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动物微生物组
文章数:3篇
数据库
国内团队:AnimalMetaOmics用于研究动物微生物遗传多样性和基因功能的多组学数据库
动物微生物在宿主中扮演着重要的角色,其多样性已经成为研究人员极感兴趣的焦点。随着高通量测序技术的迅猛发展,公共数据库中的动物微生物组数据迅速增加。然而,由于数据的庞大和分散性质,研究人员常常难以充分挖掘、比较和分析这些数据。近日,石河子大学胡圣伟、倪伟,华中农业大学杨庆勇,新疆农垦科学院周平及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究,构建了AnimalMetaOmics数据库,是一个整合宏基因组、宏转录组和宏蛋白质组数据的多组学资源库,为动物微生物组学研究提供了综合资源,值得关注。
数据库
动物微生物组
研究论文
基础研究
多组学
动物微生物组
张永振团队Cell:多维度、系统性分析野生小型哺乳动物的病毒组
蝙蝠、啮齿动物和鼩鼱是人类传染病最重要的动物传染源。然而,对于它们携带的病毒仍缺乏系统性研究。Cell最新发表了复旦大学张永振团队的一项大型研究,对我国不同自然生境地区野生小型哺乳动物的3个目(翼手目(蝙蝠)、食虫目(鼩鼱)和啮齿目(鼠类))的病毒组,进行了全面、系统、多维度的分析,揭示出不同宿主之间的病毒组差异,分析了这些病毒的多样性、进化生态学、播散规律,以及宿主特征等生态因子如何影响病毒组组成和跨物种病毒传播,并首次发现哺乳动物可能感染节肢动物相关病毒的证据。
动物微生物组
病毒组
wild small mammals
bats
rodents
CRAMdb
胡圣伟+倪伟+陈同等:动物微生物组组成与功能综合数据库—CRAMdb
近年来,随着高通量测序技术与生物信息学技术的快速发展,已经成为研究人员解决动物健康与疾病的诊断、治疗、预防等一系列科学难题的两把利刃。随着科学数据的爆炸式增长,急需建立以动物宏微生物组为核心的开放数据库,以存储世界范围内的组学研究数据。近日,中国中医科学院陈同、石河子大学胡圣伟、倪伟及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究,建立一个包含与动物相关的细菌、古细菌、真菌和病毒数据的CRAMdb综合数据库(http://www.ehbio.com/CRAMdb/;含9430种细菌、278种古细菌、2216种真菌和458种病毒等超1.2万种微生物),用于探索各种动物中微生物的组成和功能,以及与表型的关联等。总之,极大地促进了国内外动物微生物相关数据的汇总、储存以及共享,也为未来的实际转化应用奠定了基础。
CRAMdb
综合数据库
研究论文
基础研究
动物微生物组