virus

目前关于人肠道病毒组的研究至少发表了32项，但不同研究之间存在不一致的结果。Cell Host and Microbe发表的一项新研究中，美国俄亥俄州立大学的研究者对这32项研究的数据进行了整合，构建了一个系统性的人肠道病毒组数据库，用其评估了这些研究的偏倚性和不同研究方法对病毒数据的影响，并分析了人一生中的病毒组演变规律。该研究为今后的肠道病毒组研究提供了重要资源。

人类肠道病毒组 gut microbiome Virome database Bacteriophage

VIBRANT

VIBRANT：宏基因组中自动恢复、注释、管理和评估病毒组群落功能的新方法

本文介绍了VIBRANT，这是第一种利用混合机器学习和蛋白质相似性的方法，该方法不依赖于序列特征来自动恢复和注释病毒，确定基因组质量和完整性以及从宏基因组学装配中表征病毒群落功能。VIBRANT使用蛋白质特征的神经网络和最新开发的v得分指标，该指标可以规避传统界限，以最大限度地识别裂解性病毒基因组和整合前病毒，包括高度多样化的病毒。VIBRANT突出显示了病毒辅助代谢基因和代谢途径，从而成为评估病毒群落功能的用户友好平台。

VIBRANT 基因组序列神经网络 v-score 微生物群落代谢

粪菌移植

张发明团队：粪菌移植进入洗涤菌群移植时代

粪菌移植 Fecal microbiota transplantation washed microbiota transplantation Adverse event Safety

IBD

Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。

IBD Virome Phageome INFLAMMATORY BOWEL DISEASE IBD

噬菌体疗法

Cell：工程噬菌体或是战胜耐药菌的良方

细菌可对抗生素产生耐药性，相似的挑战也存在于噬菌体疗法中。Cell近期发表的一项研究，受基因工程抗体的研发思路启发，开发了一种可对噬菌体进行高通量工程改造的方法，能扩大其宿主范围，减少靶标细菌的抗性产生，对研发噬菌体疗法有重要价值。

噬菌体疗法 Bacteriophage phage virus antimicrobial

1型糖尿病

儿童1型糖尿病的影响因素（综述）

本综述总结了目前为止有关儿童1型糖尿病以及胰岛细胞自身免疫疾病的可能的危险因素和保护因素，为进一步的研究指明了方向。

1型糖尿病 child Diet enterovirus Gene–environment interaction

噬菌体

Cell子刊：噬菌体对肠道菌群和代谢组的影响不容小觑

噬菌体如何在体内影响菌群？《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究，使用限菌小鼠模型，揭示出噬菌体对其靶细菌的直接影响，可对菌群造成级联效应，波及其它菌群成员，导致肠道代谢组改变，从而可对宿主产生影响，这些发现对于研究靶向肠道菌群的噬菌体疗法，很有参考意义。

噬菌体 Bacteriophage virus gut microbiome microbiota

噬菌体

噬菌体疗法的优势与局限性（综述）

噬菌体疗法是潜在的疾病治疗方法。本综述重点探讨了噬菌体在哺乳动物组织中的高度穿透性，以及这一特性在治疗细菌感染、进行免疫调节及基因治疗中的优势，回顾了目前噬菌体疗法的运用以及研究进展，并指出了该疗法的局限性，对开发靶向、高效疾病治疗方法具有参考价值。

噬菌体噬菌体疗法 Bacteriophage blood-brain barrier Dermis

微生物组多样性

微生物组跨域及与病毒的互作（综述）

尽管热心肠日报一般将Microbiome译为菌群，但是我们知道微生物组的成分不仅仅只有菌。它的主要成员是细菌，但同时还包括真菌、古菌、病毒和一些可能的真核生物。作为一个整体，它们共同影响宿主的健康和行为。因此，认识它们之间的相互作用具有重要意义。Microbiology and Molecular Biology Reviews 综述600篇参考文献，告诉你想知道的一切。总体上，人体微生物组(包括肠道、口腔、女性阴道和皮肤等)的量级估计为10^13-10^14个细菌，10^12-10^13个真菌，0-10^4蠕虫和10^14-10^15病毒。细菌主要是厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和疣微菌门的微生物；真菌主要是子囊菌门和担子菌门；病毒主要是有尾噬菌体、微小噬菌体和一些宿主病毒；蠕虫则包括吸虫、线虫和绦虫等。

微生物组多样性人体微生物组种间互作 Archaea bacteria

病毒-菌群-宿主互作

病毒、宿主和菌群在感染过程中复杂的三角关系（综述）

病毒、共生菌群和宿主的互作对病毒感染、菌群结构变化具有重要影响。本综述回顾了近年来在实验感染条件下，病毒、共生菌群和宿主的互作的研究进展，值得参考。

病毒-菌群-宿主互作 commensal bacteria innate immune response microbiota virus

宏基因组学

孙凤珠等：从宏基因组数据中更有效“捞出”病毒数据的方法

这是美国南加州大学孙凤珠团队开发的机器学习方法，能够在宏基因组数据中更准确鉴定出病毒数据，很酷的生物信息学突破，特别推荐！

宏基因组学病毒序列生物信息学工具机器学习肝硬化

自身免疫病

COR：自身免疫性疾病中的微生物组与感染组（综述）

这是一篇系统性介绍微生物与自身免疫性疾病的综述，非常值得精读，其中提出的感染组的概念，或有利于更好理解感染与自身免疫性疾病发生之间的机制。

自身免疫病感染组 autoantibody infection microbe

Antibiotic courses

Microbiome：病毒如何通过我们的菌群传播？

在人体的肠道和口腔中，病毒是不可或缺的微生物，而且病毒可以通过菌群进行传播，具体是怎么的情况，看看这篇文献哦。

Antibiotic courses Antibiotic perturbations antibiotics Bacteriophage Gut