中国城市污水中的耐药基因进行定量分析，这是中国相关领域的里程碑似研究，其中发布的中国不同地区耐药基因丰度图，很直观，很经典，预计会被经常引用。强烈推荐本文！

抗生素耐药耐药基因抗性组污水处理 antibiotic resistance

抗生素耐药性

TG：非抗生素依赖性的耐药性突变（综述）

① 抗生素使用导致耐药性细菌的选择性积累及传播，然而抗生素耐药性也可能在无抗生素暴露的情况下积累；② 抗生素通常被设计为靶向广泛分布的调节性管家基因；③ 一些研究发现，许多抗生素靶向的调节性管家基因可作为条件适应的中心，与抗生素暴露无关，本综述介绍了相关的最新研究进展；④ 调节性管家基因的某些突变为细菌提供了抗生素耐药性及与抗生素暴露无关的适应性作用。

抗生素耐药性 adaptation antibiotic resistance evolution fitness effects

肠球菌属

张和平等：29株肠球菌的基因组比较

张和平教授团队的新成果，对条件致病菌肠球菌进行基因组比较，值得认真读一读。

肠球菌属比较基因组学 comparative genomics Enterococcus Phylogenetic analysis

16S rDNA

海豚海豚，你的便便里有什么细菌？

①海豚拥有在哺乳动物中较为独特的肠道微生物组成，其组成与肉食性海洋鱼类类似。 ②正在接受母乳喂养的小海豚有着与成年海豚不同的肠道微生物组成，其组成有一部分与母乳类似。 ③海豚适应海洋生活及其肉食性与其肠道微生物组的组成相关。

16S rDNA Tursiops truncatus cetacea evolution fecal microbiota